Mulder kayıptır ve ölü olduğu düşünülür. Scully hala hayatta olduğu bir önsezi yaşar. Yine de, bir araya geldiklerinde bile, her biri ek bir kişisel kayıp, nihayetinde birbirleriyle olan bağlantılarını güçlendirmeye yarayan trajedilerle uğraşmak zorundadır. Tanıdık düşmanlar ortaya çıktıkça ve önceden düşünülmüş kavramlar parçalandıkça bu güce bağlı olarak kendilerini bulurlar.
Bir Kızılderili mistik, Mulder'ı iyileştirmeye çalışırken, Scully uzaylı deneyleri hakkındaki gizli dosyaları takip eder ve farkında olmadan bir katilin hedefi olur.
Hükûmetin uzaylı-insan melezi yaratma planını ortaya çıkarmaya çalışırken, Mulder kız kardeşinin kaçırılması hakkında şaşırtıcı yeni bilgiler toplar.
Ajanlar yıldırımları kontrol edebilecek genç bir çocukla bağlantılı bir dizi elektriksel ölümü araştırır.
Seri katilin peşindeyken, ajanlar Mulder'ın ölümünü öngören bir kâhinden yardım ister.
Mulder ve Scully intikam almak için dirilen idam edilmiş bir mahkumun işlediği bir dizi hapishane cinayetlerinin izini sürerler.
Cinayetlerin aşırı kilolu kadınlardan oluşması, Mulder ve Scully'yi kurbanlarının yağıyla beslenen mutant bir katilin izine götürür.
Astral projeksiyon, ajanlar ruhunu vücudunun dışına yansıtabilen yetenekli bir felçli ile karşılaştığında cinayet aracı haline gelir.
Genç bir kızın kaçırılması, Mulder ve Scully'yi kurbanla olağan dışı bir ruhani bağlantısı olan bir kadının yardımını aramaya yönlendirir.
Uzaylı otopsisi olduğu iddia edilen bir video kasetini incelerken, ajanlar hükûmetin dünya dışı kuruluşlarla temasının somut bir kanıtı gibi görünen şeyleri ortaya çıkarır.
Mulder kendini bir hükümet suikastçısı, bir saatli bomba ve ölümcül bir virüsle hızlanan bir trende mahsur kalmış bulur.
Scully mucizevi Mesih benzeri yaralar sergileyen damgalayıcı bir çocuğu korumak zorunda kaldığında tanrıya olan inancını sorgular.
Küçük bir kasabada kitle histerisini araştırırken, Mulder ve Scully katil hamam böceklerinin aslında dünya dışı robotlar olabileceğini keşfederler.
Ajanlar, genç kızların acımasız cinayetler işlemesine nadir bir gezegen hizalanması mı yoksa şeytani bir tarikatın mı sebep olduğuna karar vermelidir.
Mulder ve Scully, kötü bir ruh tarafından ele geçirildiğini iddia eden bir seri katili takip ettiklerinde akıl sağlığı ve delilik arasındaki ince çizgiyi keşfederler.
Ajanlar eski düşmanları Alex Krycek ile yüzleşirken, batık bir İkinci Dünya Savaşı enkazından kurtulan radyoaktif bir varlık peşinde koşarlar.
Mulder Krycek’in bedenindeki şekilsiz yabancı varlığı takip ederken, Scully kız kardeşinin cinayeti hakkında yeni ayrıntılar öğrenir.
İnsanları sesinin gücü ile kontrol etme yeteneğine sahip olan sadist bir katil, Mulder'ı ölümcül bir irade testine dahil eder.
Mulder ve Scully, gün ışığına çıkarılan bir eser üzerinde bir laneti araştırırken, kedi şeklini alan bir şaman ruhu ile savaşır.
Ajanlar, Çinli göçmenleri öldüren ve karaborsa için iç organları güvence altına alan tehlikeli bir şans oyununu ortaya çıkarır.
Mulder ve Scully hükÛmetin UFO kaçırma olayını örtbas etmesini ister ve sıra dışı bir romancıyla tuhaf bir karşılaşmaya yol açar.
Skinner genç bir kadını öldürmekle suçlandığında, Mulder gerçek katilin bir şeytan, kıskanç bir kadın ruhu olabileceğini teorize eder.
Temsilciler, “Büyük Mavi” adlı efsanevi bir göl yaratığının çalışması olabilecek bir dizi saldırıyı araştırır.
Bir dizi küçük kasaba cinayetini araştırırken, Mulder ve Scully televizyon sinyalleri aracılığıyla zihin kontrolünü içeren bir komployu ortaya çıkarırlar.
Mucizevi şifa gücüne sahip doğaüstü bir varlık, ajanlara sadece “proje” olarak bilinen gizemli bir uzaylı komplosuna ipucu verir.