Sasahara, nieśmiały student pierwszego roku, dołącza do nietypowego klubu Genshiken, zrzeszającego pasjonatów mangi, anime i gier. Wśród ekscentrycznych członków zaczyna odkrywać i akceptować swoją stronę otaku.
Sasahara, nowy student, trafia do klubu Genshiken i stopniowo zaczyna akceptować swoje zainteresowania otaku. Poznaje też ekscentrycznych członków grupy, którzy zarażają go swoją pasją.
Członkowie Genshiken zabierają Sasaharę na zakupy do Akihabary, podczas gdy Kasukabe i Kousaka odwiedzają Harajuku. Kasukabe przypadkiem odkrywa kolekcję hentai chłopaka i dostaje niecodzienną lekcję.
Genshiken wybiera się na Comifes, wielką konwencję mangi. Madarame poważnie rani dłoń, ale w imię fandomu udaje, że wszystko jest w porządku.
Do klubu dołącza Ohno, miłośniczka cosplayu. Tymczasem pojawia się były chłopak Kasukabe, wprowadzając zamieszanie.
Brak oficjalnej aktywności zagraża rozwiązaniem Genshiken. Niespodziewanie z pomocą przychodzi Kasukabe.
Kasukabe próbuje zbliżyć się do Kousaki, ucząc się grać w jego ulubioną grę. W tym czasie siostra Sasahary – Keiko – pojawia się w klubie.
Do klubu zagląda dwóch nowych studentów, ale Kasukabe nie zamierza ułatwiać im integracji. Wieczorne wyjście ukazuje ich różne podejścia do świata otaku.
Ohno i Sasahara rozpoczynają wspólny projekt modelarski, angażując resztę klubu. Kasukabe uczy się czegoś nowego o otaku.
Madarame zostaje sam z Kasukabe w sali klubowej i próbuje nawiązać rozmowę, rozważając scenariusze jak z visual novel.
Członkowie klubu, wraz z Keiko, wybierają się na plażę. Keiko postanawia zdobyć względy Kousaki, próbując zostać otaku.
Podczas porządków Kasukabe przypadkiem powoduje zakaz udziału Genshiken w uniwersyteckim festynie. By przeprosić, zgłasza się do konkursu cosplay.
Po ukaraniu pracą społeczną klub traci morale. Sasahara zostaje nowym przewodniczącym i proponuje debiut Genshiken jako circle na Comifes.