스컬리와 스키너는 멀더를 찾으려 하지만, 난관에 부딛칩니다.
멀더를 추적하던 도겟은 점차 혼란에 빠지고, 스컬리와 스키너, 아니면 커쉬, 어떠한 선택을 해야하는지 기로에 놓입니다.
스컬리와 도겟은 오하이오의 한 마을에서 이상한 동물에게 사람들이 물리는 일어난 사건을 조사하러 갑니다.
유타주의 솔트레이크 시티 부근에서 한 히치하이커가 살해된 채 발견되고, 스컬리는 혼자서 이 사건을 조사하러 갑니다.
한 아이가 아무런 흔적없이 사라졌다가 10년만에 나타납니다. 그러나 전혀 나이를 먹은 흔적이 없습니다.
한 남자가 아내를 죽인 살인죄로 기소되고, 그는 자신이 이상한 현상에 빠져 있음을 깨닫습니다. 시간이 거꾸로 흐르고 있는 것입니다.
한 종교단체에서 집단살인이 일어나고, 도겟은 스키너와 함께 이 사건을 수사하면서 이상한 현상을 겪습니다.
사람들이 연쇄적으로 살해되는데, 도저히 볼 수 없는 위치에서 쏜 총에 맞아 죽습니다.
죽었어야 할 사람이 다시 살아납니다. 그런데 신체상으로 남과 다른 점이 있습니다.
멈베이에서 온 사업가가 이상하게 살해되고, 다리가 없는 인도인을 봤다는 증언이 나옵니다.
도겟은 멀더가 스컬리에게 숨기고 말을 안했던 사건을 알게 됩니다.
보스톤의 지하철. 그 지하 터널 아래에는 무언가가 있습니다.
한 남자가 아내가 외계인 아이를 낳고 살해당했다며 찾아옵니다.
납치되었던 사람들이 다시 돌아오기 시작합니다.
멀더가 죽고 석 달 후. 예기치 않은 일이 벌어집니다.
멀더는 무사히 돌아왔지만, 이제부터 진짜 갈등이 시작됩니다.
멀더는 도겟의 아들이 살해되었던 사건을 다시 조사하게 됩니다.
멀더와 도겟은 멕시코만 석유 굴착장에서 일어난 사건을 조사합니다.
스컬리가 출산 휴가를 받고 떠나자, 도겟은 신참 파트너와 함께 사건을 수사합니다.
사라졌던 빌리 마일스가 다시 나타나 외계인 태아와 관련된 의사들을 살해합니다.
정체불명의 사람들이 스컬리를 노리고, 이를 막으려던 멀더, 도겟, 스키너는 모두 위험에 처합니다.