谁也不曾想过,七十年前那期神秘的罗斯威尔事件,时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌,即使它就在那里。某天,过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们,希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机,关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德,在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。 而这一路上,层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来,将相继呈现在他们的眼前……
13年后,Mulder和Scully在一位受欢迎的网络电视节目主持人的邀请下,回来调查一个政府阴谋。主持人把他们介绍给了一位自称是被外星人绑架者的女人,并与他们分享了令人震惊的消息。
当Mulder和Scully试图调查是什么看不见的力量导致一位科学家自杀的案件时,他们发现了一个实验室,在那里,极端的基因实验培育出了具有危险力量的受试者。
Mulder和Scully调查了森林中的一具尸体,并试图确定这是连环杀手、动物还是目击者看到的神秘生物的作品。同时,一个幻灭的Mulder也面对着他自己的心魔。
Mulder和Scully调查了一名市政官员的谋杀案,但是发现这一罪行似乎不是由人类犯下的。与此同时,Scully面对着对她所放弃收养的孩子的深深的歉疚。
展示进攻性艺术品的画廊遭到轰炸,Mulder和Scully前往调查。他们需要找到一种方式与昏迷的肇事者沟通,以尝试防止未来的再次攻击。
全国各地的人们都病入膏肓。恐慌蔓延,Scully在里面寻找治疗方法。与此同时,Mulder面对的是他认为是幕后黑手的人,但Mulder和Scully过去曾接触的另一个人可能是这些人得救的关键。