De alles verklarende finale van de mysteriueze vliegtuigramp met de overlevenden van Oceanic Flight 815. We verlieten het eiland in seizoen vijf met de ontploffing van een atoombom, die was bedoeld om alle voorgaande gebeurtenissen ongedaan te maken. In dit zesde seizoen zullen we getuige zijn van de terugkeer van een aantal bekenden.
Een parallel universum, waarin de crash nooit heeft plaatsgevonden, wordt onthuld als gevolg van de explosie. Sawyer verwijt Jack het verlies van Juliet en de ware identiteit van het monster wordt onthuld.
Jack, Sawyer, Kate, Miles en Hurley, hebben moeite Sayid te redden en krijgen te maken met een eeuwenoud geheim. Ondertussen houdt een nep Locke iedereen in zijn greep.
Kate is op de vlucht. Jack wordt belast met iets dat een het leven van een vriend in gevaar zou kunnen brengen.
Het ding dat Locke's lichaam heeft overgenomen vertelt Sawyer waarom hij op het eiland is.
Hurley moet Jack overtuigen om met hem mee te gaan op een missie. Jin komt een oude vriend tegen.
Sayid wordt geconfronteerd met een moeilijke beslissing. Claire stuurt een waarschuwing naar de inwoners van de tempel.
Ilana bereidt zich voor om Ben te vermoorden nadat Miles haar heeft verteld dat Ben verantwoordelijk is voor de dood van Jacob. Ondertussen bundelen Jack en Richard hun krachten.
Locke stuurt Sawyer op een missie op het andere eiland. Daar loopt hij Charles Widmore en zijn mannen tegen het lijf. In Los Angeles werkt Sawyer als een politieagent, die geobsedeerd is met het vinden van de oplichter die zijn familie vernietigde.
De mysteries achter Richard Alpert's aankomst op het eiland, zijn onsterfelijkheid en zijn relatie met Jacob worden belicht.
Sun en Jin staken de zoektocht naar elkaar niet. Ondertussen staat Locke oog in oog met zijn vijand.
Charles Widmore brengt Desmond terug naar het eiland zodat hij een gevaarlijk elektromagnetisch experiment kan uitvoeren.
Hurley ziet Michael verschijnen, die hem een nieuwe missie geeft. Ondertussen vangt Sayid Desmond en brengt hij hem naar Locke.
De strijd tussen Locke en Widmore barst los. Ondertussen start Sawyer aan zijn plan om van kamp te veranderen.
Terwijl de overgebleven overlevenden bij elkaar terugkeren, beginnen Sawyer en Jack aan een plan om de Man in Black af te leiden, om zo het eiland te kunnen verlaten.
In deze aflevering wordt uitgelegd hoe Jacob en zijn broer op het eiland terecht kwamen en wat zij daar hebben meegemaakt.
Jacob benadert de overlevenden van de geëxplodeerde onderzeeër en vertelt hen waarom zij gekozen zijn. Ben sluit zich ondertussen aan bij Locke om Widmore te verslaan.
Jack, de nieuwe hoeder van het eiland, ontmoet Locke. Samen bezoeken ze met Desmond het hart van het eiland. De toekomst van de Man in Black wordt behandelt en één van de overlevenden moet een ultiem offer maken om het eiland te redden. De toekomst van de Man in Black wordt behandelt en één van de overlevenden moet een ultiem offer maken om het eiland te redden.