Nadat Mulders informant X is gedood door het Syndicaat, vindt hij een nieuwe bondgenoot. Mulder en Krycek reizen af naar Tunguska, waar Mulder gevangen wordt genomen. Russische onderzoekers infecteren Mulder met de zwarte olie en weten hem dan weer te genezen. Wanneer bij Scully ongeneeslijke hersenkanker wordt geconstateerd, is Mulder ervan overtuigd dat het te maken heeft met haar ontvoering.
Om zijn stervende moeder te redden, moet Mulder de buitenaardse genezer, Jeremiah Smith, beschermen tegen een meedogenloze buitenaardse premiejager.
In een kleine en anders zo vredige stad onderzoeken de agenten de dood van een baby met verontrustende afwijkingen. Het spoor van aanwijzingen leidt hen naar een clan van ingeteelde genetische mutanten.
Wanneer een aantal zwarte mannen dood gevonden wordt, hun lichamen volledig ontdaan van huidpigmentatie, gaan Mulder en Scully op jacht naar een Afrikaanse moordenaar die menselijke hormonen moet innemen om te overleven.
Om een gestoorde moordenaar te vangen proberen Mulder en Scully de aanwijzingen die hij per ongeluk achterlaat te ontcijferen: paranormale foto’s die zijn duisterste fantasieën en angsten onthullen.
Tijdens een onderzoek naar een religieuze sekte ontmoet Mulder een vrouw die hij misschien wel kende in een vorig leven.
Door een serie moorden in een prestigieus ziekenhuis komen Mulder en Scully op het spoor van een plastische chirurg die zijn leven probeert te verlengen met zwarte magie.
De geheime geschiedenis van Mulder en Scully’s duistere aartsvijand onthult de waarheid over de moord op JFK en de beruchte UFO-verdoezeling in Area 51.
Wanneer een dodelijk, stroperig wezen wordt ontdekt in een vreemde rots, proberen de agenten erachter te komen waar de rots vandaan komt.
Op zoek naar tastbaar bewijs dat het wezen in de rots buitenaards is, werkt Mulder samen met de onbetrouwbare Krycek en wordt geconfronteerd met de verbazingwekkende omvang van zijn bedrog.
Schijnbaar profetische dromen sturen Mulder op een zoektocht naar de onontdekte slachtoffers van een seriemoordenaar. Hij ontdekt dat één van hen zijn vermiste zus, Samantha, zou kunnen zijn.
Na een aantal paranormale sterfgevallen in een kamp voor Mexicaanse migranten komen Mulder en Scully op het spoor van een mythisch bloedzuigend wezen dat bekend staat als ‘El Chupacabra.’
Wanneer het lichaam van een onthoofde verpleegkundige weer tot leven lijkt te komen, beginnen de agenten te vermoeden dat hij een speling van de natuur is die zichzelf kan herstellen.
Scully is teleurgesteld in haar leven en begint een relatie met een gevaarlijke vreemde, wiens jaloerse tatoeage hem dwingt vrouwen te vermoorden.
Scully probeert haar ongeneeslijke kanker te accepteren en Mulder en de Lone Gunmen breken in bij een zwaarbeveiligd onderzoekslab om een geneesmiddel te vinden dat haar leven kan redden.
Tijdens een onderzoek naar een haatmisdrijf in een chassidisch-joodse gemeenschap ontdekken de agenten een moord die lijkt te zijn gepleegd door een dode man.
Om te voorkomen dat een ongeziene huurmoordenaar militaire officieren vermoordt, moeten Mulder en Scully een verbitterde Vietnam-veteraan oppakken die zich onzichtbaar kan maken voor zijn slachtoffers.
Het onderzoek naar de onverklaarde crash van een passagiersvliegtuig leidt de agenten naar de bodem van een verlaten meer en een verbazingwekkende ontdekking.
Mulder en Scully proberen te bewijzen dat de passagiers in het gedoemde vliegtuig met opzet opgeofferd zijn door het leger, tijdens een jacht naar gestolen buitenaardse technologie.
Als een aantal onderzoekers doodgevroren wordt gevonden, beginnen Mulder en Scully te vermoeden dat de moorden kunnen zijn gepleegd door een tijdreiziger uit de toekomst.
De biologische vader van baby’s geboren met rudimentaire staarten in een kleine stad blijkt een kameleonachtige man te zijn die zich als iedereen kan voordoen – inclusief Mulder.
Om Scully’s leven te redden, helpt Skinner de Sigarettenrokende Man om bewijs te vernietigen van een dodelijke bijenaanval. Maar dan ontdekt hij dat hem een moord in de schoenen geschoven is.
Als op plekken waar moorden zijn gepleegd spookachtige beelden van vrouwelijke slachtoffers verschijnen, concluderen Mulder en Scully dat het voorbodes van de dood kunnen zijn voor degenen die hen zien.
Mulder wordt wakker onder het bloed en met geheugenverlies en probeert erachter te komen wat er de afgelopen dagen is gebeurd. Maar het spoor leidt naar een dubbele moord die lijkt te zijn gepleegd met Mulders pistool.
Mulder probeert te bewijzen dat een bevroren ontdekking in de Canadese bergen onweerlegbaar bewijs is van buitenaards leven, maar zijn zoektocht naar de waarheid leidt alleen maar naar nog meer leugens… en naar een ondenkbare conclusie.