Ex-regeringsagent Raymond "Red" Reddington is al tientallen jaren een van de meest gezochte voortvluchtigen van de FBI. Hij gaf zich op mysterieuze wijze over aan de FBI, maar nu werkt de FBI voor hem terwijl hij een "zwarte lijst" van politici, gangsters, spionnen en internationale terroristen identificeert. Hij zal ze allemaal helpen vangen... met het voorbehoud dat Elizabeth "Liz" Keen blijft werken als zijn partner. Red zal Liz leren denken als een crimineel en "het grotere geheel zien"... of ze dat nu wil of niet.
Al vechtend tegen Berlin staat Red tegenover een nieuw gevaar in de vorm van Lord Baltimore. Een persoon uit Red's verleden duikt op. Liz probeert zich te herpakken na haar confrontatie met Tom.
Een overval geeft Red de mogelijkheid om een twijfelachtige bank te sluiten. Liz vraagt zich tijdens haar onderzoek af wat Red's plannen zijn. Een indrukwekkend persoon wordt aan Cooper's team toegevoegd.
Wanneer een lijk zonder hart wordt gevonden, werken Liz en Ressler samenwerken met Samar Navabi om Dr. Covington's zaken te onderzoeken. Red en een medewerker proberen hun voordeel te halen bij een gebeurtenis in Indonesië.
Red denkt dat een sociopsychologisch experiment plaats zou kunnen vinden als meerdere niet-eerder gewelddadige burgers veranderen in moordenaars. Red heeft een ingewikkeld voorstel voor Naomi en haar echtgenoot.
Het team is op jacht naar een eco-terrorist met een dodelijk wapen. Liz probeert van haar beveiliger af te komen.
Liz vraagt Red om informatie over dodelijke stropers.
Een plot voor wraak ontvouwt zich nadat een Iraanse atoomonderzoeker wordt vermoord. Liz en Ressler geraken in een vervelende situatie.
Red's motieven voor Berlin nemen een onverwachte wending als hij verneemt dat Berlin werd gemanipuleerd door de nieuwste Blacklister om revanche op Red te nemen. Red en Berlin reizen naar Moskou om een hoge Russische official op te sporen, waarvan zij denken dat hij verantwoordelijk is. Liz heeft moeite om de ontrafeling van haar geheim te voorkomen.
Wanneer Red gearresteerd wordt en naar een geheim verblijf wordt meegenomen, proberen Liz en het team hem te redden voordat hij voorgoed verdwijnt. In de accommodatie komt Red een dief tegen met wie hij een ingewikkeld verleden heeft.
Zodra er chaos uitbreekt bij de Fabriek, en het lot van Red en het team ongewis is, heeft Cooper moeite om zijn team uit de gevangenis te redden. Het is een race tegen de klok om te voorkomen dat Luther Braxton vertrouwelijke informatie in handen krijgt.
Wanneer een undercover CIA-agent wordt gekidnapt door een bende separatisten in Oezbekistan, zet het team een plan in werking. Red informeert Liz en Ressler dat ze tegenover een zeer gevaarlijke ex-collega staan.
Wanneer Red Liz een tip doorgeeft over een polygamische cultleider die gevaarlijke scheepscontainers op zijn land begraven heeft, gaat het team op onderzoek uit. Red gebruikt zijn bronnen om Fitch's laatste woorden te begrijpen en probeert zijn verborgen kluis te achterhalen.
Red helpt Liz en het team een moordenaar - de Deer Hunter - te vinden, die zijn slachtoffers als prooi opjaagt.
Reddington raakt betrokken bij een smerige zaak, waar mensen worden ingezet op een veiling. Ondertussen krijgt Tom een nieuwe missie in Duitsland.
Wanneer Agent Keen wordt ondervraagd over haar rol rondom de moord op de havenmeester, komt haar eigenaardige relatie met Red onder een vergrootglas te liggen. Ondertussen spoort Red Tom Cooper op om Liz uit de gevangenis te kunnen houden.
Wanneer het bewijs tegen Liz zich opstapelt, laat de rechter weten dat er meerdere aanklachten tegen haar lopen. Red springt wederom voor haar in de bres.
De werkgroep spoort een persoon op die gehandicapte mensen ontvoerd om op te kunnen experimenteren. In Washington DC moet Tom zich zien te redden.
De werkgroep zoekt een dame van de zwarte lijst, die het gemunt heeft op de rijke elite. Tom vraagt Liz om hulp. Red zet Liz onder druk voor de Fulcrum door te zeggen dat het een zaak van leven en dood is geworden.
Terwijl Red vecht voor zijn leven, moet Liz jacht maken op Nicholas Caul. Het is een race tegen de klok. Tom blijkt onverwachts ook hulpzaam te zijn.
Nadat de informatie van de Fulcrum is ontcijferd, wil Red de bedreiging stoppen. Liz blijft op zoek naar antwoorden uit haar verleden.
Na een tip van Red zit de FBI een gevaarlijke Russische moordenaar op de hielen. Liz en Ressler hebben een gevoelige afspraak. Cooper zit in een lastige positie.
Liz realiseert zich dat ze er in wordt geluisd door de Cabal. Red spreekt zijn connecties aan in zijn poging om haar naam te zuiveren. Cooper krijgt schokkend nieuws te horen.