Seizoen 2

Don en Charlie onderzoeken de moord op de vrouw van een rechter die in haar garage is doodgeschoten. Het is onduidelijk of zij het beoogde doelwit was of haar man, die een doodstrafzaak hoorde waarbij een bendeleider betrokken was. Naarmate het onderzoek vordert, komt Don opnieuw in contact met een aanklager wiens leven mogelijk ook in gevaar is.

Don en zijn team worden erbij gehaald als een vrouw die een juwelierszaak in Beverly Hills probeert te overvallen, wordt neergeschoten door een bewaker. Charlie helpt de FBI door de sleutelloze afstandsbediening van de auto van de vrouw te gebruiken om haar te identificeren en de ontvoerde vrouw en dochter van de winkeleigenaar te lokaliseren.

De FBI raakt betrokken bij het stalken van een populaire zangeres nadat ze wordt bedreigd door een indringer in haar huis en onthult een reeks dreigbrieven die ze per post heeft ontvangen. Charlie stelt vast dat de brieven van twee verschillende mensen zijn na analyse van het handschrift. Wanneer een fotograaf dood wordt gevonden in de buurt van het huis van de zanger, denkt Don dat de fotograaf is vermoord en dat zijn dood op de een of andere manier verband houdt met de stalkingzaak.

Don en Megan worden naar de moordscène geroepen wanneer de CFO van een machtig energiebedrijf - die op het punt stond te getuigen tegen haar collega-executives - bij haar thuis wordt vermoord en haar zoon de enige getuige is. Don weet dat er duizenden ontevreden ex-werknemers kunnen zijn en vraagt Charlie om de lijst te verkleinen.

Don onthult een geheime code die de jacht op een bekwame en getrainde huurmoordenaar begint, en de inspanningen van de FBI om het leven te redden van een Colombiaanse balling die in Los Angeles woont.

Don en zijn team worden opgeroepen om de persoon te lokaliseren die potentieel dodelijk gas heeft vrijgelaten in het metrosysteem van de stad.

Wanneer een vader wordt gedood bij een inbraak in huis, onderzoeken Don en zijn team het verband tussen de moord en een reeks overvallen in de chique gemeenschap.

Megan voelt zich verantwoordelijk voor de dood van een agent na een explosie in een meth-huis dat de FBI had geviseerd voor een arrestatie. Wanneer de kingpin ontsnapt aan gevangenneming, wordt ontdekt dat hij mogelijk ook betrokken is bij kinderpornografie wanneer een van de foto's op zijn computer een jong meisje in een seksueel expliciete positie blijkt te zijn. De foto stuurt Charlie op zijn eigen kruistocht, terwijl hij zich een meisje herinnert dat hij als jong kind kende en waarvan hij vermoedde dat ze werd misbruikt, en hij is vastbesloten om het kleine meisje op de foto te redden.

Nadat vier mensen bijna dood zijn gegaan door vergiftiging, ontdekt Don dat iemand knoeit met niet-voorgeschreven medicijnen. Wanneer de dader een manifest in een lokale krant publiceert, wordt Don ertoe gebracht te geloven dat de persoon een voormalige werknemer is van het geneesmiddelenbedrijf dat het medicijn heeft vervaardigd.

Wanneer een onderzoeker die gespecialiseerd is in Indiaanse oudheden wordt vermoord in het museum waar ze werkt, wordt de FBI ingeschakeld omdat het museum op federaal land staat.

Een brandstichter steekt een autodealer in brand waarbij een verkoper om het leven komt. De naam van een extremistische milieugroepering is ter plaatse gespoten, maar de groep ontkent betrokkenheid. Het wordt Dons taak om te bepalen of de groep of iemand anders verantwoordelijk is. Charlie wordt ingeschakeld om uit te zoeken of er een patroon in de branden zit dat een profiel van de brandstichter zou kunnen opleveren.

Wanneer Don en zijn team naar de plaats van de moord op een bendelid in Los Angeles worden geroepen, ontdekken ze dat ze de moord op een andere agent onderzoeken die undercover had gewerkt.

Een moordonderzoek bij een kaartclub in Los Angeles leidt de FBI tot een ingewikkeld kaarttelschema waarbij studenten betrokken zijn.

Wanneer een Aziatische tiener wordt gevonden in de kelder van een oud hotel in het centrum waar ze blijkbaar werd gemarteld, onthult het onderzoek al snel dat het meisje en drie andere vermiste vrouwen het slachtoffer zijn van een orgaanoogst op de zwarte markt. Amita helpt de FBI door te communiceren met het meisje, die uit hetzelfde deel van India komt waar Amita's familie ooit woonde.

