Sezon 4

Kontynuacja ostatniego odcinka trzeciej serii. Mulder i Jeremiah Smith uciekają przed mordercą i trafiają do wioski, w której pracują klony porwanych dzieci, również Samanthy. Scully odkrywa informacje nt. katalogowania ludzi, za pomocą Programu ds. Walki z Ospą. Informator Muldera – X – zostaje zamordowany. Palacz zleca uzdrowienie pani Mulder. Nową informatorką Muldera zostaje Marita Covarrubias.

Agenci zajmują się sprawą znalezionego noworodka z wieloma deformacjami genetycznymi. W trakcie śledztwa, wychodzi na jaw, że w sąsiedztwie mieszka rodzina Peacocków, którzy od pokoleń płodzą dzieci tylko pomiędzy sobą.

Teliko to afrykańskie duchy powietrza. Następuje seria tajemniczych zgonów czarnoskórych mężczyzn, których skóra została pozbawiona barwnika.

Pewna młoda kobieta robi zdjęcie do paszportu. Fotograf, który wywołał to zdjęcie zauważa, że na kliszy, twarz kobiety jest mocno zniekształcona. Te informacje prowadzą agentów FBI do człowieka o nienaturalnie długich nogach.

FBI dokonuje nalotu na sektę Efezjan, w poszukiwaniu arsenału broni. Podczas nalotu Mulder doznaje osobliwego wrażenia, jakby kiedyś już był w tym miejscu. Agenci przesłuchują kobiety z otoczenia guru sekty. Podczas przesłuchania jedna z żon guru, Melissa, doznaje rozszczepienia osobowości. Scully wierzy, że jest to tylko zaburzenie psychicznie, jednak Mulder podejrzewa, że w kobiecie uaktywniło się jej poprzednie wcielenie. Podczas ponownego pobytu na farmie, kobieta przypomina sobie wydarzenia z poprzedniego życia. Opowiada o bitwie z okresu wojny secesyjnej, twierdząc że w poprzednim wcieleniu Mulder brał udział w tej bitwie.

Mulder i Scully badają sprawę kliniki chirurgii plastycznej, gdzie kilku lekarzy, nieświadomie, zabiło pacjentów podczas operacji. Okazuje się, że rozwiązanie ma związek z datami urodzin i sabatem czarownic.

Odcinek poświęcony Palaczowi. Opowiada historię jego życia – o tym jak uczestniczył on w zamachu na prezydenta Kennedy’ego i Martina Luthera Kinga. Ujawnia również, że Palacz, pomimo wielu wad, ma talent literacki.

Agenci Mulder i Scully rozbijają grupę terrorystyczną. Okazuje się, że Krycek jest członkiem tej grupy. Agenci dostają od niego cynk, o tajnej przesyłce dyplomatycznej, którą ma przywieźć rosyjski kurier. Okazuje się ona być skałą pozaziemską i pochodzi z meteoru tunguskiego, który spadł na Ziemię w 1908 roku. Podczas badania w laboratorium wychodzi na jaw, że w skale znajdują się mikroby Czarnego Raka. Naukowiec badający meteoryt ulega zakażeniu. Krycek idzie na współpracę z agentami, żądając w zamian ochrony. Początkowo Mulder umieszcza Kryceka w swoim mieszkaniu, a wkrótce potem udają się do Rosji. Odkrywają gułag i kopalnie, w której wydobywa się fragmenty meteorytu tunguskiego. Od jednego z więźniów Mulder dowiaduje się, że w obozie przeprowadzane są nielegalne eksperymenty na ludziach. Celem badań jest opracowanie szczepionki przeciwko Czarnemu Rakowi. Krycek dogaduje się z władzami gułagu. Tymczasem Mulder zostaje zainfekowany Czarnym Rakiem.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. W Rosji zostaje wydane polecenie, aby były członek KGB zabił wszystkich którzy mieli kontakt ze skałą w USA. Mulder i Krycek usiłują uciec z obozu pracy na Syberii. Ulegają oni jednak wypadkowi: Mulder znajduje schronienie u tubylców, natomiast Krycek, aby przeżyć, musi dać sobie odciąć rękę.

