Sezon 3

Hathor porywa O'Neilla i wszczepia mu niszczycielski symbiont Goa'uld, który może go zabić. Tymczasem drużyna ratunkowa ulega niepokonanej barierze energetycznej Hathora, a czas ucieka. Czy uda się uratować O'Neilla?

Podczas polowania na Goa'ulda na Ziemi, SG-1 odkrywa, że potężny kosmita przewodzi na ich planecie groźną sektą. O'Neill podejmuje walkę z nim oraz agentami rządowymi, ryzykując zniszczenie wszystkich.

O'Neill próbuje powstrzymać masową inwazję Goa'uldów na Ziemię. Aby odwołać atak, władcy Goa'uldów żądają zniszczenia Gwiezdnych Wrót. O'Neill im nie ufa, ale los Ziemi jest zagrożony.

Tajemnicza tablica odkryta na odległej planecie zaraża dotykających ją halucynogenem. Niezwykły kamień zakaża Teal'ca, potem cały zespół poza Hammondem. Czy generał zdoła sam uratować SG-1?

W ramach programu wymiany z planetą Orban, O'Neill przybywa na Ziemię z dziewczynką o niesamowitej wiedzy technicznej. Gdy odkrywa prawdę o umyśle dziecka, może być już za późno dla wszystkich.

Carter i Kawalsky z alternatywnej rzeczywistości pojawiają się w Strefie 51. Po przewiezieniu do Dowództwa ich stan zaczyna się pogarszać. Powrót do ich własnej rzeczywistości oznacza śmierć, gdyż ich świat został zaatakowany przez Goa'uldów!

SG-1 zostają schwytani przez Arisa Bocha, łowcę nagród, ścigającego złego Goa'ulda, Kel'tara. Oferuje im wolność w zamian za pomoc. Zgadzają się, odkrywając, że Kel'tar to Tok'ra, a jego schwytanie zagraża wielu innym.

Na jednej z wypraw SG-1 spotyka średniowieczną cywilizację i uwalnia kobietę przeznaczoną na ofiarę dla demona. Gdy kobieta zostaje uwolniona, demon grozi zniszczeniem wioski, chyba że w zamian dostanie zespół SG-1.

SG-1 lądują w środku bitwy między żołnierzami a armią Jaffa. Uważając żołnierzy za zaginiony zespół SG-11, O'Neill i reszta pomagają, jednak nagle tajemniczy wojownicy zwracają się przeciwko SG-1!

Podczas ratowania pojmanych Abydończyków Daniel znajduje swoją zaginioną żonę, Sha're. Zamiast go przywitać, atakuje go, co prowadzi do jej śmierci z rąk Teal'ca. Zrozpaczony i wściekły na Teal'ca Daniel odchodzi z Dowództwa Gwiezdnych Wrót.

SG-1 trafia na planetę opanowaną amnezję. Jej przywódczyni, Ke'ra, wraca z SG-1 na Ziemię, aby znaleźć lekarstwo. Ale gdy między Ke'rą a Danielem rodzi się wzajemne uczucie, SG-1 podejrzewa, że kobieta nie jest tym, za kogo się podaje.

Ojciec Carter został pojmany na księżycu zmienionym w piekło. Tylko Jolinar kiedykolwiek uciekła z tego miejsca, więc jej wspomnienia są wydobywane z umysłu Carter za pomocą technologii Tok'ra. Zaczyna się wyścig z czasem.

Podczas próby ratunku SG-1 zostaje schwytany przez mieszkańca piekła. Chce on wykorzystać ich wiedzę do obalenia władcy Goa'uldów, Sokara. Korzystając z technologii Tok'ra, zespół musi przeżyć bolesne wspomnienia. Czy zdołają je znieść?

Podczas badań medycznych dr Fraiser podaje zespołowi środki uspokajające. Teal'c budzi się i widzi generała Hammonda spiskującego z Fraiser i obcymi. Co się stało w dowództwie i czy SG-1 pokona „sojuszników”?

Gdy SG-1 zostaje zaproszony na planetę Tollan na ceremonię „Triady”, są zszokowani odkryciem, że to proces mający na celu określenie losu ich przyjaciela Skaary. Daniel i O'Neill muszą bronić Skaary przeciw tajemniczemu Goa'uldowi.

W drodze na planetę, SG-1 zostają zarażeni obcym zarodnikiem, który ewoluuje w istotę o nazwie Urgo. Chociaż Urgo twierdzi, że jest przyjazny, podejrzliwi członkowie zespołu starają się pozbyć stworzenia, zanim zniszczy ich umysły.

SG-1 odwiedza przyjazną planetę Edora, aby obejrzeć coroczny deszcz meteorów, który rozświetla niebo jak ognisty deszcz. Nagle, zbłąkane asteroidy bombardują planetę, niszcząc Gwiezdne Wrota. Czy O'Neill i zespół wrócą do domu?

Podczas misji na Tollanie O'Neill kradnie broń i zabiera ją na Ziemię. Kiedy Hammond odkrywa oszustwo, zawiesza O'Neilla. Ale niewłaściwe zachowanie O'Neilla jest tylko początkiem głębokiej tajemnicy, która może mieć katastrofalne konsekwencje.

SG-1 przybywa na planetę, gdzie ich obecność wywołuje wojnę między dwiema kulturami. Szpieg uświadamia sobie, że jego strona może wygrać, jeśli SG-1 i Gwiezdne Wrota zostaną zneutralizowani. Czy O'Neill i jego zespół zdążą się uratować?

Bra'tac przybywa do Dowództwa Gwiezdnych Wrót, niosąc wieści o wojnie międzyplanetarnej z Apofisem. Daniel dedukuje, że bitwa toczy się o dziecko Apofisa i postanawia je uratować, zanim zostanie znaleziony przez wroga.

Daniel znajduje kryształową czaszkę, która wygląda tak samo jak ta, odkryta przez jego dziadka. Gdy wpatruje się w oczy czaszki, siła sprawia, że znika. SG-1 musi znaleźć jego dziadka, aby rozwiązać zagadkę i sprowadzić Daniela do domu.

O'Neill zostaje porwany przez Asgardów i spotyka stado metalicznych robaków, mających zniszczyć Ziemię. Planuje poświęcić się, wysadzając statek, ale czy zespół szuka innego sposobu na powstrzymanie tego apokaliptycznego planu.