Seizoen 9

Terwijl Doggetts onderzoek naar adjunct-directeur Kersh op moeilijkheden stuit, ontmoeten de agenten een beeldschone vrouw met het vermogen om onder water te blijven.

Doggett probeert de waarheid te ontdekken over een vrouw met bovenmenselijke krachten die op een of andere manier verbonden is met wetenschappelijke experimenten aan boord van een schip uit de Tweede Wereldoorlog.

De agenten zoeken een verband tussen een mentale patiënt en enkele bizarre satanische moorden.

Reyes speculeert dat een moordenaar die Doggett ernstig verwond heeft vanuit een parallelle dimensie in onze wereld is gekomen.

De schedel van een tiener klapt in als hij een domme fysieke stunt uitvoert, maar de oorzaak lijken vliegen te zijn die hem van binnenuit hebben opgegeten.

Scully raakt bevriend met een koppel dat gelooft dat hun baby dezelfde spirituele eigenschappen heeft als baby William en een louche agent overtuigt Scully ervan contact op te nemen met Mullder en hem uit zijn schuilplaats te lokken.

Agent Doggett ontwaakt in een corrupte en gewelddadige Mexiaanse stad zonder herinneringen aan zijn ware identiteit.

Reyes heeft het gevoel dat ze een rol speelde in een reeks griezelige moorden van meer dan een eeuw geleden waarbij de slachtoffers allemaal levend werden gevild.

Als een religieuze sekte in Canada een ruimteschip ontdekt dat lijkt op het schip dat Scully in Afrika heeft ontdekt, wordt een plan in beweging gezet om baby William te doden.

Als Scully wanhopig op zoek is naar haar zoon, treffen religieuze sekteleden voorbereidingen om een ruimteschip te betreden dat volgens hen een fysieke manifestatie van God huisvest.

Als agent Reyes gewond raakt bij een auto-ongeluk, komt ze vast te zitten in een wereld tussen leven en dood. Haar enige hoop op overleven is een ziekenhuismedewerker die beide werelden kan overbruggen.

Als DNA-bewijs een moordenaar zuivert die Doggett 13 jaar eerder heeft gevangengezet, probeert Doggett de man wanhopig terug achter de tralies te krijgen voor hij opnieuw toeslaat.

Als Reyes numerologie gebruikt om de moorden op meerdere vrouwen met elkaar in verband te brengen, komen zij en Scully vast te zitten met een myserieuze schaker die de moordenaar kan zijn.

Een kleine jongen is het middelpunt van een zaak waarbij vreemde wezens zijn betrokken die hun toevlucht lijken te nemen in het menselijke lichaam.

Als de Enige Schutters Reyes en Doggett komen helpen met een zaak omtrent Morris Fletcher en een supersoldaat, leidt dat tot een zoektocht naar Yves Adele Harlow.

De agenten arresteren een man met afgrijselijke littekens die heeft ingebroken in het X-Files-kantoor om zijn ware identiteit te bepalen. Doggett gelooft dat deze man Fox Mulder is.

Een FBI-cadet met een buitengewoon instinct voor het oplossen van misdaden werpt een nieuw licht op de onopgeloste moord op Doggetts zoon.

De agenten proberen een link te leggen als een reeks vreemde sterfgevallen in verband wordt gebracht met een man die woont in een huis dat een exacte kopie is van het huis uit de tv-serie 'The Brady Bunch', compleet met de Brady's zelf.

Als Mulder ervan wordt beschuldigd dat hij Knowle Rohrer heeft vermoord, wordt hij door het Amerikaanse leger berecht en hoort hij getuigenissen die Mulders bewering over een overheidssamenzwering en het bestaan van buitenaards leven ondersteunen. Met hulp van zijn vrienden ontsnapt Mulder uit de gevangenis en gaat hij op zoek naar de man die licht kan werpen op de waarheid over de overheidssamenzwering.

Als Mulder zonder toestemmming de Mount Weaver-legerbasis probeert te betreden, wordt hij geconfronteerd met een supersoldaat die het gevecht niet overleeft. Mulder wordt gearresteerd en beschuldigd van moord in een militaire rechtbank en resoluut veroordeeld tot de dood door injectie. Maar Skinner, Doggett en Reyes halen hem uit de gevangenis en adviseren hem dringend om samen met Scully de VS te verlaten.