Gordon hamnar i grumligt vatten när han börjar göra affärer med skumma figurer. Samtidigt börjar det blåsa upp till en storm av det ondskefulla slaget.
Medan Bruce får veta mer om sin fars hemligheter inleder Gordon ett motvilligt samarbete med Oswald Cobblepot.
Gordon leder jakten på de förrymda Arkham fångarna som fortfarande är på fri fot, medan Alfred inte skyr några medel för att skydda Bruce.
Alfred övertalar Bruce att närvara på en välgörenhetsgala för ett barnsjukhus, men kvällen får ett dramatiskt slut.
En tragedi leder till förnyad beslutsamhet att bekämpa ondska och en befordran för Gordon. Theo Galavan presenterar sin plan för Gothams framtid.
Kriminaliteten i Gotham eskalerar när Penguin och Galavan slår sig samman med en mordbrännarfamilj. En gammal släktfejd blossar upp mellan familjerna Galavan och Wayne.
Medan en kluven Bridgit överväger sina alternativ fortsätter Penguin och Galavan sin maktkamp.
En hämndlysten Penguin är fast besluten att befria sin mor från fångenskapen, och när Silver och Selina träffas för första gången kommer de ihop sig om Bruce.
När Barbara vaknar efter en skrämmande mardröm ger den maktgirige Galavan Bruce ett erbjudande som är svårt att motstå.
Lee uttrycker sin oro över Gordons mörka sida. Edward tar hand om den skadade Penguin – och ber honom om råd.
Selina och Bruce återupptar sitt samarbete. Under tiden börjar Gordon återigen sin kamp för att sätta Galavan bakom lås och bom, där han hör hemma.
När Bruce kidnappas ber Gordon en oväntad kumpan om hjälp att stoppa Galavans hämndplaner för familjen Wayne.
Gordon förbereder sig inför ett viktigt vittnesmål. Samtidigt har Gotham fått en ny iskall brottsling, som fryser ihjäl sina offer.
Alfred berättar ny information om mannen som dödade Bruces föräldrar. Polisen förbereder flytten av en ny fånge till Arkhams mentalsjukhus.
Penguin fortsätter att jobba med Hugo Strange, som är övertygad om att han kan bota hans aggressivitet. Bruce svär på nytt att hitta sina föräldrars mördare.
Medan Gordon och Bullock utreder ett rån mot ett museum träffar Penguin några gamla kumpaner, och Bruce testar nya kunskaper.
Gordon får en smak av livet i fängelset, och Bullock har något hemskt att berätta. Samtidigt försöker Penguin hantera familjeproblem.
Gordon försöker desperat att rentvå sitt namn, och Penguin får reda på den överraskande sanningen om faderns död.
Barbara kontaktar Gordon för att försöka reparera relationen. Bruce och Alfred inleder sökandet efter en av Thomas Waynes gamla affärspartner.
Medan Gordon frågar ut professor Strange om hans arbete på Pinewood Farms förbereder en ny farlig skurk en attack mot staden.
Azraels löfte att döda Gordon gör att Penguin lockas ut ur sitt gömsle, men det dröjer inte länge förrän Bruce blir den nya måltavlan.
Med hjälp från Gordon, Lucius och Alfred ger sig Bruce iväg för att rädda Selina, men först måste de hitta professor Stranges hemliga labb.
Gordon genomgår en drogpåverkad omvandling djupt inne i professor Stranges labb, samtidigt som Gotham ställs in för ett nytt hot.