Seizoen 6

Als de vrouw van Teal'c is overleden houdt Ry'ac Teal'c er verantwoordelijk voor. Ondertussen heeft Anubis de Stargate in een tijdbom veranderd.

Terwijl Teal'c, Bra'tac en Ry'ac de planeet aanvallen waar Anubis de aardse Stargate aanvalt, proberen Carter en Quinn de Stargate te redden.

Een Goa'uld-moederschip zweeft boven de aarde. SG-1 gaat op onderzoek.

Bij de plaats waar de Zuidpool-poort werd gevonden, wordt een ingevroren vrouw gevonden.

In een dorpje is iets geheimzinnigs aan de hand. Carter, Quinn en Teal'c gaan op onderzoek uit. Het blijkt dat de symbioot van Adrian Conrad nog niet verdwenen is.

De Tok'ra symbiont Kanan die in O'Neill zit leidt hem naar een geheim fort van Baal. O'Neill wordt gevangengenomen en moet op een oude vriend vertrouwen voor hulp.

SGC krijgt bezoek van landgenoten van Quinn. Ze willen wapens in ruil voor naquadria, omdat twee buurlanden ze bedreigen. Quinn wordt benaderd om een coup te plegen.

Twee wetenschappers van het SGC mogen ook eens de held spelen.

Als de Tok'ra moeten vluchten naar de schuilplaats van Jaffa's ontstaat er spanning tussen de groepen als een onzichtbare Ashrak toeslaat en de groepen tegen elkaar opzet.

SG-1 maakt contact met Pandranen. Ze bieden een geavanceerd medicijn aan. SG-1 ontdekt dat het medicijn gemaakt wordt van Goa'uld symbioten.

Een verslaggeefster dreigt het Promotheus-programma te onthullen. Ze krijgt een rondleiding, maar ze kapen de Prometheus omdat de filmploeg in opdracht van Simmons en Conrad werken.

De Asgard vragen hulp aan SG-1 omdat de Replicators ze opnieuw hebben aangevallen.

SG-1 vindt een apparaat van de Ouden die insecten uit een andere dimensie zichtbaar maakt.

O'Neill wordt beschuldigd van de moordaanslag op senator Kinsey.

O'Neill en Maybourne komen in een verlaten paradijs terecht.

SG-1 ontdekt een planeet waar Nirr'ti een supersoldaat probeert te kweken.

Senator Kinsey doet wederom een poging om de Stargate onder de NID te krijgen. Nu doet hij dat door de Stargate bekend te maken aan China, Groot-Brittannië en Frankrijk. Hammond probeert dit te verhinderen.

SG-1 ontdekt een neergestort ruimteschip. Als ze de bemanning helpen met repareren worden ze aangevallen.

Teal'c & Bra'tac worden in een hinderlaag gelokt. Teal'c en Bra'tac moeten samen op één symbioot leven. Hierdoor krijgt Teal'c een visioen hoe zijn leven op aarde eruit gezien zal hebben.

Een testvlucht met de Prometheus loopt anders dan gepland als de naquadria-reactor onstabiel wordt.

Terwijl O'Neill en Teal'c een planeet proberen te bevrijden van een Goa'uld, krijgt Jonas toekomstvisioenen.

Anubis wil het Oog van Ra hebben voor een superwapen. Het oog ligt op de planeet Abydos en Daniel vraagt SG-1 om het oog te vinden voordat Anubis dat doet.