Kontynuując wydarzenia z poprzedniego sezonu, Mulder i Scully dowiadują się, że nie tylko oni desperacko poszukują ich dawno zaginionego syna Williama. Od tego może zależeć los świata.
Stary przyjaciel kontaktuje się z Mulderem i Scully w pozornie niemożliwy sposób, odkrywając mrożący krew w żyłach sekret.
Szereg zgonów, w których ofiary nękane są przez ich własnych sobowtórów, doprowadzają Muldera i Scully do pary bliźniaków grających w niebezpieczną grę.
Badając ideę efektu Mandeli, w którym duże grupy ludzi pamiętają alternatywną historię, Mulder i Scully dowiadują się, jak zapoczątkowano śledztwa nad sprawami z Archiwum X.
Kiedy para nastoletnich dziewcząt atakuje się nawzajem, uważając tą drugą za potwora, Mulder i Scully dowiadują się, że ich śledztwo może doprowadzić do ich dawno zaginionego syna Williama.
Skinner nagle znika, gdy jego przeszłość wydaje się go prześladować. Kiedy Mulder i Scully próbują go wytropić, ich rosnąca nieufność do niego sięga szczytu.
W świecie stale rosnącej automatyzacji i sztucznej inteligencji Mulder i Scully stają się celem śmiertelnej gry w kotka i myszkę.
Mulder i Scully badają brutalny atak zwierzęcia na małego chłopca w Connecticut, podejrzewając, że w grę wchodzą mroczne siły.
Podczas badania kradzieży ludzkich organów Mulder i Scully odkrywają tajemniczy kult pochłonięty makabrycznymi rytuałami.
Mulder i Scully spieszą się, by znaleźć uciekającego Williama, podczas gdy Człowiek z papierosem zaczyna wrażać w życie swój ostateczny plan.