Temporada 3

Beckett e sua equipe invadem um apartamento na pista de um assassino surpreendem-se quando flagram Castle ao lado do corpo uma mulher morta segurando uma arma. Beckett não tem outra alternativa senão prender Castle até que ele prove a sua inocência.

Beckett e Castle investigam o assassinato de uma médium, enquanto debatem a existência de habilidades extra-sensoriais.

Quando um documento codificado atrai a atenção de Castle no assassinato de um agente de fianças, Beckett tem de orientar o caso para os criminosos que povoaram o mundo da vítima; quando o ex-parceiro de Beckett chega, Castle teme que o relacionamento se torne romântico.

Um jovem matemático é baleado com uma bala de 200 anos, inspirando teorias loucas em Castle sobre um assassino que viaja no tempo.

Uma mulher desconhecida cai fora de um caixão juntamente com o falecido quando os carregadores perdem o controle do caixão em um funeral; a investigação leva Castle e Beckett para o mundo da medicina.

Quando uma bela mulher é encontrada morta, a evidência indica a volta de um notório assassino em série conhecido como "O Assassino Triplo".

Quando Beckett e Castle respondem a um chamado pelo assassinato de um policial, eles descobrem que a vítima é na verdade um stripper fantasiado.

Ao investigar o assassinato de um trabalhador do metrô no Central Park, Castle e Beckett inesperadamente descobrem o sequestro de um menino.

Quando uma astrofísica proeminente é encontrada morta sob circunstâncias incomuns, Castle é levado a acreditar que sua morte foi resultado de uma abdução alienígena.

Quando o corpo de um estivador é pescado no East River, a investigação leva Castle e Beckett através dos túneis e passagens esquecidas de Nova York, onde eles descobrem um segredo dos tempos da Lei Seca. Este episódio enaltece a tradição dos bares de Nova York, e Castle fica tentado a preservar a tradição e comprar seu próprio bar.

Quando o romance de Castle, "Onda de Calor" vira filme, a atriz Natalie Rhodes aceita o convite de Beckett para visitar e conhecer a personagem que ela interpretará; Natalie observa a investigação de Castle e Beckett sobre o assassinato de um casamenteiro.

Quando o dono da histórica loja de mágicas Drake morto no famoso tanque d'água de Houdini, Castle e Beckett investigam o mundo dos mágicos e seus truques para achar o assassino. Durante a investigação, Castle e Beckett conhecem Tobias Strange, "o Johnny Depp dos mágicos". Mas os mágicos não são os únicos que tem segredos, já que um novo relacionamento romântico acontece escondido de todos.

Velhas feridas são reabertas quando o detetive aposentado no caso de homicídio da mãe de Beckett a contata com novas informações. Contudo, ele é alvejado na sua frente, antes de revelar qualquer detalhe. A investigação da sua morte leva-os até uma conspiração com 10 anos de idade que poderá desvendar o assassinato de sua mãe. Castle e Beckett estão ficando muito próximos, e acabam se beijando, apesar de tudo fazer parte de um plano.

O assassinato brutal de um ganhador de loteria deixa Castle e Beckett com muitos suspeitos. Martha deve decidir o que fazer com uma herança a que ela acha que não tem direito.

Castle e Beckett ficam em lados opostos quando um velho amigo de Castle é o principal suspeito do assassinato da esposa. Castle vê-se entre duas possibilidades terríveis: ou Beckett vai prender um inocente, ou seu velho amigo é um assassino de sangue frio.

Enquanto investigam um aparente roubo seguido de homicídio, Beckett e Castle descobrem que a vítima estava envolvida em uma conspiração misteriosa. Um agente federal (Adrian Pasdar) assume o caso.

Castle e Beckett devem deixar de lado suas diferenças com o agente Fallon (Adrian Pasdar) ao tentar evitar uma catástrofe em toda a cidade.

No episódio, um assassinato foi cometido no estúdio de "Temptation Lane". Sarah Cutler, a roteirista da novela, foi morta com um machado de incêndio. Castle e Beckett rapidamente descobrem que o drama por trás das cenas de "Temptation Lane" é tão escandaloso quanto os enredos fictícios.

Durante o julgamento do assassinato de uma socialite, um jurado de repente, cai morto! Quando Castle e Beckett descobrem que o jurado foi envenenado, a investigação indica que esse jurado, aparentemente inocente, pode ter relação com o assassinato em julgamento.

Castle e Beckett investigam o caso de um homem encontrado morto dentro do forno de uma pizzaria.

Castle e Beckett devem solucionar o caso do assassinato de um nadador campeão. Eles precisam resolver todos os segredos para descobrir o que levou à sua morte. Enquanto isso, os colegas de pôquer de Castle dão seus palpites sobre o caso.

O mentor de Beckett é assassinado e é isso que leva Beckett e Castle a uma viagem para Los Angeles. Castle e Beckett investigam o assassinato, visitam o estúdio de Heat Wave e partilham uma suíte de hotel.

Depois de uma concorrente num concurso de beleza ser encontrada estrangulada, muitos suspeitos aparecem, incluindo outras concorrentes, o patrocinador do concurso (Michael McKean) e a apresentadora do programa (Sasha Roiz).

A investigação de Kate Beckett sobre a morte de sua mãe recomeça quando Hal Lockwood (participação especial de Max Martini, de The Unit) — um assassino de aluguel com informações sobre o assassinato da mãe de Beckett — faz uma fuga espetacular durante seu julgamento. A polícia inicia uma caçada por Lockwood enquanto Castle e sua equipe descobrem evidências de uma conspiração envolvendo uma figura misteriosa protegida por pessoas poderosas que está ligada tanto à fuga de Lockwood quanto à morte de Johanna Beckett. A busca por Lockwood e a investigação da identidade de seu comparsa levam todos a uma conclusão chocante e mortal.