Sezon 3

Kontynuacja ostatniego odcinka drugiej serii. Albert Hosteen przetłumaczył zapis z taśmy lecz wojsko, z nakazu Palacza odbiera Scully papiery. Okazuje się, że Mulder przeżył atak i leczy się u Indian. Scully zostaje zawieszona w wykonywaniu czynności. Przypadkowo odkrywa, że ma pod skórą wszczepiony implant. Tajemniczy mężczyzna ostrzega Scully przed planowanym zamachem na jej życie. Mulder odwiedza swoją matkę, pyta ją o przeszłość ojca i tajemnicze zdjęcie, na którym widnieje m.in. pierwszy informator Muldera. Krycek przez pomyłkę strzela do Melissy, siostry Scully. Dana podejrzewa, że to Skinner ma ją zabić, ale on twierdzi, że ma dla niej kasetę z danymi.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder i Scully, wspólnie z Samotnymi Strzelcami, rozwiązują zagadkę kasety. Trafiają do rządowych archiwów, gdzie są przetrzymywane informacje nt. wielu ludzi, w tym agentów FBI. Skinner mówi Palaczowi, że ma zapis z kasety. Albert Hosteen i 20 członków jego plemienia nauczyło się go na pamięć. Melissa Scully umiera w szpitalu.

Młody chłopak z Oklahomy, Darin Peter Oswald jest w stanie władać piorunami. W miasteczku ginie kilku młodych chłopaków. Agenci postanawiają zająć się tą sprawą.

Mulder i Scully zajmują się sprawą morderstw wróżbiarzy. Pomaga im Clyde Bruckman, który potrafi przewidzieć czyjąś śmierć

Skazaniec z celi śmierci, Napoleon „Neech” Manley, zostaje stracony na krześle elektrycznym. Przed egzekucją mówi, że zemści się na wszystkich, którzy go źle traktowali. Wkrótce giną strażnicy więzienni.

Pan Incanto umawia się z samotnymi kobietami na randki. Jednak zamiast flirtu, zjada ich skórę.

W zakładzie opieki nad weteranami wojennymi, pewien były żołnierz pragnie popełnić samobójstwo, ale ciągle mu się nie udaje. Wkrótce potem, w jego dawnej jednostce dochodzi do serii niewytłumaczalnych zjawisk.

W Seattle, Carl porywa dziewczynkę Amy i mówi jej „nikt nas nie zniszczy”. W tym samym momencie na drugim końcu miasta, kobieta, która była kiedyś porwana, Lucy ma krwotok i wypowiada te same słowa.

W Knoxville, grupa japońskich naukowców zostaje zabita w trakcie sekcji Obcego. Wkrótce potem, Mulder trafia do tajnego laboratorium, gdzie Amerykanie i Japończycy badają wrak UFO. Mulder widzi również, jak do pociągu ładują żywą, zamaskowaną istotę. Postanawia on dostać się do tego pociągu.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. W Zachodniej Wirginii dochodzi do masowego mordu na trędowatych. Mulder, który wskoczył do pociągu, znalazł tam japońskiego lekarza, uczestniczącego w zabiegach na Scully. Okazuje się, że w pociągu jest bomba.

Zabity zostaje pastor-oszust. Udawał stygmatyka. Niedługo potem młody chłopiec Kevin naprawdę ma stygmaty. Zabójca usiłuje go zamordować.

Inwazja karaluchów z metalowymi pancerzykami w Massachusetts.

W małym miasteczku dochodzi do serii zabójstw nastolatków. Lokalni mieszkańcy podejrzewają, że za zbrodnie odpowiedzialni są członkowie sekty satanistycznej. Mulder współpracuje z detektyw White, którą jest zainteresowany. Scully jest wyraźnie zazdrosna. Okazuje się że winnymi tajemniczych zgonów i niewytłumaczalnych zjawisk są dwie nastolatki obdarzone nadprzyrodzonymi zdolnościami. Mulder podejrzewa, że ich moc pochodzi ze zbliżającej się koniunkcji planet.

W Waszyngtonie zostaje zabity model z Wydziału Sztuk Pięknych. Zabójcą jest John Mostov, więc Mulder i Scully zamykają go. Wkrótce giną kolejni mężczyźni. Mulder musi współpracować z dawnym nauczycielem, Billem Patersonem.

