악몽과도 같은 밤이 지나가고, 모두 평화롭게 아침을 맞는데, 자신과 레이어스를 제외한 모두가 마치 아무것도 없던 듯이 행동하려하자 도겟은 당황합니다.
스컬리와 스키너의 만류, 커쉬 및 폴머의 방해에도 불구하고 계속 사건을 수사하던 도겟은 정보 제공자를 만나게 됩니다.
스컬리는 콴티코로 발령이 나고, 도겟과 레이어스는 처음으로 엑스파일 사건을 같이 수사합니다.
한 살인 용의자를 쫓는 와중에 레이어스, 도겟 모두 위험에 처하는데 이 용의자는 모두의 예상을 앞질러서 행동하고 있습니다.
십대 아이들이 케이블에 내보낼 비디오를 찍다가 한 소년이 신체가 이상하게 훼손되어 사망하고, 도겟, 레이어스, 스컬리는 사건이 다 '파리'와 관련이 있음을 알게 됩니다.
중요한 정보를 전해주기 위해 멀더를 찾는 정보제공자가 나타나는데, 어쩌면 이 정보로 인해 스컬리와 멀더 모두가 위험에 처할 수도 있습니다.
낯설은 멕시코의 작은 마을. 도겟은 그곳에서 정신을 차립니다. 왜 자신이 여기 와 있는가 어떻게 해야 하는가 고민하는데, 가장 큰 문제는 자신이 누구인가조차 기억이 나지 않는 것입니다.
산채로 인피를 벗겨내는 잔혹한 사건이 벌어지고, 엑스파일과 관련있으리라 생각한 레이어스는 이 사건에 관여하는데 무언가 점점 자신을 죄어오고 있다고 생각합니다.
UFO 광신도 사건이 벌어지는데, 이 광신도 집단은 스컬리와 윌리엄에게 필요이상의 관심을 보입니다.
우주선을 발굴한 UFO 광신도의 리더는 윌리엄의 댓가로 멀더의 목숨을 요구합니다.
레이어스는 자동차 사고를 당하는데, 깨어나보니 자신은 이상한 공간에 갇혀있습니다.
도겟은 자신이 뉴욕 경찰 재직 중에 맡았던 사건을 다시 조사하게 됩니다.
일련의 살해 사건을 검토하면서, 레이어스는 이 사건들이 무작위가 아니라 수비학적으로 어떤 패턴이 있다고 생각합니다.
한 소년이 생생한 괴물의 모습을 보고, 레일라 해리슨은 엑스파일 사건이 아니라는 스컬리, 레이어스, 도겟을 이 사건에 억지로 끌고 다닙니다.
모리스 플래처가 레이어스와 도겟에게 수퍼군인의 정보를 주겠다고 접근합니다.
온 얼굴에 화상을 입은 남자가 스컬리에게 접근하는데, 도겟은 어쩌면 이 남자가 멀더일지도 모른다고 생각합니다.
한 연수생이 놀라운 추리력을 보이고, 일련의 사건에 루크의 죽음 역시 관련되어있다고 주장합니다.
애매모호하기 그지없는 살인사건이 벌어지는데, 관련자는 어떤 TV 시리즈 광팬입니다.
멀더는 정부 기관에 잠입했다가 잡히고, 스컬리와 스키너는 필사적으로 멀더를 구하려하지만 일은 불리하게 돌아갑니다.
비밀 기지에 잠입했던 멀더는 노울 로러를 죽인 죄로 법정이 끌려 나옵니다.