Na de gebeurtenissen tijdens de 5/9-hack van fsociety op het multinationale bedrijf Evil Corp, onderzoekt seizoen twee de gevolgen van die aanval en de illusie van controle.
Five/nine heeft de wereld veranderd, Elliot zit in afzondering, Angela vindt geluk bij Evil Corp. en fsociety zet zijn activiteiten voort.
Angela krijgt een glimp te zien van wat er gebeurt achter de schermen bij E Corp, terwijl Elliot zweert een manier vinden om de Mr. Robot verslaan.
Elliot is vastberaden om Mr. Robot te verslaan, Angela werpt een blik op de werking achter de schermen van E Corp en fsociety veroorzaakt problemen.
Elliot raakt bevriend met Ray, die hem mogelijk kan helpen om Mr. Robot te bestrijden. Dom doet een grote ontdekking en Darlene stelt het dreigingsgehalte van de FBI en Dark Army in vraag.
Elliot kan het hacken maar niet laten, Dom en de FBI trekken naar China, Joanna wordt gekweld en Darlene vraagt hulp aan Angela.
Mr. Robot probeert aan Elliot te bewijzen dat hij nuttig kan zijn en het plan van Darlene en Angela verloopt niet zoals gehoopt.
Mr. Robot en Elliot proberen vrede te sluiten met elkaar, fsociety laat een filmpje ter ere van Uncle Sam los op de wereld en Darlene jaagt een oud verlangen na.
Elliot begrijpt de gevolgen van een machtsvacuüm, fsociety komt onder druk te staan en Darlene neemt moeilijke beslissingen.
Angela verlangt meer van E Corp. Darlene en Elliot gaan ondertussen op zoek naar antwoorden.
Elliot begint te twijfelen aan Mr. Robot, Darlene probeert het juiste te doen en Dom en de FBI-agent versterken hun relatie.
Er staat Angela een onverwachte ontmoeting te wachten. Voor Elliot geldt hetzelfde. Dom houdt zich bezig met een interessante liefde.
Darlene beseft dat ze in de problemen zit en een oude vriend onthult alles aan Elliot.