Sasahara Kanji jest studentem pierwszego roku, który postanawia dołączyć do społeczności studenckiej, aby podzielić się swoimi ukrytymi przemyśleniami na temat mangi, anime i gier. Kiedy po raz pierwszy odwiedził Genshiken, skrót od „Gendai Shikaku Bunka Kenkyuu Kai” (Towarzystwo Studiów nad Nowoczesną Kulturą Wizualną), jego duma została zniszczona przez spisek Madarame, studenta drugiego roku w Genshiken, ale nadal nie chciał przyznać że jest otaku. Ponieważ jednak bierze udział w działaniach społecznych, takich jak odwiedzanie sklepów dojin (prywatne wydawnictwa), festiwali anime i spędza czas z innymi członkami społeczeństwa: Kosaką (chłopakiem, który mimo swojego pięknego wyglądu jest hardcorowym otaku), dziewczyną Kosaki, Kasukabe Saki (która nie jest tak naprawdę otaku), Ohno (cosplayerką), otwiera umysł i postanawia, że uda mu się dotrzeć do świata otaku. Z ich pomocą, Sasahara powoli dostosowuje się do życia otaku w Genshiken.
12 Odcineks
2004
Sasahara, nieśmiały student pierwszego roku, dołącza do nietypowego klubu Genshiken, zrzeszającego pasjonatów mangi, anime i gier. Wśród ekscentrycznych członków zaczyna odkrywać i akceptować swoją stronę otaku.
12 Odcineks
2007
Genshiken wkracza w nowy etap: Sasahara zostaje przewodniczącym, klub tworzy własny dōjinshi, a dawni członkowie szykują się do opuszczenia uczelni. Wśród cosplayów, konwentów i pierwszych kroków w dorosłość, relacje i pasje nabierają nowego wymiaru.
13 Odcineks
2013
Nowe pokolenie otaku wkracza do Genshiken – pod przewodnictwem Ogiue klub staje się azylem dla fujoshi, cosplayerów i... jednego chłopaka w żeńskim przebraniu. Wśród twórczości doujinshi, emocjonalnych rozterek i cosplayów rodzą się przyjaźnie, uczucia i nowe konflikty.