Seryjny morderca, odsiadujący dożywocie twierdzi, że to on zamordował Samanthę. Mulder, aby odkryć prawdę, daje sobą pogrywać.

W Puerto Rico grasuje obcy, zwany przez mieszkańców El Chupacabra. Jest on podejrzany o morderstwo młodej dziewczyny.

Pracownik karetki pogotowia, świetnie znający się na medycynie, „zabiera” komórki nowotworowe ludziom chorym na raka, aby sam mógł przeżyć.

Pewien mężczyzna, który jest świeżo po rozwodzie, upija się w pubie i potem robi sobie tatuaż z napisem „never again” (nigdy więcej). Wkrótce zaczyna słyszeć głosy. Podejrzewa, że to właśnie tatuaż do niego mówi.

Scully dowiaduje się, że ma raka nosogardła. Okazuje się, że choroba może być wynikiem uprowadzenia. Kontaktuje się ona z kobietą, która także była uprowadzona i też ma raka. Mulder jest gotów poprosić o pomoc Palacza.

Zostaje zabity młody Żyd, właściciel sklepu. W czasie, gdy jego rodzina opłakuje śmierć, ktoś zaczyna zabijać sprawców tej zbrodni. Ślady wskazują właśnie na zabitego Żyda.

Weteran wojny w Wietnamie, posiadający niezwykłą zdolność do ukrywania się przed ludzkim wzrokiem, zabija generałów, którzy odpowiadają za pozostawienie go na pewną śmierć w czasie wojny.

Rozbija się pasażerski samolot. Mulder i Scully prowadzą w tej sprawie śledztwo. Okazuje się, że jednym z pasażerów, był stary znajomy agentów – Max Fening. Odkrywają oni, że samolot został zestrzelony wraz z UFO.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder zostaje aresztowany, za utrudnianie śledztwa. Wojsko zaciera ślady po rozbiciu się UFO, usuwając wrak z jeziora. Wychodzi na jaw, że Obcy interesowali się właśnie Maxem.

Młody naukowiec zostaje ostrzeżony przez starszego mężczyznę, że za chwilę potrąci go autobus. Tak się rzeczywiście dzieje. Okazuje się, że ów starszy człowiek przybył z przyszłości aby zapobiec wynalezieniu śmiertelnej broni.

Mulder i Scully zajmują się sprawą mężczyzny, który jest w stanie zmienić się w dowolnego człowieka. Jego znakiem rozpoznawczym jest jednak ogon, z którym się urodził.

W Wirginii, pracownica poczty zostaje zabita w toalecie. FBI wszczyna śledztwo w tej sprawie. Tymczasem Skinner zaciera ślady i pali zwłoki. Mulder sam prowadzi dochodzenie, gdyż Scully jest w szpitalu – lekarze podejrzewają przerzuty. Skinner próbuje uzyskać lekarstwo dla Scully, w tym celu musi wykonywać polecania Palacza. Mulder odkrywa, że pszczoły które zabiły pracownice poczty przenoszą zmutowany wirus ospy. Syndykat przeprowadza pierwszą próbę ataku na ludziach z użyciem pszczół. Za cel wybierają przedszkole.

W Waszyngtonie właściciel kręgielni widzi zjawę. Po chwili znajduje trupa dziewczyny, która mu się objawiła. Mulder i Scully prowadzą śledztwo w tej sprawie. Dowody doprowadzają ich do, chorego na autyzm, Harolda.

Mulder budzi się w hotelu, w Rhode Island i nie pamięta niczego z ostatnich dwóch dni. Kiedy przyjeżdża Scully, trafiają do domku letniskowego państwa Cassandra i znajdują tam trupy właścicieli. Mulder nie dość, że zostaje aresztowany, to jeszcze oskarża swoją matkę o romans z Palaczem.

W Kanadzie grupa naukowców odnajduje zamarznięte zwłoki Obcego. Mulder wraz z towarzyszami sprowadza ciało do USA i przeprowadza amatorską sekcję. Tymczasem Scully aresztuje Michaela Kritschgau, który twierdzi, że ciało Obcego zostało spreparowane przez ludzi, którzy wstrzyknęli jej komórki rakowe. Scully identyfikuje zwłoki Muldera.