Sezon 5

Akcja odcinka rozpoczyna się bezpośrednio po wydarzeniach z finału czwartej serii. Okazuje się, że Mulder sfingował swoją własną śmierć, aby odkryć prawdę o Obcych. Michael Kritschgau zachwiał bowiem jego dotychczasową wiarą. Scully brnie w kłamstwa przed komisją, aby umożliwić Mulderowi działanie. Fox próbuje również znaleźć lekarstwo dla Dany.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Stan Scully znacznie się pogarsza i ląduje ona w szpitalu. Palacz naprowadza Muldera, jak zdobyć lekarstwo dla Scully. Przyprowadza do niego również Samanthę i obiecuje ujawnienie prawdy o Obcych. Chce jednak, by Mulder odszedł z FBI i pracował dla niego. Nowotwór Scully ulega remisji.

Odcinek poświęcony Samotnym Strzelcom. Historia zaczyna się w roku 1989, kiedy to Byers, Frohike i Langly poznają się, przy okazji pomocy w ucieczce pięknej kobiecie, Susanne Modeski, która okazuje się być groźną przestępczynią. Ściga ją Fox Mulder.

Na Florydzie, w lesie dochodzi do zaginięcia trzech mężczyzn. Wszystko wskazuje na to, że porwał ich niewidzialny drapieżnik.

Mulder dostaje list od kobiety z Indiany, która twierdzi, że 18 lat temu została zapłodniona w bardzo dziwnych okolicznościach. Teraz jest ponownie w ciąży i znów twierdzi, że zapłodnił ją potwór – Wielki Mutato.

Scully spędza święta Bożego Narodzenia wraz z matką, z bratem i jego żoną. W pewnym momencie dostaje dziwny telefon, w którym słyszy wołanie o pomoc, swojej nieżyjącej siostry. Prosi ona by zajęła się ona sprawą Emily Sin. Dana podejrzewa, że biologiczną matką dziewczynki jest właśnie Melissa.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Okazuje się, że to Dana jest matką Emily. Scully stara się o adopcję dziewczynki. Niestety, Emily ma wysoką gorączkę i jej stan znacznie się pogarsza. Mulder usiłuje znaleźć informację nt. jej wcześniejszego leczenia. Jest już jednak za późno – dziewczynka zapada w śpiączkę i umiera na rzadki rodzaj anemii.

Z więziennego szpitala ucieka Robert Modell – Nagabywacz, który został wcześniej aresztowany przez Muldera. Ma on zdolność do narzucania swojej woli innym. Modell rozpoczyna Kitsunegari – polowanie na lisa (Fox = lis).

W Michigan pewien nastolatek jest podejrzany o zabicie swojego ojczyma. W szkole jest uważany za ofermę i Mulder nie wierzy w jego winę. Kilka dni później ojciec jego przyjaciółki, Lisy również ginie w tajemniczych okolicznościach.

Scully przebywa na wakacjach w Maine, gdzie jest świadkiem dziwnego zdarzenia w hipermarkecie. Wszyscy w środku doznają ataku szału i zaczynają wydrapywać sobie oczy. Trop prowadzi do Melissy Turner, która uważna jest za wiedźmę, i jej córki.

W Waszyngtonie, w barze spotykają się handlarze narkotyków, by zabić człowieka, który jest im winny pieniądze. Po chwili wpada tam policja i rozpętuje się strzelanina. Mulder i Scully znajdują tam komputer pewnego informatycznego geniusza i sądzą, że jego obecność tam nie była przypadkowa.

W Teksasie, Mulder zabija człowieka, który udawał wampira. Wraz ze Scully, mają stanąć przed Skinnerem żeby przedstawić mu raport. Starają się więc wiernie odtworzyć przebieg wydarzeń. Cały odcinek zabarwiony jest lekką nutką humoru.

W Kazachstanie dwóch chłopców widzi jak coś spada z nieba. Chwilę potem wszystko staje w płomieniach. Następnego dnia Marita Covarrubias widzi tam Kryceka. Tymczasem Scully poznaje Cassandrę Spender – kobietę wielokrotnie porywaną przez kosmitów, a także jej syna Jeffreya – agenta FBI.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Scully budzi się z lekkimi oparzeniami, jednak wielu ludzi na moście zostało spalonych, a Cassandra Spender zaginęła. Dana postanawia się więc poddać hipnozie, aby przywrócić wspomnienia. Członkowie Syndykatu odkrywają, że podpalaczami byli kosmici-rebelianci bez twarzy.

Akcja dzieje się w roku 1990. W tym właśnie czasie młody agent FBI, Fox Mulder, zaczyna się interesować jedną z pierwszych spraw Archiwum X z 1952 roku, w którą może być zamieszany jego ojciec.

Mulder i Scully prowadzą sprawę morderstwa w stanie Delaware. Wszystkie dowody wskazują na to, że podejrzaną jest niewidoma kobieta. Mulder jednak nie wierzy w jej winę.

Pewnej nocy, szesnastoletnia, upośledzona umysłowo i fizycznie, dziewczyna wychodzi o własnych siłach na ulicę. Jej przybrany ojciec widzi jak klęka przed Czarną Figurą, później rozbłyskuje silne światło i dziewczyna pada martwa. O pomoc w rozwiązaniu tej zagadki prosi Scully znajomy ksiądz – ojciec McCue.

Dwunastu agentów FBI obserwuje w parku podejrzanego o rozprzestrzenianie broni biologicznej. W pewnym momencie podejrzany ucieka. Scully podejrzewa, że Mulder pozwolił mu uciec. Okazuje się, że bierze on udział w ściśle tajnej operacji i jest podwójnym agentem.

W Illinois Gary Lambert widzi jak jego szef zamienia ludzi w zombie. Sfrustrowany tym faktem, bierze zakładników, w tym przybyłego na miejsce Muldera. W czasie akcji FBI, napastnik ginie, lecz Mulder również zaczyna widzieć ludzi jako zombie.

Agenci zajmują się sprawa morderstwa rosyjskiego mistrza w czasie meczu szachowego. Rozgrywał on mecz z pewnym genialnym dwunastolatkiem, Gibsonem Praisem. Mulder, Scully i Diana Fowley prowadzą śledztwo w tej sprawie i okazuje się, że to chłopiec był celem zamachu. Tymczasem Krycek, na polecenie Syndykatu, sprowadza do kraju Palacza. Ten mówi Spenderowi, że jest jego ojcem.