Seizoen 1

Agente Dana Scully wordt verplicht samen te werken met Fox Mulder in een poging hem te doen inzien dat er geen paranormale zaken bestaan. In hun eerste zaak worden de lichamen van enkele schoolkinderen gevonden. Billy Miles is de enige overlevende en beweert dat er een lichtflits was. Volgens Mulder is dit het werk van aliens.

In Idaho is een militaire testpiloot vermist. Mulder en Scully onderzoeken de zaak. Mulder merkt ongewone vliegtuigen op en verdenkt de overheid van een complot. Mulder breekt in de basis voor verder onderzoek. Hij wordt door militairen opgepakt en zijn geheugen wordt gewist zodat hij niet meer weet wat er is gebeurd sinds hij in Idaho arriveerde.

Mulder en Scully worden op een zaak van een seriemoordenaar gezet die de lever van zijn slachtoffers verwijderd. Een bizar feit is dat de moordenaar telkens op ongekende manier de plaats delict heeft bereikt en verlaten.

Terwijl sectiechef Scott Blevins zijn zorgen uit betreffende het X-files departement, wordt Mulder geobsedeerd door een zaak die hem doet denken aan een ontmoeting uit zijn eigen leven: hij is er zeker van getuige te zijn hoe zijn zus Samantha ontvoerd werd door buitenaardse wezens.

In Atlantic City wordt een dakloze man vermoord. De moord heeft veel weg van een moord uit 1947. Toen ging het gerucht dat de legendarische "Jersey Duivel", die in de omliggende bossen woont, de dader is.

Door een ongekende kracht worden plots verschillende mensen gedood. Een jonge vrouw overleeft de aanslag. Mulder denkt dat dit de geest is van de vrouw haar voormalige werkgever.

Een computer met een hoge artificiële intelligentie start mensen te vermoorden omwille van zelfbehoud nadat hij vernam niet efficiënt genoeg te zijn om het kantoorgebouw te besturen.

Leden van een expeditie op de Noordpool, die boringen doen, beginnen elkander en zichzelf uit te moorden. Hoe dieper zij in het ijs boren, hoe groter de razernij wordt.

De lancering van een ruimtevaartschip loopt compleet de mist in door een ongekende kracht. De betreffende ploegbaas beweert dat hij ooit een alien zag toen hij vanuit de Aardbaan Mars bestudeerde.

Mulder snelt zich naar een plek waar een UFO (Unidentified flying object) zou zijn gecrasht. Daar wordt hij opgepakt door het leger en in de gevangenis gezet.

Twee mannen, die elk leven aan de andere kant van de Verenigde Staten, worden op onverklaarbare wijze op dezelfde manier en tijdstip vermoord.

Mulder onderzoekt in opdracht van een ex-vriendin de moorden op enkele Britse hoogwaardigheidsbekleders. Cecil L'Ively heeft de gave om met zijn handen vuurbollen af te vuren waarmee hij zijn slachtoffers in brand zet.

De ter dood veroordeelde gevangene Luther Lee Boggs beweert dat hij psychische krachten bezit. Hij wil Mulder helpen in de zoektocht naar een seriemoordenaar in ruil voor strafvermindering.

Mulder en Scully onderzoeken de moord op enkele mensen die, na recent seksueel contact te hebben gehad, plots overlijden. Volgens een getuige is de moordenaar zowel een man als een vrouw.

FBI Agent Jack Willis en bankovervaller Warren Dupre worden tijdens dezelfde overval neergeschoten. Warren overlijdt en Jack wordt gereanimeerd. Na zijn ontslag uit het ziekenhuis begint Jack zich anders te gedragen.

De psychopaat John Barnett werd door toedoen van Mulder opgesloten. Nu is John vrij en wil hij wraak door Mulder zijn geliefden te doden.

Mulder en Scully krijgen van de geheime militaire "Deep Throat"-afdeling het bericht dat in Irak een UFO (Unidentified flying object) is gecrasht en dat deze verscheept is naar de Verenigde Staten. Echter worden Mulder en Scully door hen misleid zodat ze de echte waarheid niet achterhalen.

Mulder en Scully reizen af naar Tennessee om onderzoek te doen naar het "Miracle Ministry". Hun ster is een jongeman die met handoplegging beweert anderen te kunnen genezen. Nu is een persoon enkele minuten na dergelijke handoplegging overleden.

Mulder en Scully onderzoeken in een indianenreservaat in Montana een afslachting. Mulder is van mening dat deze zaak gelinkt is met de allereerste X-file ooit aangemaakt door de FBI en dat de "lycanthropy" de dader is.

In een afgelegen gebied van het "Washington State National Forest" is een volledige groep van 30 houthakkers vermist. Mulder denkt dat de houthakkers een slapende kwaadaardige kracht hebben gewekt.

Eugene Victor Tooms wordt vrijgelaten uit de psychiatrische gevangenis. Hij is op zoek naar zijn volgende slachtoffers wiens lever hij dient te eten.

Een detective en zijn voormalige partner komen om in onverklaarbare omstandigheden. Een klein meisje is getuige van het ongeval. Mulder linkt haar later aan de moord en denkt dat zij de reïncarnatie is van een politieman die door zijn collega's werd vermoord.

In het "Mahan Propulsion Laboratory" wordt een team van onderzoekers een voor een vermoord. De enige verdachte is de mentaal gehandicapte conciërge Roland.

Mulder en Scully achtervolgen een auto. Deze leidt hen naar een geheim wetenschapslabo waar bewijs zou liggen van een complot van de regering.