Mulder wordt vermist en men neemt aan dat hij dood is, maar Scully heeft een visioen waarin hij nog leeft. Net als ze herenigd zijn krijgen ze elk te maken met nog een persoonlijk verlies, tragedies waardoor ze uiteindelijk een hechtere band krijgen. Al snel zijn ze op die band aangewezen als bekende vijanden terugkeren en vooropgezette ideeën uiteenspatten.
Een Indiaanse mysticus probeert Mulder te genezen. Scully onderzoekt geheime dossiers over buitenaardse experimenten en komt bij een moordenaar in het vizier.
Mulder probeert een plan bloot te leggen van de overheid, om mensen met aliens te kruisen. Hij doet een verrassende ontdekking over de ontvoering van zijn zus.
De agenten onderzoeken een serie sterfgevallen door elektrocutie, met als verdachte een tiener die misschien wel de bliksem kan beheersen.
De agenten zijn een seriemoordenaar op het spoor en roepen de hulp in van een helderziende die Mulders dood voorspelt.
Mulder en Scully volgen het spoor van een serie gevangenismoorden en komen uit bij een geëxecuteerde gevangene die lijkt te zijn herrezen uit de dood om wraak te nemen.
Mulder en Scully onderzoeken een aantal moorden op vrouwen met overgewicht en komen op het spoor van een moorddadige mutant die misschien wel leeft op het vet van zijn slachtoffers.
Uittreding wordt een moordmethode wanneer de agenten een verbitterde verlamde man ontmoeten die zijn geest uit zijn lichaam kan laten treden.
Wanneer een jong meisje wordt ontvoerd, roepen Mulder en Scully de hulp in van een vrouw met een ongewone psychische band met het slachtoffer.
Bij een onderzoek naar een video van een vermeende lijkschouwing van een alien ontdekken de agenten wat lijkt op tastbaar bewijs dat de overheid contact heeft gehad met buitenaardse wezens.
Mulder zit vast in een rijdende trein met een huurmoordenaar van de overheid, een tikkende tijdbom en een dodelijk virus.
Scully moet een jongen beschermen met wonderbaarlijke Christus-achtige wonden en begint te twijfelen aan haar eigen geloof in God.
Bij een onderzoek naar massahysterie in een kleine stad ontdekken Mulder en Scully dat moordende kakkerlakken misschien wel buitenaardse robots zijn.
De agenten moeten uitzoeken wat tienermeisjes ertoe beweegt gewelddadige moorden te plegen: een zeldzame samenstand van planeten of een satanische sekte.
Mulder en Scully verkennen de grens tussen gezond verstand en gekte bij een onderzoek naar een seriemoordenaar die beweert bezeten te zijn door een kwade geest.
De agenten moeten het opnemen tegen hun oude vijand, Alex Krycek, bij een jacht op een radioactief wezen dat is ontsnapt uit een gezonken wrak uit de Tweede Wereldoorlog.
Scully ontdekt nieuwe details over de moord op haar zus en Mulder volgt het onstoffelijke buitenaardse wezen tot in Kryceks lichaam.
Een sadistische moordenaar die mensen kan beheersen met de kracht van zijn stem onderwerpt Mulder aan een serie dodelijke beproevingen.
Tijdens een onderzoek naar een vervloekte archeologische vondst moeten Mulder en Scully het opnemen tegen de geest van een sjamaan die de vorm aanneemt van een kat.
De agenten ontdekken een gevaarlijk kansspel dat lijdt tot de dood van Chinese immigranten en organen levert voor de zwarte markt.
Mulder en Scully onderzoeken hoe de overheid een UFO-ontvoering heeft verdoezeld, wat leidt tot een bizarre ontmoeting met een excentrieke romanschrijver.
Wanneer Skinner wordt beschuldigd van de moord van een jonge vrouw, denkt Mulder dat de echte moordenaar wel eens een succubus zou kunnen zijn – een jaloerse vrouwelijke geest.
De agenten onderzoeken een aantal aanvallen die het werk zouden kunnen zijn van het legendarische watermonster ‘Big Blue.’
Tijdens het onderzoek naar een serie moorden in een kleine stad ontdekken Mulder en Scully een complot waarbij tv-signalen gebruikt worden voor hersenspoeling.
Een bovennatuurlijk wezen met wonderbaarlijke genezende krachten biedt aanwijzingen voor een mysterieus buitenaards complot dat bekend staat als ‘het project.’