Sesong 1
Episoder
1. Pilotepisode
FBI-agenten Fox Mulder får ny partner i Dana Scully, en vitenskapskvinne som alltid er på søken etter en logisk forklaring.
2. Deep Throat
En pilot forsvinner sporløst og Mulder og Scully blir tilkalt for å etterforske saken.
3. Squeeze
En av Scullys klassekamerater fra FBI-akademiet ber om hjelp med en mordsak.
4. Conduit
Mulder og Scullys etterforskning henger i en tynn tråd, men Mulder lar seg ikke stoppe når han snubler over en sak som har en rekke fellestrekk med hans egen søsters forsvinning.
5. The Jersey Devil
En uteligger blir funnet drept, og etterforskningen leder Mulder og Scully på sporet av et legendarisk monster i Atlantic City.
6. Shadows
En ung kvinne er på uforklarlig vis tilstede ved flere mord. Mulder mistenker kvinnens tidligere sjef som politiet hevder tok selvmord, men som i virkeligheten ble drept.
7. Ghost in the Machine
En spesiell datamaskin tar kontroll over bygningen den er i, da det blir bestemt at maskinen ikke lenger skal brukes. Med ett er den blitt til en drapsmaskin.
8. Ice
Mulder og Scully er på saken når et helt forskningsteam blir drept på mystisk vis. Etterforskningen avdekker en merkelig parasitt som fremhever sinne og paranoia i vertsorganismen.
9. Space
Mystiske krefter saboterer en romferd, og etterforskningen leder Mulder og Scully på sporet av en kommandør som hevder han har sett et romvesen.
10. Fallen Angel
Mulder setter karrierens fremtid på spill når han blir arrestert mens han etterforsker en mulig UFO-landing.
11. Eve
To fedre på to vidt forskjellige steder blir funnet myrdet på identisk vis, og Mulder og Scully aner ugler i mosen.
12. Fire
Mulder blir kontaktet av en gammel Oxford-venn angående noen uforklarlige drap, og underveis finner de en morder med et spesielt talent.
13. Beyond the Sea
Den dødsdømte Luther Lee Boggs hevder han kan lede Mulder til en seriemorder mot at dommen hans blir omgjort til livstid i fengsel.
14. Gender Bender
En rekke seksuelle mord leder Scully og Mulder på sporet av et lukket religiøst samfunn med overjordiske forbindelser.
15. Lazarus
En FBI-agent og en bankraner blir skutt på samme tid. Bankraneren må bøte med livet, mens agenten overlever. Mulder er sikker på at det er ugler i mosen, noe han viser seg å ha rett i.
16. Young at Heart
Mulder blir forfulgt av noen fra fortiden. John Barnett, som Mulder en gang fikk arrestert, har kommet tilbake for å ta hevn!
17. E.B.E.
Mulder og Scully får informasjon om en UFO som har blitt skutt ned over Irak men som nå befinner seg i USA.
18. Miracle Man
En ung mann som har evnen til å helbrede mennesker ved å berøre dem begynner å tvile på egenskapen sin når folk begynner å dø etter han har "helbredet" dem.
19. Shapes
Mulder og Sculy reiser til et indianerreservat for å etterforske hvordan en mann, som ved en feiltakelse ble tatt for å være den legendariske indianerguden Manitou, døde.
20. Darkness Falls
En gruppe tømrere forsvinner uten spor midt i Washington State National Forest - nøyaktig 50 år etter en identisk forsvinning.
21. Tooms
Eugene Tooms, en genetisk mutant, blir sluppet ut fra sanatoriumet hvor han har ligget i dvale. Mulder blir personlig involvert i et forsøk på å ta Tooms på fersk gjerning når han prøver å få tak i en lever - næringen han trenger for å gå inn i dvale i 30 år.
22. Born Again
En etterforsker og den tidligere partneren hans dør under mystiske omstendigheter. En liten pike er det eneste vitnet, og Mulder er overbevist om at hun kan være en reinkarnasjon av en politimann som ble myrdet av kollegene sine.
23. Roland
En forsker som arbeider med avansert fremdriftsteknologi blir drept av en handicappet vaktmester. Mulder og Scully tar saken, og når det frosne hodet til en annen vitenskapsmann blir funnet viser det seg at det er ugler i mosen.
24. The Erlenmeyer Flask
Mulder følger et tips fra Deep Throat, og ender opp i en lab hvor regjeringen tester utenomjordisk DNA på mennesker i all hemmelighet.