Temporada 1

A antropóloga forense Dra. Temperance Brennan une-se a Booth, um agente do FBI, para investigar o famoso assassinato não resolvido de uma jovem estagiária do Senado. As investigações os levam a suspeitar de três homens.

Brennan e Booth investigam o caso de um diplomata do Oriente Médio acusado de ser um homem-bomba. A investigação os leva a suspeitar que o suposto terrorista foi, na verdade, assassinado e falsamente incriminado pelo incidente fatal.

Dra. Brennan e Agente Booth, do FBI, investigam a misteriosa morte por enforcamento de um estudante em uma escola preparatória de elite. Todos os sinais apontam para suicídio, mas as investigações os levam a dois estudantes que podem ser os culpados pelo crime.

Brennan e Booth vão a Washington para investigar um braço humano que foi encontrado no estômago de um urso.

Booth pede ajuda ao Brennan para localizar e identificar pistas de um menino de seis anos, que desapareceu em um parque.

Brennan e Angela são pegos em briga de boate. Brennan joga uma pessoa contra a parede e abre um buraco no qual é encontrado um corpo mumificado.

Brennan e Booth investigam o caso de um homem que está no corredor da morte e que alguns acreditam ser inocente. Eles conseguem novas provas que os forçam a questionar se realmente fizeram a coisa certa.

Brennan é questionada por um ex-namorado, ao ser chamada para testemunhar no caso de uma mulher, cujo corpo foi encontrado em decomposição dentro de uma geladeira.

Brennan e sua equipe são chamados para identificar o corpo de um homem encontrado em um abrigo. Enquanto disseca o corpo, Zach acidentalmente libera um fungo letal.

Brennan e Booth investigam partes de um corpo de uma mulher encontrada próximo ao Aeroporto Internacional de Los Angeles. Mas a série de cirurgia plásticas que a vítima fez dificulta o trabalho da dupla.

O corpo de uma mulher é encontrado em um carro com sinais de que seu filho foi sequestrado. Brennan e Booth suspeitam de seu pai. Mas as coisas se complicam quando eles descobrem que Carl Becker está no programa de proteção de testemunhas.

Booth e Brennan investigam a morte de um garoto que era aficcionado por revistas em quadrinhos e se vestia de super-herói.

Booth e Brennan são chamados para investigar quando um corpo é encontrado no carro do membro de uma gangue. Enquando ele é interrogado, um tiroteio possibilita sua fuga. Booth e Brennan seguem pistas que os levam a uma cova vazia e à casa de um senador.

Brennan e Zach investigam a queda de um pequeno avião onde estavam diplomatas chineses e uma mulher. No lugar do acidente, Brennan encontra pedaços de ossos que não pertencem a nenhum passageiro, mas talvez sejam de um homem que está desaparecido há cinco anos.

Brennan decide dar uma chance a um encontro marcado pela internet, mas acaba se tornando alvo de um tiroteio no restaurante onde jantaria. As investigações apontam que o atirador pode estar relacionado a um dos casos que ela investiga.

Com a ajuda de um sem-teto, os investigadores procuram um sistema de túneis abandonados em Washington D.C, na esperança de resolver o assassinato de uma produtora de documentários.

O namorado de Angela desaparece no deserto de Santa Fe. Brennan e Booth se apressam para liderar as buscas. A equipe recebe uma ligação no laboratório enquanto trabalha num corpo.

Booth e Brannan investigam um assassinato na Ilha de Assateague. Diz a lenda que lá está enterrado o tesouro do Barba Negra.

Brennan vai a Nova Orleans para ajudar a identificar alguns corpos encontrados, após a passagem do furacão Katrina e acaba se tornando a principal suspeita de um crime que ela não consegue recordar.

O chefe de Booth aguarda as informações dos médicos sobre sua filha Amy, que pode estar morrendo de uma rara forma de câncer no pulmão. Brennan e Booth associam o câncer de pulmão à uma empresa renegada que comercializa enxertos de ossos contaminados.

Brennan e Booth vão investigar um aparente suicídio no Arlington National Cemitério, mas logo descobrem que houve um assassinato e que a vítima era um soldado que serviu no Iraque. Na investigação, surgem muitas perguntas sem resposta sobre a unidade militar da vítima.

Brennan precisa identificar partes de um esqueleto, mas algo surpreendente envolvendo sua família acontece e a deixa muito abalada. Ela precisa fazer uma investigação profunda sobre seu passado.