第 3 季

一个头骨撞到一名青少年汽车的挡风玻璃后，调查显示头骨被人类牙齿咬过，这意味着自相残杀，标志着寡妇之子案件的开始。与此同时，安吉拉和霍金斯聘请了一名私家侦探寻找她的丈夫。 Bones 寻找 Zach 的替代者，团队得到了一个惊喜。

布伦南和布斯调查了一位在小型货车中被炸毁的足球妈妈的死因。他们很快发现受害者是 70 年代激进分子中的一员，在可能的嫌疑人名单中增加了几个名字。

当布斯和布伦南追踪谋杀线索时，事情变得很奇怪，这些线索导致了一个小屋被用作“骑师”和他们的“马”的 S&M 度假胜地。与此同时，安吉拉尝试催眠，试图找出她难以捉摸的丈夫的名字，以便她最终可以与他离婚。

当发现一具看起来像是煮熟的尸体时，线索将 Booth and Bones 带到了一家有机农场合作社。与此同时，他们两人必须与 FBI 心理学家兰斯·斯威茨会面，他必须决定他们是否应该继续合作。

在万圣节，发现了两具木乃伊尸体，据报道，这些尸体是过去两个万圣节失踪的人。当布斯和骨头得知一名失踪的女孩与之前谋杀案的嫌疑人有关时，拯救她的生命的竞赛正在进行中。

在杰斐逊学院的一名实习生被烧毁的遗体被发现后，该团队怀疑他们自己的同事。与此同时，布斯在她的家庭聚会上扮成凯姆的男朋友。

在 20 周年纪念日，山麓高中，87 届校友挖掘了他们埋藏的时间胶囊，发现里面有一位同学的遗体。 Booth and Bones 调查他同学的前世，试图找出真相。

大主教的尸体被发现后，膝盖骨不见了，该小组得出结论，这起谋杀案与寡妇之子案有关。

布斯和布伦南调查了一个名叫克里斯克林格的购物中心圣诞老人，他被两个精灵发现死了。一系列线索使被谋杀的购物中心圣诞老人看起来像是真正的交易。

在温泉中发现的尸体原来是两周前失踪的性感摩托车赛车手特里普·戈达德 (Tripp Goddard) 的尸体。 Sweets 说服 Booth and Bones 与他和他的女朋友出去玩。

所有团队成员都在努力确定一名曾多次骨折的大学运动员的骨头。尸体被确认后，他们与他的妹妹和一个充当死者顾问的人交谈。安吉拉和霍金斯有一个重要的谈话。扎克不得不重建压碎的骨头以形成骨架，这让他不知所措。

一个女人的车在路上跑了，她被杀了，但她的孩子奇迹般地在事故中幸存下来。布斯和布伦南前往该女子的家乡，试图找出是谁将她的车开出公路的罪魁祸首。 Bones 在 Booth 的帮助下照顾婴儿，直到团队查出是谁杀死了母亲。

布伦南的父亲马克斯·基南因涉嫌谋杀联邦调查局副局长柯比而受审。除了布伦南之外，团队中的每个人都在审判期间被传唤为控方的证人。另一方面，布伦南是辩方的法医顾问，她必须依靠她对家庭的奉献精神和作为人类学家的技能来帮助她的父亲解脱。

在草地上发现了一位想成为歌手的汤米·苏尔（Tommy Sour）。调查将 Brennan、Booth 和 Cam 带到了 Tommy 曾经唱歌的 Checker Box 餐厅。有几个嫌疑人参加了那里的公开麦克风比赛，观众中有星探。该小组聚集在一起，为布伦南带来了惊人的启示。

Gormogon 连环杀手又回来了，地下室金库的银色骷髅失踪了。所有杰斐逊派员工都成为嫌疑人，他们中的一个人很可能与 Gormogon 合作。