Sezonul 2

Cu echipa SG-1 blocată pe nava lui Klorel, se pare că Pământul este sortit pieirii când Navele Piramidale se pregătesc să distrugă Pământul.

Carter este posedată de un Goa'uld care pretinde că este un dușman al Lorzilor Sistemului.

Echipa SG-1 este judecată și exilată într-o lume închisoare, unde o femeie mentine un control ciudat asupra celorlalți prizonieri.

Echipa SG-1 este întemnițată într-un tărâm al realității virtuale și forțată să retrăiască din nou cele mai rele momente din viața lor.

Jackson devine dependent de efectele unui sarcofag Goa'uld și se îndrăgostește de înșelătoarea prințesă a planetei.

SG-1 se întoarce în Cimmeria și constată că, fără protecția de la Asgard, planeta a fost invadată de Goa'uld.

SG-1 descoperă un artefact vechi care îi ia pe O'Neill și S.G.C. Comandamentul Porții Stelare, ostatici.

Echipa SG-1 încearcă să-l salveze pe fiul lui Teal'c, care a fost răpit și îndoctrinat de Apophis. Teal'c află vești tulburătoare despre soția sa.

Jackson descoperă că soția sa s-a întors pe Abydos și că este însărcinată în luna a noua, purtând pe fiul lui Apophis. O'Neill trebuie să păzească secretul programului Porții Stelare să nu fie descoperit.

Teal'c este infectat cu venin mortal de la o insectă gigantică și începe o transformare teribilă. Când scapă de S.G.C., SG-1 trebuie să-l găsească înaintea colonelului Maybourne.

Echipa SG-1 îi localizează pe Tok'ra, o mișcare de rezistență a lui Goa'uld care se opune Lorzilor Sistemului și încearcă să formeze o alianță. Cancerul lui Jacob Carter îl apropie de moarte.

În timp ce SG-1 încearcă să formeze o alianță cu Tok'ra, un spion îl trădează pe rebeli către Goa'uld. Jacob Carter descoperă că Tok'ra poate fi singura sa speranță de supraviețuire.

SG-1 găsește o planetă locuită de indienii nativi americani, protejați de spirite care sunt, de fapt, niște extratereștrii metamorfi avansați.

Echipa SG-1 este acuzată că a furat un dispozitiv important de control meteorologic, trimițând planeta primitivă în haos. Echipa descoperă că cea de-a doua Poarta Stelară a Pământului este folosită în mod abuziv.

O'Neill devine fără să vrea recipientul pentru o bibliotecă de cunoștințe extratereste.

După ce au călătorit la o lume aflată pe marginea unei găuri negre, S.G.C. Comandamentul Porții Stelare nu poate dezactiva Poarta Stelară. Tot Pământul este pus în pericol de câmpul de gravitație care distorsionează timpul.

SG-1 descoperă un bărbat în vârstă cunoscut pentru dezvoltarea tehnologiei de luptă împotriva Goa'uld-ului. Daniel este înșelat să-și schimbe corpul cu omul, Ma'chello, care crede că i se "datorează" pentru tot binele pe care l-a făcut.

Apophis, cel mai mare dușman al echipei SG-1, cere azil față de Sokar și ajunge aproape mort în infirmeria Comandamentului Porții Stelare S.G.C.

Un grup de extratereștri primitivi încep să devină grav bolnavi imediat după ce echipa SG-1 sosește.

Un băiețel ajunge prin Poarta Stelară și avertizează asupra complotului pus la cale de către niște extratereștrii invizibili, de a ucide toată rasa umană pentru a lua posibilitatea Goa'uld-ului de a avea potențiale gazde umane.

Un accident cosmic face ca echipa SG-1 să fie trimisă înapoi în timp, 30 de ani în trecutul Pământului, unde trebuie să localizeze Poarta Stelară și să găsească un drum înapoi spre casă.

O'Neill, Carter și Jackson trezesc din hibernare în ceea ce pare a fi S.G.C. Comandamentul Porții Stelare - aproape 80 de ani în viitor.