Sezon 2

Brennan jest w trakcie pracy przy wypadku kolejowym, gdy okazuje się, że ma nowego szefa – dr Camille Saroyan. Pociąg wiózł popularnego senatora i wykoleił się z powodu samochodu, który zatrzymał się na torach. Brennan szuka odpowiedzi na pytanie, dlaczego ciało martwego biznesmena zostało umieszczone w tym samochodzie. W tym odcinku Bones stara się odnaleźć swego ojca.

Booth i Brennan sprawdzają szczątki matki i jej płodu znalezione w zatoce Delaware. Ciało należy do młodej mężatki, która zaginęła w tajemniczych okolicznościach rok wcześniej. Jej mąż jest głównym podejrzanym w sprawie, ale zniknął zanim Booth i Bones zdążyli go przepytać. Booth jest smutny, bo jego była dziewczyna pozwala ich synowi spędzać czas ze swoim chłopakiem.

W śmieciarce znaleziono zwłoki młodego człowieka, który zaginął 3 tygodnie wcześniej. Śledztwo pokazuje, że młoda dziewczyna przygarnięta przez przybraną rodzinę jest główną podejrzaną. Narasta konflikt między Cam i Bones.

Po wykopaniu szczątków młodej dziewczyny dla Bootha i Bones staje się jasne, że nie mają do czynienia z normalną sprawą. Potwierdza się to w laboratorium, kiedy odkrywają, że przyczyna śmierci jest podobna do tej, która jest wynikiem działań seryjnego zabójcy. Po rozmowie z mordercą Booth do niczego nie dochodzi, do czasu aż z Brennan znajdują ciało należące do kolejnej ofiary, która spoczywa na miejscu dopiero od tygodnia. Złapani w śmiertelną grę, Bones i jej ekipa muszą rozwiązać zagadki, by znaleźć współpracownika mordercy. Sprawa staje się coraz gorsza, gdy ekipa dowiaduje się, że kolejna ofiara jeszcze żyje. Muszą ją odnaleźć, nim umrze.

W sprawie szczątków mężczyzny znalezionego w wannie z chemikaliami, którą prowadzą Bones i Booth, jest dwoje podejrzanych. B&B wkrótce odkrywają, że ofiara miała dwie żony i dziewczynę.

Brennan i Booth prowadzą śledztwo w sprawie wybuchu w hotelu.

Ekipa bada sprawę śmierci dziewięcioletniej księżniczki piękności. Rodzice jej rywalek wkrótce stają się podejrzanymi. Brennan popełnia wielki błąd, kiedy ona i Booth odwiedzają zajęcia taneczne, na których chcą znaleźć możliwego zabójcę. Hodgins i Angela idą na randkę, która mija przyjemniej niż przewidzieli.

Szczątki prokuratora federalnego, który zaginął pięć lat wcześniej, zostają odnalezione na pustyni nieopodal Las Vegas. Wkrótce znalezione zostaje również ciało kobiety, leżące zaledwie parę jardów dalej. Ekipa podejrzewa, że obie ofiary zabiła ta sama osoba. Obrażenia kobiety pozwalają Brennan wierzyć, że była ona ofiarą długoletniej przemocy domowej. Kiedy jej mąż zaprzecza biciu żony, B&B zaczynają poszukiwania w światku bokserskim. By poznać prawdę o zbrodni, Booth zaryzykuje życie.

Ciała dwóch nastoletnich bliźniaków, porwanych pięć lat wcześniej, zostają nareszcie odnalezione. Booth i Brennan podążają tropem seryjnego mordercy, znanego jako Grave Diggera (Kopacz Grobów). Jego sposób działania to porywanie, zakopywanie i żądanie okupu. Jeśli jego żądania nie są spełniane, ofiara ginie. Brennan i Hodigns wkrótce stają się kolejnymi ofiarami Grave Diggera. Oboje walczą o przetrwanie zakopani w samochodzie.

Trwa śledztwo w sprawie śmierci studenta szkoły filmowej, który robił dokumentalny film na temat legendy o bezgłowej czarownicy, mieszkającej w nawiedzonym lesie 300 lat temu. Brennan odczuwa silną więź z bratem ofiary.

