Os Arquivos X foram encerrados e Mulder e Scully estão separados. Scully se encontra dando aulas na Academia do FBI em Quantico, Virgínia, enquanto Mulder é designado para o dever de vigilância. Com o agente Alex Krycek como seu novo parceiro, e o misterioso X como sua nova fonte de informação, Mulder luta para manter viva sua busca pela verdade. Mas, ironicamente, é Scully quem vivencia o encontro próximo que Mulder tanto ansiava, fazendo uma jornada que, no final das contas, reunirá os dois agentes e criará um vínculo que os tornará mais próximos do que nunca.
Mulder corre para fazer com um óvni que pousou antes que a equipe do governo acoberte tudo.
Mulder e Scully perseguem uma nova ameaça - um assassino com mutações genéticas que vaga pelos esgotos de Nova Jersey.
Ao investigar uma série de assassinatos em uma pequena cidade, os agentes descobrem que utensílios cotidianos estão sendo usados para matar.
Mulder e o novo parceiro, Alex Krycek, lidam com um fuzileiro que não consegue dormir. É possível que ele tenha a habilidade de matar com seus sonhos.
Durante as negociações de uma tensa situação envolvendo reféns, Mulder simpatiza com o criminoso armado, que afirma ter sido vítima de experimentos alienígenas.
Quando Scully é abduzida por forças invisíveis, Mulder inicia uma desesperada busca por ela, se frustrando com uma inesperada traição.
Durante as investigações de um série de assassinatos ritualísticos, Mulder se envolve com uma linda suspeita, que pode ser uma vampira.
Enquanto Scully, em coma, luta para sobreviver, Mulder encontra provas da abdução dela e confronta o Homem Fumante.
Mulder e Scully são perseguidos por uma nova forma de vida assassina que invadiu os corpos de uma equipe de pesquisadores vulcânicos.
Ao investigar um culto religioso em área rural, os agentes descobrem um sinistro experimento envolvendo adolescentes violentos e DNA alienígena.
Quando uma droga experimental liberta espíritos atormentados em uma casa de repouso, Mulder e Scully enfrentam fantasmas assassinos.
Os agentes ajudam uma grávida perseguida por um serial killer que parece ter herdado geneticamente memórias assassinas.
Com a vida de Scully em jogo, Mulder persegue um profanador de cadáveres, cujas obsessões podem levar ao assassinato.
Mulder e Scully correm risco de se tornarem sacrifícios humanos ao descobrir um culto satânico comandado por um substituto demoníaco.
Ao investigar uma série de mortes em um campo de refugiados haitianos, os agentes se deparam com um xamã vodu vingativo que pode ser capaz de fazer os mortos se levantarem.
Durante a investigação dos assassinatos de três médicos idênticos, Mulder faz uma descoberta impressionante sobre sua irmã desaparecida. A vida de Scully é ameaçada por um caçador de recompensas.
Em busca do terrível caçador de recompensas que sequestrou Scully, Mulder descobre os planos de um alienígena de colonizar a Terra.
Fêmeas de animais exóticos do zoológico são abduzidas e ficam prenhas, em um caso que Mulder acredita estar ligado a uma conspiração alienígena.
Presos em um "navio fantasma", Mulder e Scully precisam desvendar o mistério por trás de uma força sobrenatural que acelera o envelhecimento.
Os agentes entram no mundo bizarro de artistas de espetáculos quando uma criatura invisível começa a matar os habitantes de uma cidade circense.
Mulder e Scully são expostos ao antigo ritual de exorcismo enquanto investigam um garoto possuído por forças do mal.
Os agentes vão atrás das grades para impedir um vírus horrivelmente desfigurador que está matando reclusos em uma taxa epidêmica.
Mulder e Scully perseguem um cientista desequilibrado cuja pesquisa fez com que sua sombra se tornasse mortal.
Enquanto investigam assassinatos em uma cidade ao sul, os agentes encontram indícios da existência de um canibalismo moderno, com ligações com a vida eterna.
Mulder e Scully descobrem uma conexão assustadora entre um acobertamento sobre a existência de óvnis e experimentos secretos do governo.