Wanneer een DNA-synthesizer met de mogelijkheid om ziekten aan te passen wordt gestolen van de campus waar Charlie lesgeeft, vreest Don dat de dieven terroristen kunnen zijn die een bio-oorlogsvoeringprogramma willen starten of bevorderen, en hij gelooft ook dat de diefstal een inside job was.

Don en zijn team onderzoeken een anti-oorlogsbombardement buiten een rekruteringscentrum van het leger die lijkt op het werk van een anti-oorlogsactivist uit de jaren 70 die 30 jaar eerder verdween nadat hij werd beschuldigd van het plaatsen van een bom waarbij twee mensen omkwamen. De gepensioneerde agent Thomas Larson, die 30 jaar geleden probeerde de zaak op te lossen, keert terug om te helpen, maar twijfelt aan Don's loyaliteit wanneer wordt onthuld dat Alan de radicale activist kende en met hem deelnam aan demonstraties, waardoor er spanningen binnen de familie ontstonden.

Don en zijn agenten worden gevraagd om te onderzoeken wanneer een zoekteam drie dode vrouwen in de wildernis vindt die blijkbaar onder bizarre omstandigheden zijn vermoord. De zaak wordt nog verdachter wanneer Don ontdekt dat het zoekteam door een paranormaal begaafde naar de plaats delict is geleid. Wanneer de paranormaal begaafde aanbiedt om de FBI te helpen bij het oplossen van de misdaad, is Charlie vastbesloten om te bewijzen dat de paranormaal begaafde bedrieger is.

In een poging om de moordenaar te vinden van een Iraakse vrouw die een documentaire had gemaakt die de rechten van moslimvrouwen promootte, roept Don de hulp in van de neef van het slachtoffer. Via haar neef ontdekt Don een connectie met Saddam Hoessein. Terug thuis, herleeft Charlie een romantische relatie met een ex-vriendin wanneer ze hem bezoekt tijdens een signeertournee.

Don en zijn team onderzoeken een schietpartij op een school. Hij ontdekt dat twee leerlingen een sterk motief kunnen hebben, dus gebruikt Charlie het radiofrequentie-identificatiesysteem van de school om de bewegingen van de schutters door de gangen van de school te volgen. Wanneer Charlie een abnormaal patroon ontdekt, bekijken de agenten het bewijsmateriaal en ontdekken ze een derde deelnemer die niemand eerder had vermoed.

Wanneer een ATF-agent onder ongebruikelijke omstandigheden dood wordt aangetroffen, wil Don de zaak, die draait om een uitgebreide bankoverval, aannemen nadat hij erachter komt dat het slachtoffer zijn ex-vriendin was. Hij wordt dan behoorlijk introspectief als hij zich realiseert welke impact zijn carrière heeft gehad op zijn persoonlijke leven en besluit zijn aandacht te richten op een nieuwe vrouw.

Wanneer een aanvaller het vuur opent in de FBI-kantoren, moeten Don en zijn team zijn motief en mogelijke connectie met een gevaarlijke wapenhandelaar die terechtstaat, bepalen. Nadat hij bijna is neergeschoten, is Charlie geschokt en terughoudend om terug te keren naar de kantoren, wat zijn bijdrage aan de zaak belemmert.

Een FBI-onderzoek naar een zwendel met computerhacking die gebruikmaakt van het systeem van een bank om toegang te krijgen tot de identiteiten en financiële activa van haar klanten, wordt persoonlijk voor Don en de familie Eppes.

De FBI raakt erbij betrokken wanneer de lichamen van jonge Aziatische meisjes op het strand aanspoelen. De situatie wordt nog kritieker wanneer wordt ontdekt dat een meisje vogelgriep heeft. Terwijl het onderzoek vordert, ontdekken Don en zijn team een verband tussen de meisjes en de seksindustrie. Ondertussen overweegt Amita een overplaatsing naar Harvard University, waardoor Charlie zijn gevoelens voor haar heroverweegt.

Don onderzoekt de moorden op twee jonge vrouwen die in hun auto's buiten hun huis worden gevonden. Hun dood werd gemaakt om te lijken op een overdosis drugs, maar Don realiseert zich dat een seriemoordenaar verantwoordelijk is. Ondertussen heeft Charlie bizarre dromen over zijn ouders. In een droom verschijnt zijn overleden moeder en vertelt hem dat hij haar een vraag wil stellen, maar hij kan zich niet voorstellen wat dat zou kunnen zijn.