Scully reist naar Afrika om de geheimen van het buitenaardse artefact te ontrafelen dat heeft geleid tot Mulders hersenstoornis. Ze ontdekt een mogelijk buitenaards ruimteschip dat ligt begraven voor de kust van Ivoorkust. In Oregon vindt Mulder in het bos een door een camouflagesysteem verborgen ufo. Hij wordt ontvoerd door een buitenaardse premiejager terwijl de ufo wegvliegt.
Als Scully probeert uit te zoeken wat de symbolen op het ruimteschip in Afrika betekenen, zit Mulder gevangen in zijn eigen razende hersenactiviteit.
De dromen van een onbewuste Mulder lokken hem weg bij de X-Files, maar Scully geeft de zoektocht naar hem niet op.
Een monster dat snakt naar mensenhersens probeert zijn eigen ongewone eetgewoontes te verhelpen.
Mulder en Scully vragen profielschetser Frank Black om hulp om te voorkomen dat leden van de Millennium Group een apocalyptische jaarwisseling veroorzaken.
Een tienermoordenaar weet te ontkomen aan Mulder en Scully door sneller te bewegen dan het menselijke oog kan zien.
Mulder en Scully zitten vast in een echte Rube Goldberg-machine terwijl ze een man onderzoeken die is vervloekt met extreem veel geluk.
Eerwaarde Orison wil Donnie Pfasters ziel redden door hem te helpen ontsnappen uit de gevangenis, maar Pfaster wil alleen de vrouw die ooit aan hem is ontsnapt: Scully.
Mulder vermoedt dat een goocheltruc is mislukt terwijl Scully gelooft dat het een simpele moordzaak is als een onbeduidende goochelaar dood wordt gevonden net nadat hij zijn hoofd 360 graden heeft gedraaid.
Slangen doden de onrechtvaardigen, maar Mulder en Scully betwijfelen of dit een zaak van goddelijke interventie is.
Mulder brengt de vreemde verdwijning van een klein meisje in verband met eerdere onverklaarbare ontvoeringen, maar Scully gelooft dat hij de zaak associeert met de ontvoering van zijn zus.
Mulder blijft zoeken naar aanwijzingen over Samantha's ontvoering en vindt uiteindelijk de lang gezochte antwoorden met betrekking tot haar lot.
Mulder en Scully, die een monster in de straten van Los Angeles zoeken, worden in documentairestijl gevolgd door een "Cops"-cameraploeg.
Een moord in de hightech wereld van een virtual reality-game leidt ertoe dat Scully moet vechten tegen een dodelijk digitaal personage om Mulders leven te redden.
Mulder en Scully vermoeden dat hekserij de oorzaak is van een dreigement tegen een doktersfamilie.
Een sigaretten rokende man laat Scully de remedie tegen kanker zien als ze met hem meereist en ze haar reis voor Mulder verbergt.
Terwijl Mulder een gevaarlijke raaf zoekt, leert hij te genieten van de geneugten van een goed verzorgd huis. Scully moet echter doorbijten in een oncomfortabele schuilplaats.
Door een reeks toevallen komt Scully in contact met iemand uit haar verleden, waardoor ze aan haar romantische en professionele keuzes gaat twijfelen.
Een insider is de sleutel tot de nieuwste dodelijke ontwikkeling van de tabaksindustrie.
Een X-File wordt de plot van een Hollywood-film, maar Mulder en Scully komen erachter dat hun zaak, en zij zelf, anders overkomen op het witte doek.
De agenten komen een paar dubbelgangers tegen wier dichte nabijheid een spoor van verwoesting achterlaat.
Een onverschillige geest verleent drie wensen, maar ze veroorzaakt meer chaos dan geluk.
Mulder en Scully keren terug naar de locatie van hun eerste onderzoek zeven jaar geleden en stuiten op een ufo die het einde van hun samenwerking kan betekenen.