明治维新时期,敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间,名人志士不断涌现:大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来,不惜采取暗杀的手段,而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法,年轻气盛的下山参战,在奇兵队中崭露头角。凭借一身的本领,绯村最终成为令幕府一派闻风丧胆的刽子手拔刀斋,同时他也和宿敌壬生狼斋藤一有过无数次对决。 明治政府建立后,绯村收起屠刀,成为一名腰挂逆刃刀的浪人。在流浪途中,他结识了神谷道场的继承人阿薰、东京府士族后代明神弥彦以及原赤报队成员相乐左之助。在一次次的战斗中,他们的友情不断加深,绯村那颗满是血污的心灵也慢慢得到净化……
27 集s
1996
主角绯村剑心流浪至东京,因为神谷薰的挽留而留在东京。其后认识了明神弥彦、相乐左之助及高荷惠等人,又与前幕府杀手鹈堂刃卫、御庭番众首领四乃森苍紫决斗,其间剑心经历了多次战斗,令剑心自觉慢慢变回昔日的刽子手拔刀斋(千人斩拔刀斋)(人斩り抜刀斎)。最后在与幕末时代的对手前新撰组第三小队组长斋藤一决战及得知志志雄一党的阴谋后,独自前往京都与志志雄一党对决。
35 集s
1996
前维新志士志志雄真实及他的同党正在秘密活动,目的是推翻明治政府,由他带领日本成为强国。剑心为了阻止志志雄的计划得逞,独自离开东京前往京都。后来剑心的同伴亦逐一赶到京都寻找剑心,剑心从师傅比古清十郎身上学会飞天御剑流的最终奥义“天翔龙闪”后,与其同伴相乐左之助及斋藤一、四乃森苍紫联手,终于打败了志志雄一党。
32 集s
1997
在京都篇完结后,由于当时漫画只是刚开始连载人诛篇,跟不上电视动画的制作进度,因此电视动画另行制作了岛原篇、胜海舟篇、由太郎篇(黑骑士团篇)及风水篇。但受到原作版本的读者批评与原作版浪客剑心的世界观相异,在风水篇后便终止制作。