Sezon 3 Star Trek: Lower Decks jest potężniejszy, zabawniejszy i jeszcze bardziej osadzony w uniwersum Star Treka niż kiedykolwiek wcześniej. Fani mogą spodziewać się nowych (i znajomych) obcych, którzy rzucą wyzwanie załogom U.S.S. Cerritos i U.S.S. Titan. Dla Mariner, Tendi, Rutherforda i Boimlera animowana przygoda dopiero się zaczyna.
Odcinek premierowy sezonu. Mariner zabiera przyjaciół na nieautoryzowaną misję, aby uniewinnić swoją matkę, kapitan Freeman, która stoi przed trybunałem wojskowym za zniszczenie planety Pakled.
Na tropikalnej, rajskiej planecie Mariner powątpiewa w umiejętności organizacyjne kapitana Ransoma. Boimler podejmuje odważną decyzję dotyczącą kariery.
W odległej stacji badawczej fantazje stają się rzeczywistością. Tendi rozpoczyna swój pierwszy dzień jako starszy oficer naukowy.
Mariner, Boimler i Tendi muszą się zmierzyć ze zmianą Delta. Inżynierowie Cerritosa idą na obowiązkowy wypoczynek.
Mariner i Boimler pracują na stoisku rekrutacyjnym Gwiezdnej Floty podczas kosmicznych targów, a Rutherforda czeka nie lada wyzwanie.
Załoga Cerritosa niespodziewanie spędza dzień na Deep Space Nine.
Krnąbrny chorąży Gwiezdnej Floty nieudolnie próbuje odkupić swoje winy.
Sequel filmu Boimlera rozgrywany w holodeku próbuje dorównać oryginałowi.
Kapitan Freeman jest zestresowana odwiedzinami reporterki na Cerritosie.
W ostatnim odcinku trzeciego sezonu załoga Cerritosa musi udowodnić swoją wartość i jak najszybciej wykonać misje.