En av de overlevende blir valgt ut til å gå ned i den mystiske luken, og Shannon snubler over et sjokkerende kjent fjes i jungelen.
Michael legger skylden for bortføringen av Walt på Sawyer, og sverger på å få sønnen sin tilbake. Samtidig kommer Kate løs, og rømmer fra Desmonds fangenskap.
Jack, Locke og Kate får vite flere hemmeligheter om luken. Etter å ha blitt banket opp og tatt til fange, lurer Sawyer, Michael og Jin på om deres kidnappere er andre overlevende eller "De Andre".
Forstyrrende minner fra Hurleys fortid skaper problemer for ham. Sawyer, Michael og Jin finner ut av identiteten til de som har fanget dem. Claire avdekker sjokkerende informasjon om flåtens skjebne.
En desperat Michael drar ut i jungelen for å finne Walt, men oppdager at han ikke er alene.
Sawyers sår blir livstruende mens han, Michael og Jin tar seg gjennom den indre delen av øya sammen med Ana Lucia, Mr. Eko, Bernard, Libby og flyvertinnnen Cindy.
Det avsløres hvordan skjebnen til de overlevende fra den bakre delen har vært, de første 48 dagene.
Temperaturen stiger når Ana Lucia og hennes gruppe snubler over Sayid og de andre overlevende.
Kates første forbrytelse, som startet hennes liv på rømmen, avsløres. Samtidig må de overlevende begrave en av sine egne, og Mr. Eko har en overraskelse til Locke.
Mr. Eko avhører Charlie om jomfru Maria statuen. Claire begynner å miste troen på Charlie.
Jack, Locke og Sawyer finner Michael som leter etter sønnen sin, og møter samtidig "De Andre".
Charlie ser Aarons vugge flyte bort, men er det han ser ekte? Eller har Locke rett i sine mistanker?
Sun blir skadet under et mislykket kidnappingsforsøk. Samtidig øker spenningen mellom Jack, Locke, Kate og Ana Lucia når det gjelder å ha kontroll over datamaskinen fra luken.
Den mystiske franske kvinnen Danielle Rousseau kommer tilbake for å ta med Sayid til en mystisk fange, som hevder han krasjet på øya.
Når Claires baby blir syk, blir hun fast bestemt på å finne ut hva som skjedde med henne under fangenskapet hos "De Andre".
Når Sun forstår at hun kan være gravid, sliter hun med å bestemme seg for om hun skal fortelle det til Jin.
Locke er fanget i luken og blir tvunget til å få hjelp av en uventet alliert.
Hurley begynner å tro at øya påvirker ham, og ber Libby om å hjelpe ham å takle det.
De romantiske gnistene mellom Jack og Kate vekkes til live igjen når de drar ut i jungelen for å foreslå en byttehandel med "De Andre".
Michael kommer tilbake til øya, og Ana Lucia forsøker å få Henry Gale til å innrømme at han er en spion.
Mr. Eko får med seg Locke for å finne et hemmelig sted der han tror at de kan finne svar.
Michael overbeviser Jack og de andre overlevende om å hjelpe med å redde Walt.
Jack og Sayid legger en plan for å konfrontere "De Andre".
Vil Jack og Sayids plan om å konfrontere "De Andre" få Walt tilbake? I mellomtiden begynner Mr. Eko og Locke å bråke, når Locke tar en potensielt katastrofal beslutning om "knappen" og luken.