Sezon 6

Siedem miesięcy minęło od rozpadu ekipy i Caroline Julian wzywa zespół z powrotem do Instytutu Jeffersona w Waszyngtonie, aby uratować karierę Cam i pomóc rozwiązać kontrowersje dotyczące sprawy małego chłopca.

Zespół z instytutu próbuje odkryć tożsamość pary, której ciała zostały znalezione w jaskini. Dziewczyna Bootha – Hannah Burley, wraca do Waszyngtonu i Brennan ponownie ocenia swój związek z Boothem zdając sobie sprawę, że jemu naprawdę zależy na Hannah.

Booth i Brennan badają szczątki Richiego „V” Genaro, który był ostatnio widziany w Jersey Shore, klubie nocnym. Brennan zna się na tej pop-kulturze, gdyż wierzy, że oglądała o tym film dokumentalny, a tak naprawdę było to show telewizyjne. Tymczasem Hannah zaprzyjaźnia się z zespołem z instytutu Jeffersonian, a Angela stara się utrzymać ciążę w tajemnicy.

Zespół jedzie na poszukiwanie zaginionych części ciała po wcześniejszym znalezieniu czaszki i rozkładających się rąk w śmietniku. Ofiara została zidentyfikowana jako łowca nagród, który szuka mordercy o imieniu Charles Braverman. Zespół odkrywa, że inny łowca nagród szuka Bevermana, co jest dobrym motywem zabójstwa. W międzyczasie Brennan sprawia, że gwiazda show dla dzieci prof. Bunsen Jude „The Science Dude” (gościnnie David Alan Grier) jest jej nowym stażystą.

Zostaje zamordowany uliczny tancerz. Booth i Brennan podejrzewają kogoś z konkurencyjnej trupy. W międzyczasie, dziewczyna Bootha zostaje postrzelona, a Booth bardzo martwi się o jej zdrowie.

Zespół, podczas identyfikacji szczątków niewolników z wraku 150-letniego statku, odkrywa szkielet młodego mężczyzny, który jest znacznie młodszy niż pozostałe. Dochodzenie doprowadza Bootha i Brennan na rejs, który przeznaczony jest dla starszych kobiet szukających adoracji młodych mężczyzn. Tymczasem, Sweets ma kłopoty z utrzymaniem platonicznego związku z Daisy, a Cam dowiaduje się, że jej prababka znajdowała się na statku niewolników badanym przez zespół.

Kiedy znaleziono ludzkie szczątki w największej na świecie tabliczce czekolady, ekscentryczny potentat Candy (Wayne Knight) jest jednym z podejrzanych. Zespół zbadał zaskakujący sposób, w jaki szczątki dostały się do wnętrza czekolady. Tymczasem Cam martwi się o uczelnię, na którą uczęszczać ma Michelle, a Hodgins planuje powiedzieć przyjaciołom o ciąży Angeli, mimo że wszyscy już wiedzą.

Zespół bada interesujące przypadek skręconych kości znalezionej podczas eksplozji ciężarówki. Tymczasem Booth próbuje ułożyć dobrze stosunki między Hannah a Parkerem, a Daisy przygotowuje się do egzaminu FBI.

Brennan ma paranoję, bo porównuje ofiarę do siebie. Cała sprawa przybiera dosyć nieoczekiwany obrót.

Zespół bada śmierć kobiety pod prysznicem. Sprawa staje się coraz ciekawsza, gdy okazuje się, że wszystko ma związek z fałszerstwami na szeroką skalę markowych toreb. W badaniach asystuje Clark, który przeszedł swoistą odmianę.

Powraca Heather Taffet, lepiej znana jako „Grabarz”. Przed budynkiem sądu, w którym miała się odbyć apelacja, ktoś odstrzela jej głowę. Naukowcy z Jeffersonian razem z FBI mimo wielkiej ulgi starają się znaleźć sprawcę.

Zespół bada tajemniczą śmierć farmera, który żył w poligamicznym związku.

Odnalezione na dachu budynku zapleśniałe szczątki, doprowadzają zespół do szaleńców, dla których więcej warta jest sława niż własne życie. Tymczasem Booth planuje oświadczyć się Hannah.

Zwłoki organizatorki ślubów zostają odnalezione w łóżku do opalania. Ironicznie, całe wydarzenie ma miejscu w Dniu Świętego Walentego, gdy jedna z klientek ofiary miała wziąć ślub. Z uwagi na wieczorne plany prawie każdego członka zespołu śledczych, dr Saroyan nakłania do jak najszybszego rozwiązania sprawy i wyznacza ośmiogodzinny limit.

Powraca Jacob Broadski – snajper, z którym Booth służył w wojsku. Tymczasem ojciec Angeli chce mieć swój wkład w nadaniu imienia jej i Hodginsa dziecku.

W Waszyngtonie szaleje burza śnieżna. Brennan i Booth utykają w windzie, a w całym mieście wyłączają prąd, podczas gdy do instytutu trafia szkielet kobiety, na którym znajdują się ślady wirusa gorączki krwotocznej.

Na granicy kanadyjsko-amerykańskiej zostają odnalezione szczątki kilku par stóp. Ze strony amerykańskiej do śledztwa zostają przydzieleni dr Brennan i Booth. Po stronie kanadyjskiej wsparciem dla lokalnych służb jest dr Filmore – obsmarowany w artykule przez dr Brennan ekspert od ludzkich stóp. Pomimo animozji i wzajemnej niechęci wspólnie rozwiązują zagadkę.

Znalezione w lesie, pozbawione krwi oraz serca szczątki, noszące dziwne znamiona ugryzień wskazują, że sprawcą tej okrutnej zbrodni może być mityczny potwór chupacabra. Jak zwykle niektórzy sceptycznie, a inni entuzjastycznie, wszyscy w naukowy sposób próbują ustalić prawdę.

Na bagnach zostaje znaleziony szkielet, który doprowadza dr Brennan i Bootha do skradzionego z muzeum kawałka mapy. Booth wierzy, że w odnalezieniu zabójcy, jak i skarbu, do którego prowadzi mapa może pomóc Walter Sherman – lepiej znany jako „wyszukiwacz”. Posiada on niezwykłą zdolność odnajdywania rzeczy potencjalnie niemożliwych do odnalezienia. Odcinek jest tzw. spin-offem serialu Bones zaliczonym jako odcinek pilotujący dla nowego serialu pt. „The Finder”.

W donicy obok placu zabaw zostają odnalezione szczątki człowieka. Zespół natrafia na jego przynależność do grupy osób, dla których szczerość jest filozofią życia. Brennan i Booth, Angela i Hodgins oraz Wendell i Cam przekonują się, że bycie szczerym nie do końca jest właściwą życiową polisą.

Do Instytutu Jeffersonian trafia nietypowo żywy człowiek – głuchoniema dziewczynka, którą mogła być sprawcą lub świadkiem morderstwa. Zespół próbuje zmierzyć się z tą wyjątkowo trudną sprawą.

Booth trafia na trop Jacoba Broadskiego, który tym razem dopuszcza się wyjątkowo okrutnego czynu. Cały zespół staje na głowie, aby doprowadzić przestępcę przed wymiar sprawiedliwości.

W kręgielni zostają odnalezione zmasakrowane szczątki jednego z zawodników turnieju kręglarskiego. Booth i dr Brennan, z niewielką pomocą Maxa – ojca pani antropolog – próbują wtopić się w świat kręglarzy, aby rozwikłać zagadkę. W tym czasie Angela znajduje się w szpitalu i rodzi dziecko. Temperance wyznaje Boothowi, że jest z nim w ciąży.