Agent Mulder och Dana Scully återförenas efter att de särade på sig då Mulder förlovade sig med en programledare. Mulder påstår att nya bevis på bortförande av rymdvarelser är förfalskade.
När en forskare plötsligt begår självmord leder Mulder och Scullys utredning till ett laboratorium där extrema genetiska experiment avlat fram varelser med extrema krafter.
Vittnen påstår att en underlig varelse är ansvarig för en person död i skogen. Mulder konfronterar några av sina egna demoner.
När en statstjänsteman mördas verkar det som om det inte är en människa som begått brottet. Scully har starka känslor för det barn hon gav bort för adoption.
När ett galleri som visar förargelseväckande konst bombas söker Scully och Mulder ett sätt att kommunicera med den medveteslöse bombaren för att undvika framtida attacker. Några unga FBI-agenter pressar Mulder och Scully att rannsaka sin egna tro.
Panik sprider sig när människor från hela landet plötsligt blir sjuka. Scully söker svar inom sig medan Mulder konfronterar en man som han tror ligger bakom allt. Men när en figur från det förflutna dyker upp verkar det vara nyckeln till deras gåta.