Temporada 12

A equipe procura por Brennan, que foi sequestrada pelo ex-interno Zack Addy.

Um corpo é identificado como um homem que ajudou a fabricar bots de inteligência artificial, e a equipe se pergunta se sua própria criação teve algo a ver com sua morte. Enquanto isso, Brennan planeja sua própria surpresa para todos em seu 40º aniversário.

Drama em uma casa de repouso segue quando o corpo de um homem idoso é encontrado em um local de despejo de ácido, e a conversa no laboratório acaba em discussões de casamento e filhos.

O pai de Aubrey ressurge e imediatamente apresenta um dilema moral para ele. Enquanto isso, o assassinato de alguém do passado de Booth e Brennan é investigado.

O assassinato de um tutor de estudantes traz uma longa lista de possíveis suspeitos, incluindo pais infelizes e um companheiro de quarto com uma história criminal. Enquanto isso, Brennan acha que ela seria uma voz melhor para seu livro de áudio do que a qual foi escolhida para ela.

Um corpo desmembrado de um jogador de golfe bem conhecido que se tornou um lenhador leva a equipe para o Campeonato Regional de Esportes de Madeira, onde eles descobrem sobre um caso com um rival casado que pode ter levado ao seu assassinato. Enquanto isso, Hodgins procura provas que possam provar a inocência de Zack.

Booth mergulha em seu passado quando cadáveres começam a aparecer ao redor de Washington ligados à sua antiga unidade do Exército. Enquanto isso, Brennan se preocupa com seu pai, mas se pergunta se pode confiar nele depois que ele não conta sobre um procedimento médico.

A tristeza por uma perda recente cria um atrito entre Booth e Brennan, que também é surpreendida pela visita de um ex-namorado.

Quando um jovem morre em um acidente terrível com uma enfardadeira de feno, Booth, Brennan e Aubrey se disfarçam para entrar em uma competição de corrida de demolição e investigar o caso. Enquanto isso, o Dr. Gordon Wyatt retorna e auxilia Hodgins e Cam quando o caso Gormogon chega a um beco sem saída.

O corpo ferido e queimado de um cineasta em ascensão aterrissa em um carro em movimento, abrindo uma investigação de locações incomuns e personagens ligados ao seu filme. Enquanto isso, Brennan recebe conselhos de Dr. Mayer sobre trabalho e romance; e Booth dá lugar para Aubrey assumir a liderança sobre o caso.

A notícia da fuga de Kovac leva Booth a proteger a si e aos mais próximos a ele enquanto o assassino elabora seu plano mais perigoso até agora. Enquanto isso, Brennan testemunha em nome de Zach em seu julgamento. E Aubrey e Jessica chegam a um acordo sobre seu futuro juntos.

Kovac ainda está solto enquanto a equipe procura pistas para rastreá-lo, mas eles terão que fazer isso sem Brennan já que ela lida com um contratempo. Quando todos os sinais indicam que Kovac está contando com uma ajuda externa, bem como um esconderijo, Booth e Brennan vão à procura dele.