Sezonul final aduce și sfârșitul Gothamului, unde eroii și nelegiuiții luptă pentru propria supraviețuire, iar Bruce Wayne ajunge și mai aproape de împlinirea destinului.
Vechi dușmani vin cu revendicări în haoticul Gotham, pe care Gordon și Bruce luptă să-l apere, iar Selina are perspectiva unui viitor incert.
Bruce caută o așa-zisă vrăjitoare, iar Gordon și Bullock urmăresc o pistă și ajung la o fabrică plină cu copii dispăruți. Nygma luptă cu demonii.
Există un loc sigur pentru refugiații din Gotham, asta până când Pinguinul vine să-și ia oamenii. Selina îi cere ajutor lui Bruce, hotărâtă să-l găsească pe Jeremiah.
În urma unui atac exploziv, Pinguinul se oferă să-l ajute pe Gordon, iar Lucius și Nygma fac o înțelegere. Selina își restrânge căutările.
În Gotham sosește o echipă specială de militari pentru a reface ordinea. Căutările o aduc pe Nygma în fața Pinguinului, dar și la o reîntâlnire cu Hugo Strange.
Într-un război al alianțelor neașteptate, Gordon își face o echipă pentru a recuceri orașul Gotham. Un nou dușman viclean îi ține în alertă pe Pinguin și Selina.
Gordon se grăbește să demaște elementul criminal care amenință reunificarea orașului Gotham. Un dușman familiar se întoarce cu ajutor de la Pălărierul Nebun.
Un dușman metamorf care îi vânează pe polițiștii din Gotham face legătura dintre Bullock și fantomele propriului trecut. Bruce și Alfred străbat canalele orașului.
Gordon este rănit și cade adânc într-un somn febril, unde este judecat pentru eșecurile sale. În prezent, Ivy se întoarce și îl ia la ochi pe Bruce.
Bruce și Gordon ajung față în față cu Eduardo, care a suferit o transformare majoră. Barbara intră în travaliu și îi cere ajutor lui Lee.
Bane și Nyssa își întăresc strânsoarea asupra orașului, iar Gordon le cere ajutor foștilor dușmani pentru a-l salva. O decizie majoră îi arată lui Bruce destinul.
La zece ani după ce-a plecat din Gotham, Bruce se întoarce să ia parte la deschiderea noului Turn Wayne și vede că orașul are nevoie de un erou.