Gdy SG-1 rozpoczyna poszukiwania Zaginionego Miasta, odkrywa, że Jackson wrócił od Pradawnych, nie pamiętając, kim jest. Podczas próby przywrócenia mu pamięci zespół SG-1 dowiaduje się, że Zaginione Miasto znajduje się na innej planecie.
Anubis udaje się na Kelownę po odkryciu, że są tam kopalnie potężnego źródła energii, które może uczynić jego nową broń bardziej niszczycielską. Przywódcy Kelowny kontaktują się z SG-1, by uzyskać pomoc, ale zawierają nierozsądny układ z Anubisem.
15-latek dokonuje infiltracji SGC, twierdząc, że jest pułkownikiem Jackiem O'Neillem, który nagle odmłodniał o 30 lat. Ma wiedzę, DNA i – co najważniejsze – charakter O'Neilla. Czy to naprawdę on?
Z pomocą Daniela Teal'c widzi, że Rya'c i Bra'tac są przetrzymywani w obozie śmierci Goa'uldów. Wyrusza wraz z zespołem SG-1, by uratować syna i mentora, ale czy zdoła pokonać swoje lęki na czas?
Zespół SG-1 odkrywa oddaloną o sześć tysięcy lat świetlnych zniszczoną planetę, której mieszkańcy muszą żyć w ochronnej kopule. Przetrwali dzięki kontrolującemu wszystko systemowi komputerowemu. Jest on zbawieniem czy przekleństwem?
SG-1 znajduje rozbity statek kosmiczny z setkami ludzi w śnie kriogenicznym. Zaatakowany niewidzialną bronią zespół traci przytomność, a po obudzeniu się odkrywa, że kilka z zamrożonych osobowości teraz zamieszkuje ciało Daniela.
Operacja wydobycia Naquadah zostaje zakłócona przez atak rdzennego plemienia Unas. Zespół SG-1 wysłany, by bronić wydobywców, odkrywa, że plemię broni ziemi uznanej za świętą. Daniel negocjuje zamiast eksterminować.
Serakkin Warrick chce podzielić się technologią swojej planety z Ziemią w zamian za pomoc Carter w wygraniu wyścigu kosmicznego. Carter zgadza się i pilotuje statek na niebezpiecznym torze przeszkód; ale wyścig nie jest wolny od ryzyka.
Dr Felger tworzy wirus komputerowy, który ma wyłączyć wrota kontrolowane przez Goa'uldów. Gdy program przestaje działać prawidłowo, O'Neill, Teal'c i Daniel zostają uwięzieni na obcej planecie, a niebezpieczeństwo jest coraz bliżej.
SG-1 spotyka rasę wojowniczek, których przetrwanie zależy od symbiontów zbieranych od Jaffa. Teal'c i SG-1 muszą przekonać arcykapłankę wojowniczek, aby odrzuciła strach przed uzależnieniem się od leczniczego środka, zanim Goa'uldowie je zniszczą.
SG-1 spotyka wojownika stworzonego za pomocą bioinżynierii przez Anubisa. Podczas gdy zespół stara się dowiedzieć, skąd pochodzi wróg, Daniel udaje się do Ameryki Południowej w poszukiwaniu urządzenia pozostawionego przez Pradawnych.
Po odkryciu lokalizacji bazy wojowników Carter rusza na misję zwiadowczą, by poznać plany Anubisa. Tymczasem O'Neill udaje się do Ameryki Południowej, aby uratować Daniela, który został porwany dla okupu przez rebeliantów z Hondurasu.
Carter, ranna po ataku obcych, budzi się uwięziona na Prometeuszu. Mając za przewodnika jedynie swoją podświadomość, musi wydostać się z mgławicy, zanim zniszczy ona statek i szansę na powrót do domu.
Jonas Quinn wraca do SGC z wiadomością, że kopalnie Naquadrii na Kelownie mogą spowodować wybuch w jądrze planety, który sprawi, że jego ojczyzna przestanie nadawać się do zamieszkania, a miliony osób zginą.
Daniel ma dziwne sny dotyczące Zaginionego Miasta Pradawnych. Zespół podejrzewa, że ktoś manipuluje jego umysłem i musi mu pomóc, zachowując przy tym sekret przed Goa'uldami.
Carter ucieka przed superwojownikiem z technologią kluczową do pokonania nowej armii Anubisa. Ranna i bezbronna musi wykorzystać umiejętności zdobyte w czasie szkolenia, by przeżyć, a O'Neill i Teal'c usiłują odnaleźć ją na czas.
Gdy Siły Powietrzne wysyłają ekipę dokumentalną, aby uchwycić historyczne znaczenie programu Gwiezdnych Wrót, członkowie SGC mają opory. Napięcie rośnie, gdy nagły wypadek zmusza generała Hammonda do ograniczenia dostępu do SGC.
Ekipa filmowa, mająca za zadanie uchwycić znaczenie programu Gwiezdnych Wrót, dostaje prawdziwy wgląd w bohaterską naturę i rodzinne więzi żołnierzy SGC, gdy kluczowy członek ginie w akcji.
Zespół SG-1 ma zbadać sprawę zabicia grupy naukowców departamentu wywiadu. Odkrywa, że w wyniku ich eksperymentów można połączyć DNA i stworzyć prawdziwe zło: człowieka posiadającego sumienie Goa'ulda.
W pierwszym dniu urzędowania nowo wybrany prezydent Stanów Zjednoczonych dowiaduje się o programie Gwiezdnych wrót i musi zostać zaznajomiony z dokonaniami z ostatnich siedmiu lat.
O'Neill pozwala ponownie pobrać wiedzę Pradawnych do swojego umysłu, choć pierwszy raz prawie go zabił. Jego stan powoli się pogarsza i wraz z zespołem SG-1 musi ścigać się z czasem, aby odkryć tajemnicę Zaginionego Miasta.
O'Neill pozwala ponownie pobrać wiedzę Pradawnych do swojego umysłu, choć pierwszy raz prawie go zabił. Jego stan powoli się pogarsza i wraz z zespołem SG-1 musi ścigać się z czasem, aby odkryć tajemnicę Zaginionego Miasta.