Сезон 1

Перша справа агентів переносить їх до Орегону, щоб розслідувати нерозкриті вбивства кількох однокласників середньої школи.

Малдер і Скаллі відправляються на базу ВПС Елленс, щоб розслідувати таємничу справу військового льотчика-випробувача, який зник після дивної психічної поведінки. Розглядаючи справу, Малдер зустрічає таємничу людину на прізвисько «Глибока глотка», яка стверджує, що володіє секретною інформацією про його дослідження паранормальних явищ.

Малдер і Скаллі шукають гуманоїда-вбивцю, чиї жорстокі вбивства повторюються кожні тридцять років.

Коли начальник відділу Блевінс висловлює свою стурбованість напрямком «Секретних матеріалів», Малдер стає одержимий розкриттям справи, яка дуже схожа на історію, яку він пережив у дитинстві: викрадення його молодшої сестри Саманти.

Малдер і Скаллі вистежують легендарну істоту, яка більше сорока років бродила сільською місцевістю Нью-Джерсі.

Малдер і Скаллі розслідують смерть двох чоловіків, які, як вважають, були вбиті потужною психокінетичною силою.

Зараз Хеллоуїн, і Малдер і Скаллі розслідують дивну смерть керівника корпорації в складній високотехнологічній будівлі.

У клаустрофобній ізоляції віддаленого форпосту на Алясці Малдер і Скаллі розслідують жахливу смерть вчених.

З Малдером і Скаллі зв'язується фахівець із зв'язку з НАСА, який показує їм докази саботажу в космічній програмі.

Малдер ставить під загрозу майбутнє «Секретних матеріалів», коли прямує до місця падіння НЛО, яке швидко прикривають військові. Його заарештовують, і під час ув’язнення він зустрічає Макса Феніга, божевільного дослідника НЛО, чия група NICAP стежила за роботою Малдера над «Секретними матеріалами». Коли Малдера звільняють, Скаллі закликає його повернутися до Вашингтона, щоб зустрітися зі своїм начальством і спробувати врятувати свою роботу, але Малдер дізнається, що Макс більше, ніж здається на перший погляд, і ігнорує Скаллі, щоб спробувати врятувати його.

Коли двох батьків на протилежних кінцях країни незбагненним чином вбивають в той самий час і таким самим чином, Малдера та Скаллі викликають для розслідування. Коли вони дізнаються, що восьмирічні доньки обох батьків є однояйцевими близнюками, вони розуміють, що відбувається щось ще більш дивне.

Стара оксфордська подруга Малдера просить його про допомогу в міжнародній справі щодо незрозумілої страти кількох британських сановників, і вони стикаються з убивцею, який може виробляти вогонь із голих рук.

Коли засуджений до смертної кари Лютер Лі Боггс стверджує, що він є екстрасенсом і може привести Малдера до серійного вбивці в обмін на менший термін довічного ув'язнення, Скаллі починає неохоче вірити, коли Боггс каже їй, що вона може спілкуватися через нього зі своїм нещодавно померлим батьком .

Відбувається серія сексуально орієнтованих вбивств, які є ідентичними, за винятком того, що свідки описують підозрюваного то як чоловіка, то як жінку. Розслідування приводить Скаллі та Малдера до спільноти людей амішського типу під назвою Споріднені.

Під час спроби пограбування банку застрелили одночасно агента ФБР Джека Вілліса та грабіжника Уоррена Дюпре . В лікарні Дюпре помирає, а Вілліс повертається до життя. Коли Вілліс вибігає з лікарні та починає поводитися дивно, Малдер робить висновок, що Дюпре повернувся до життя в тілі Вілліса.

Малдер стає мішенню для людини з його минулого на ім'я Джон Барнетт. Він був грабіжником ювелірного магазину, якого Малдер відправив у в'язницю, під час своєї першої справи в якості агента Бюро. Єдина проблема в тому, що Барнетт помер чотири роки тому.

Малдер і Скаллі отримують інформацію від Бездонної горлянки про НЛО, яке було збито над Іраком і таємно перевезено до США. Однак потім Бездонна горлянка навмисно вводить агентів в оману, щоб не дати їм дізнатися правду.

Молодий чоловік, який має силу зцілювати людей своїм дотиком, починає сумніватися у своєму дарі, коли люди починають вмирати після його спроб їх зцілити.

Малдер і Скаллі вирушають до індіанської резервації, щоб розслідувати смерть людини, яку помилково прийняли за дику тварину. Можливо, він був легендарним "Маніту" - людиною, яка може перетворюватися на звіра.

Коли група лісорубів у Національному лісі штату Вашингтон зникає так само, як інша група зникла 50 років тому, Малдер і Скаллі вирушають на розслідування та опиняються в пастці в хатині, оточеній м’ясоїдними комахами, які нападають лише вночі.

Юджина Тумса звільняють із санаторію, і Малдер особисто бере участь у тому, щоб переконатися, що його спіймали на місці отримання останньої людської печінки, яка йому потрібна, щоб увійти в сплячку ще на 30 років.

Після смерті детектива та його колишнього партнера за нез’ясованих обставин, відбуваються нещасні випадки пов’язані з маленькою дівчинкою, яка стала свідком обох смертей. Малдер вважає, що вона може бути реінкарнацією поліцейського, убитого його колегами.

Малдер і Скаллі розслідують смерть вченого, який працює над передовою технологією двигуна. Розумово відсталий прибиральник Роланд, який таємно повністю завершив роботу вченого, є головним підозрюваним.

Коли Бездонна горлянка вказує на новину про втікача, який, очевидно, потонув, Малдер і Скаллі не бачать, що робить цю справу особливою, але все одно продовжують її розглядати. За наполяганням Бездонної горлянки вони виявляють докази таємного урядового проекту під кодовою назвою «Контроль чистоти», який використовує піддослідних людей і заражає їх позаземною ДНК. Проте докази цього та всіх, хто їх бачив, швидко ліквідовують.