Temporada 2

Brennan é convocada para trabalhar no descarrilhamento de um trem e descobre que tem um novo chefe. O trem com um popular senador saiu dos trilhos depois de bater em um carro que estava no caminho. Brennan investiga porque o corpo de um homem rico foi colocado dentro do carro e continua tentando encontrar seu pai.

Booth e Brennan examinam os restos de uma mulher e de um feto encontrados na Baía Delaware. O corpo é de uma mulher grávida e recém-casada cujo desaparecimento misterioso um ano antes foi destaque na imprensa nacional. O marido da vítima é o principal suspeito do caso, mas ele desaparece antes que Brennan e Booth consigam interrogá-lo, o que leva o agente a acionar uma verdadeira caçada humana. Booth fica aborrecido por sua ex-namorada permitir que o filho deles saia com o novo namorado dela.

O corpo de uma rapaz que está desaparecido há quase três semanas é encontrado em um caminhão de lixo. Os investigadores revelam que a principal suspeita do crime é uma jovem criada por pais adotivos. Brennan fica deprimida pela rapidez como a equipe culpa a jovem, pois ela também foi órfã. A tensão entre Cam e Brennan continua aumentando.

Os restos mortais de uma jovem são encontrados. Booth e Brennan se deparam com um caso atípico pois o crime os leva a um assassino serial que está no corredor da morte. Quando outra morte vem à tona, Brennan e sua equipe precisam decifrar as pistas para encontrar o cúmplice do assassino serial antes que ele ataque novamente.

Um homem é encontrado morto em uma banheira cheia de substâncias químicas. Booth e Brennan entram em ação e investigam duas pessoas suspeitas de terem cometido o crime. Em pouco tempo, eles também descobrem que a vítima tinha duas esposas e uma namorada.

Booth e Brennan investigam a morte de uma pessoa em uma explosão em um hotel em Miami.

Booth e Brennan investigam a morte de uma garota de 10 anos que participava de concursos de beleza. Os competitivos pais e irmãos da menina logo se tornam possíveis suspeitos. Brennan comete um grande erro quando tenta descobrir informações sobre o assassino em uma aula de sapateado. Enquanto isso, Hodgins e Angela saem juntos e tudo corre bem, contrariando o que todos previam.

O corpo de um promotor federal que desapareceu há cinco anos é encontrado em um deserto perto de Las Vegas. Os investigadores logo suspeitam que o crime tenha sido cometido pela máfia. Em seguida, eles encontram o corpo de uma mulher a alguns metros dali e acreditam que ela foi assassinada pela mesma pessoa.Os ferimentos no cadáver da mulher levam Brennan a crer que ela tenha tido um longo histórico de violência doméstica. Quando o marido da vítima nega ter machucado a esposa, eles investigam um agiota de Las Vegas e se infiltram no mundo dos jogos e no submundo das lutas de vale-tudo. Na tentativa de desvendar o mistério, Booth arrisca a própria vida.

Os corpos de dois adolescentes gêmeos que foram seqüestrados cinco anos antes são encontrados. Booth e Brennan seguem o rastro de um famoso assassino serial conhecido como Cavador de Túmulos, que costuma raptar a vítima, enterrá-la e depois pedir o resgate. Se o dinheiro não for entregue, ele simplesmente deixa a pessoa morrer sufocada. Durante a investigação, Brennan e uma colega de trabalho se tornam vítimas do assassino. A partir daí, elas são forçadas a resolver seu próprio seqüestro dentro de uma sepultura.

Enquanto investiga a morte de um estudante de cinema que estava produzindo um documentário sobre a lenda de uma bruxa sem cabeça que assombrava uma floresta no início do século XVIII, Brennan cria fortes laços com o irmão da vítima. Booth e Brennan conversam sobre o fato de misturarem trabalho e vida pessoal.

Booth e Brennan são chamados a um edifício do governo federal em cujo telhado foi encontrado o corpo de um homem estripado, queimado e pendurado como um espantalho. Booth descobre que a vítima estava trabalhando para o crime organizado. O irmão de Brennan, Russ, comenta com ela que recebeu um telefona do pai alertando que ambos estão em perigo. Pouco depois um padre entra em contato com Brennan e diz que o pai dela insiste que Brennan e Booth larguem o caso. Os investigadores descobrem que a vítima era um ex-agente do FBI que estava atrás de Russ para matá-lo. Quanto mais se aprofundam no caso, mais eles se surpreendem. Por fim, uma chocante descoberta pode trazer sérios problemas para Booth e sua carreira. Enquanto isso, Zack defende sua tese de doutorado e conta com a ajuda de uma pessoa do trabalho.

Booth e Brennan investigam a morte de um condenado que morreu queimado na cela de Howard Epps, um assassino serial que eles já tiveram contato anteriormente. Epps também mata um guarda e em seguida foge, ameaçando o restante da equipe, incluindo o filho de Booth.

Brennan precisa trabalhar com outro agente, Sullivan, enquanto Booth vai a um terapeuta. Ela investiga a morte de uma caloura de uma faculdade cujo corpo foi encontrado no estômago de um crocodilo. Sullivan chama Brennan pra sair.

Booth e Brennan investigam a morte de Terence Bancroft, um dos maiores doadores da fundação Jeffersonian, encontrado morto em sua casa. Hodgins compromete o caso e a reputação do laboratório quando mexe nas evidências. Brennan precisa tomar uma importante medida sobre a equipe.

A vida imita a arte quando três assassinatos ocorrem exatamente como narrados no último livro de Brennan. E o protecionismo de Sully em relação a Brennan abala o relacionamento dos dois e ela resolve recuar.

Booth interrompe as férias de Brennan com Sully a todo momento a fim de obter ajuda no caso de uma mulher que foi encontrada morta e sem ossos em um rio. Sully pede para Brennan fugir com ele.

O rompimento de um cano de água central em um cemitério histório revela um assassinato recente. Constantes discussões levam Booth a sugerir que ele e Brennan procurem um terapeuta para acertarem os ponteiros.

Quando Booth é seqüestrado por um mafioso ao investigar um assassinato, Brennan recebe ajuda de uma fonte improvável e nada bem-vinda: seu pai.

Quando partes de um corpo que caíram do céu demonstram sinais de terem ficado no espaço por um período de tempo substancial, a equipe de Brennan surge com várias teorias conspiratórias envolvendo alienígenas e segredos do governo. Hodgins pede Angela em casamento.

Brennan e Booth investigam um aparente protesto antiguerra envolvendo os restos carbonizados de um corpo deixado no túmulo de um soldado morto no Iraque.

O esqueleto de uma jovem é encontrado em um carrinho de compras, mas devido a uma doença de envelhecimento, Angela a reconstrói como uma mulher de 80 anos. Booth e Brennan investigam e chegam a pessoa responsável por cuidar da vítima. O pai de Brennan reaparece com informações sobre o seu passado.