Francuscy nurkowie odnajdują wrak samolotu z drugiej wojny światowej. Jeden z nich odkrywa, że w kadłubie samolotu nadal znajduje się żywy pilot, w jego oczach znajduje się dziwna czarna substancja, określana jako „Czarny Rak”. Po wyciągnięciu nurka na powierzchnię, teraz w jego oczach pojawiła się ta sama substancja. Wszyscy, prócz niego, zapadli na chorobę popromienną. Scully spotyka się ze starym przyjacielem ojca, który miał podobne przeżycia, podczas misji wykonywanej w trakcie drugiej wojny światowej. Francuski nurek wraca do swojego domu, i zaraża swoją partnerkę. Teraz to ona staje się nosicielem nieznanej substancji. Mulder prowadząc śledztwo wyrusza do Hongkongu, a jego tropem podąża zainfekowana kobieta. W Hongkongu Mulder spotyka Kryceka. Skinner zostaje ostrzeżony, aby dla swojego dobra porzucił sprawę morderstwa siostry Scully. Niedługo potem Skinner zostaje postrzelony. Mulderowi udaje się złapać Kryceka.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder i Krycek wracają do Waszyngtonu po kasety z rządowymi dokumentami. Scully odwiedza rannego Skinnera w szpitalu. Okazuje się, że zamachowcem jest ten sam człowiek, który uczestniczył w zabiciu jej siostry. Mulder spotyka się z członkiem Syndykatu. Wychodzi na jaw, że oni także szukają Kryceka. Mulder dowiaduje się, że w czasie drugiej wojny światowej, zostało zestrzelone UFO, którego wrak leżał na dnie morza, przez dziesięciolecia. Palacz bez zgody Syndykatu, przenosi wrak UFO w inne miejsce. Krycek kontaktuje się z Palaczem, oddaje mu kasetę z danymi, w zamian otrzymuje informacje o lokalizacji statku. Mulder i Scully udają się do opuszczonej bazy wojskowej. Palacz przeszkadza agentom w złapaniu Kryceka. Czarny Rak manipulując ciałem Kryceka, wykorzystał go, aby powrócić do swojego statku.

W Wirginii, mężczyzna pod pseudonimem Nagabywacz, potrafi siłą woli zmusić kogoś do samobójstwa. Za każdym razem potrafi się wymknąć policji, bo na nich też wpływa.

Ekspedycja dr Roosevelta w Ekwadorze odnajduje szczątki Amaru – indiańskiej szamanki. Zabierają je stamtąd, pomimo że grozi to klątwą. Wkrótce pojawiają się pierwsze ofiary...

W chińskiej dzielnicy San Francisco zostaje spalony imigrant z Chin (nie pierwszy w tym roku). Okazuje się, że byli oni członkami gry, w której sprzedawali swoje narządy.

Dwoje nastolatków jadąc samochodem doznaje przeskoku w czasie. Po jakimś czasie, dziewczyna odnajduje się i ma obrażenia jak po zgwałceniu. Następnie odnajduje się i chłopak, którego policja oskarża o gwałt. Oboje jednak twierdzą, że zostali porwani przez kosmitów.

Zastępca Dyrektora Walter Skinner jest w trakcie rozwodu. Z tego powodu jest w depresji i idzie, z poznaną w barze dziewczyną, do hotelu. Następnego dnia, dziewczyna leży obok niego, ze skręconym karkiem. Mulder i Scully starają się pomóc Skinnerowi.

W Georgii ginie w tajemniczych okolicznościach dr Bailey. Wcześniej zaginął również zastępowy harcerzy. Niektórzy miejscowi mieszkańcy są przekonani, że zjadł go potwór z pobliskiego bagna.

W Maryland dochodzi do serii tajemniczych zabójstw. Okazuje się, że jeden z ich sprawców, we wszystkich swoich ofiarach, widział twarz bośniackiego zbrodniarza wojennego. Wszystko wskazuje na to, że te przywidzenia, to efekt oglądania telewizji.

Pewien mężczyzna w barze mówi przypadkowym gościom o swoich niepowodzeniach. Nagle, w akcie rozpaczy, zaczyna do nich strzelać. Świadek tego zdarzenia, Jeremiah Smith, cudownie uzdrawia postrzelonych. Tymczasem Palacz spotyka się z matką Muldera. Wkrótce potem pani Mulder doznaje rozległego udaru.