Сезон 1

Доктор Бреннан возвращается в США из Гватемалы и сразу приступает к расследованию очередного дела. На этот раз ей придется исследовать останки скелета, найденного в озере. В расследовании ей будет помогать её команда: эксперты Энджела Перли-Гейтс Монтенегро, Джек Стэнли Ходжинс и Зак Эдди. Выясняется, что скелет принадлежал беременной чернокожей девушке. Доктор Бреннан со своей командой и агентом ФБР Бутом начинает расследовать это дело, и вскоре всплывает неожиданный факт: все ниточки расследования ведут к сенатору и его помощнику. При этом у Бута и Бреннан возникают проблемы в общении и работе.

Когда происходит взрыв машины, за рулем которой сидел мужчина-афганец, все начинают считать это происшествие актом терроризма. Всё это может привести к большому скандалу, так как погибший был активным борцом за мир. Бреннан и её команда должны установить, что же означал этот взрыв — акт терроризма или успешная попытка убийства.

В частной школе на дереве находят гнилого висельника, подростка, который учился там же. Он был сыном посла Венесуэлы в США. Непонятно, что это было: попытка самоубийства, месть его богатым родителям или просто несчастный случай. Именно это предстоит выяснить агенту Буту и доктору Бреннан. При этом Бут пытается сблизиться с командой Бреннан, что у него не особо получается.

При осмотре мертвого медведя внутри него находят часть человеческого скелета. Бреннан и Бут отправляются в леса штата Вашингтона, где приступают к расследованию. Однако дело оказывается не таким простым, как кажется на первый взгляд: в лесу обнаруживают еще более неожиданные находки. А в это время Зак пытается наладить свою личную жизнь.

Получив анонимный звонок о найденном теле, Бут и Бреннан отправляются в парк и находят там тело мальчика. Убийство ребёнка шокирует команду Бреннан, в результате чего атмосфера в коллективе накаляется. Энджела говорит, что хочет уйти с работы. Погибший рос в приемной семье, в которой было еще несколько приемных детей. По ходу расследования становится очевидно, что один из детей что-то скрывает.

Во время драки на дискотеке в стене помещения находят останки человека, а на нем остатки наркотического вещества. ФБР и помощники Бреннан пытаются установить, кто и зачем убил торговца наркотиками.

Семь лет назад агент Сили Бут арестовал и отправил в тюрьму Говарда Эпса — за убийство молодой девушки. Совсем скоро должен быть исполнен смертный приговор, однако к Буту обращается адвокат, нанятый Эпсом, чтобы доказать его невиновность в смерти девушки. Буту и его напарнице Бреннан придется вернуться в прошлое и узнать правду.

В институт Джефферсона к доктору Бреннан попадает холодильник в котором находят остатки молодой девушки, похищенной год назад. Пока доктор Бреннан и ее команда пытаются узнать, кто и почему убил 19-ю девушку, в институт приезжает бывший преподаватель Бреннан.

За несколько дней до Рождества в институт Джефферсона попадает старый скелет, в кармане пальто которого находят два билета в Париж. Во время выяснения обстоятельств смерти «тела» происходят непредвиденные события, которые могут помешать команде справить Рождество в кругу семьи.

В Лос-Анджелесе у посадочной полосы находят останки женщины, однако их идентификация затруднена тем, что женщина делала множество операций. Неужели ошибка врача погубила молодую женщину? Или кто-то другой желал её смерти?

На дороге найдена обгоревшая машина. Женщина-водитель погибла, а на заднем сиденье найдено детское кресло, однако ребенок пропал. Кто убийца и похититель? Всё это предстоит выяснить агенту Буту и его напарнице доктору Бреннан.

В переулке между домами находят тело подростка, одетого в черный костюм и, судя по всему, считавшего себя героем комиксов. Бут и Бреннан принимаются за расследование.

В квартале, где живут сальвадорцы, останавливают машину, а в ее багажнике находят старые останки, которые ранее были где-то закопаны. Кому и зачем понадобилось выкапывать старый труп, это и предстоит выяснить доктору Бреннан и ее напарнику Буту.

На поле для гольфа происходит крушение самолета. По мере нахождения останков становится ясно: тел явно больше, чем должно быть. Неужели случайные жертвы? Или кто-то чужой был в самолете?

Команде Бреннан достаются два дела сразу: найдены останки мафиози и останки молодой девушки, отданной на растерзание псам. Бут пытается выяснить, связаны ли эти два дела вместе и если да, то как и почему?

В канализационной шахте находят останки женщины, которая снимала фильмы про бездомных, живущих там. В ходе расследования всплывает факт, что, возможно, в подземных лабиринтах спрятано нечто весьма ценное. Агент Бут и Доктор Бреннан берутся решить, кто и почему совершил это преступление.

Анджела отправляется в традиционный ежегодный отпуск к своему возлюбленному фотографу в индейскую пустыню. А он, вместе с индианкой-фотомоделью, исчез. На крыльцо полицейского участка подбрасывают череп.

На «острове пиратов» найдено свежее тело утопленника, в руке у которого была сжата кость фаланги пальца. Пальцу оказалось триста лет.

Доктор Бреннан в Новом Орлеане помогает опознать жертв урагана. Через день она приходит в себя в крови, поврежденной рукой, раной на голове и амнезией. Первое появление прокурора Кэролин Джулиан. Ходжинс начинает влюбляться в Анджелу.

Когда Бреннан пытается выяснить, почему заболела раком дочь начальника Бута, всплывает дело о подложных имплантатах органов.

На военном кладбище утром на могиле солдата-героя, находят сгоревшие останки его сослуживца. Открываются подробности одной операции в Ираке.

Бреннан занимается опознанием останков, давно хранившихся в институте. Внезапно она понимает, что это кости её пропавшей без вести матери.