Seizoen 6

Terwijl een commissie Mulders beweringen onderzoekt over het bestaan van buitenaardse wezens en een overheidssamenzwering, achtervolgen de agenten een dodelijk buitenaards wezen.

Mulder wordt ontvoerd en naar LA gebracht door een man die in beweging moet blijven om te voorkomen dat zijn hoofd ontploft.

Mulder reist met een spookschip naar 1939 waar hij probeert te voorkomen dat de nazi's een kernwetenschapper vermoorden.

Een bizarre gebeurtenis in het beruchte "Area 51" verwisselt Mulders bewustzijn met dat van een vreemde.

Deel 2 van de aflevering over "lichaamsverwisseling".

Mulder en Scully onderzoeken een spookhuis op kerstavond.

"Rosemary's Baby" is een verhaal over een demon die een vrouw zwanger maakt om nageslacht met een menselijke verschijning te creëren.

Valentijnsaflevering: de emoties van de weerman beheersen het weer.

Mulder en Scully gaan op zoek naar antwoorden als Skinner wordt besmet met een mysterieuze ziekte waardoor hij binnen 24 uur zal sterven.

Scully achtervolgt een fotograaf die blijkbaar de dood van andere mensen kan voorspellen.

Mythologische aflevering (deel I) over de terugkeer van Cassandra en buitenaardse rebellen, en Tom en Bill Mulders ideeën over een buitenaardse overname.

Deel II gaat verder met het buitenaardse hybride plan en de verdwijning van Mulders zus.

Terwijl een orkaan afstormt op de kust van Florida, zoeken de agenten een zeemonster dat volgens Arthur Dales verantwoordelijk is voor de verdwijning van een koppel en hun zoon.

Mulder en Scully mengen zich herhaaldelijk in een bankoverval à la "Groundhog Day" tot Mulder een déjà vu krijgt.

Mulder en Scully gaan undercover naar een geplande gemeenschap waar een lokaal onderzoek naar een reeks mysterieuze doden wordt belemmerd door een samenzwering van stilte.

De agenten jagen op een legendarische wilde hond die vermoedelijk meerdere mensen heeft gedood.

Het ilchaam van een tijdens een tornado ontsnapte gevangene is veranderd en nu kan hij door voorwerpen en vice versa kan gaan. Hij zoekt zijn kind, dat werd geadopteerd.

Mulders buurman, die schrijver is, creëert met zijn fantasie een alter ego dat geliefden doodt en dan achter het object van zijn verlangen aan gaat: Scully.

De broer van Arthur Dales vertelt een verhaal over een getalenteerde buitenaardse honkbalspeler die zich verborg in een Afro-Amerikaans team in Roswell, New Mexico, in de jaren 40.

De Enige Schutters ontmoeten Susanne Modeski als ze het congres van een legerleverancier in Las Vegas infiltreren.

Mulder en Scully's onderzoek naar een dood koppel leidt ze naar een geestverruimde realiteit die wordt veroorzaakt door een lokale schimmel.

Mulder gelooft dat metalen objecten uit Afrika bewijs zijn dat het leven elders in het heelal is ontstaan.