Booth i Brennan zostają wezwani na miejsce zbrodni. Znaleziono spalone zwłoki mężczyzny na dachu siedziby FBI. Dokumenty znalezione przy ciele dotyczą sprawy sprzed 30 lat i łączą się z ojcem Bones. Jej brat, Russ, mówi jej, że jest w kontakcie z ich ojcem, który ostrzega swoje dzieci przed niebezpieczeństwem. Okazuje się, że ciało z dachu to były agent FBI, który chciał zabić Russa. Im głębiej śledczy wchodzą w sprawę, tym więcej szokujących faktów wychodzi na jaw. Wszystko to może zniszczyć karierę Bootha. Zack broni pracy doktorskiej i prosi o pomoc kolegów.

Booth i Brennan zostają wezwani do zidentyfikowania szczątków, które znajdują się w celi seryjnego zabójcy Howarda Eppsa. Oboje są zdziwieni, gdy okazuje się, że szczątki nie należą do Eppsa. Orientują się, że morderca uciekł. Epps chce się zemścić i włącza do tego nawet małego syna Bootha, Parkera. Z powodu niebezpieczeństwa Bones dostaje ochronę FBI. Cam wdycha śmiertelne toksyny podczas autopsji, co zagraża jej życiu.

Brennan musi pracować z nowym agentem, Sullivanem, podczas gdy Booth spotyka się z terapeutą. Śledztwo, które prowadzi Bones, dotyczy szczątków znalezionych w brzuchu aligatora. Sully zaprasza Bones na randkę.

Booth i Brennan prowadzą śledztwo w sprawie śmierci Terence'a Bancrofta, jednego z ludzi dotujących Instytut Jeffersona, którego znaleziono martwego we własnym domu. Hodgins naraża reputację instytutu, usuwając jeden z dowodów, który łączył go z ofiarą i jego żoną. Brennan musi podjąć poważną decyzję dotyczącą zespołu. Booth, pomimo zgody dra Wyatta, by nosił broń, musi nadal chodzić na terapię.

Brennan i Booth prowadzą dochodzenie w sprawie śmierci, które do złudzenia przypominają te, jakie opisała w swojej książce Bones.

Ekipa prowadzi dochodzenie w sprawie śmierci młodej Azjatki, z której ciała usunięto wszystkie kości. Sully składa Brennan kuszącą propozycję, której ona nie może jednak przyjąć.

Woda podmywa stary cmentarz i powoduje wypłynięcie wielu trumien. Brennan zgadza się pomóc w identyfikacji szczątków, by można je było znowu pochować. Bones znajduje szczątki, które leżały w ziemi zaledwie pięć lat, a na cmentarzu nie chowano nikogo od pięćdziesięciu. Booth zabiera Brennan do terapeuty, by naprawić ich wzajemne stosunki. Związek między Hodginsem i Angelą rozwija się, ale Hodgins robi zły ruch.

Booth i Brennan prowadzą dochodzenie w sprawie szkieletu znalezionego w betonie. Booth uważa, że morderstwo ma związek z mafijną rodziną i Hugh Kennedym, jednakże okazuje się, że Hugh spłonął w samochodzie. Sprawa komplikuje się. Booth dowiaduje się, że Hugh żyje, jednak wkrótce zostaje przez niego związany, a potem porwany przez jego wrogów. Brennan musi teraz znaleźć Bootha, zanim stanie się mu krzywda. Jednak jest to trudniejsze niż myśli i dlatego musi zgodzić się na to, by ktoś udzielił jej pomocy.

Tajemniczy mężczyzna zostaje znaleziony w kraterze. Jego szczątki są zmiażdżone z powodu upadku z dużej wysokości. Brenan i Booth starają się dowiedzieć, kim był mężczyzna. Hodgins wysuwa wiele rozmaitych teorii o kosmitach. Booth i Bones dowiadują się, że ofiarą jest astronauta.

Brennan i Booth prowadzą dochodzenie w sprawie śmierci młodej szefowej kuchni. Wszystkich zaskakują kości ofiary, które świecą.

Rozkładający się szkielet młodej kobiety zostaje znaleziony w wózku sklepowym. Jednak po rekonstrukcji twarzy okazuje się, że dziewczyna wyglądała na osiemdziesięciolatkę. Booth i Bones nie mogą znaleźć nikogo, kto chciałby zabić dziewczynę. W międzyczasie Max Kennan, ojciec Bones, pojawia się z informacją z jej przeszłości. Angela i Hodgins chcą się pobrać, ale gdy stają przed ołtarzem, nic nie idzie zgodnie z planem.