시즌 6

멀더와 스컬리는 외계인 바이러스에 대해 상부에 보고하고, 엑스파일 부서를 다시 열어줄 것을 요청하지만, 거절당합니다. 또한 스컬리는 실제 자기 눈으로 외계인 바이러스의 성장 과정을 보지 못했기에 멀더만큼 확신을 가지지 못합니다.

네바다의 한 고속도로에서 추격전이 벌어지고, 도망자가 태우고 가던 인질은 기괴하게 사망하는 사건이 벌어집니다. 정체를 알 수 없는 괴질이 원인이라고 생각하는데, 도망친 범인은 멀더를 인질로 잡습니다.

버뮤다 해상. 멀더는 난파한채 바다에 떠 있습니다. 간신히 구조된 멀더는 선원들에게 독일첩자로 오인받아 두들겨 맞습니다.

멀더와 스컬리는 비밀기지 51기지 area 51 - 일명 드림랜드dreamland에서 UFO를 발견하게 됩니다. 그런데 멀더는 자기들 머리 위로 지나간 UFO를 보고 나니, 스컬리가 엉뚱한 남자에게 멀더라고 하고 가버리는 걸 보고서 기절초풍합니다.

몸이 뒤바뀐 플래처는 멀더 행세를 하고 다니고, 멀더는 51기지에 갇혀버립니다. 멀더는 그곳에서 자기처럼 몸이 뒤바뀐 듯한 사람을 만납니다.

크리스마스 전날, 멀더와 스컬리는 다 쓰러져가는 폐가에서 그야말로 '크리스마스 악몽'을 맞습니다.

버지니아의 한 마을에서 이상한 유산 사건이 일어납니다. 이 사건을 알게 된 멀더는 악마의 소행이라 믿습니다.

멀더와 스컬리는 캔사스로 수사를 갑니다. 용의선상에 오른 사람은 '레인 킹' 대릴으로, 기우제를 지내면 꼭 비가오는데 아무래도 그가 20년간 지속된 기상이변과 가뭄의 원인같다는 것입니다.

스키너는 자신이 독에 감염된 것을 알게 됩니다. 그리고 시한은 단 하루, 24시간 뿐입니다.

한 사진사가 살해혐의를 받게 됩니다. 그리고 스컬리는 새 파트너와 함께 이 사건을 맡게 됩니다.

사라졌던 카산드라 스펜더가 다시 나타납니다.

카산드라를 쏘려는 순간, 갑자기 방역팀이 밀고 들어와 스컬리, 멀더, 카산드라를 끌고 갑니다. 말린 요새로 끌려간 멀더와 스컬리는 카산드라와 격리됩니다.

데일스가 플로리다에 이상한 사건이 나타났다고 연락해오고, 멀더와 스컬리는 이것이 이상한 바다생물으로 인한 사건임을 알게 됩니다.

멀더에겐 최악의 월요일 아침. 온갖 성가신 일에 심지어 은행에 가면 자기가 죽을 것이라는 말까지 듣습니다. 그런데 정말로 은행강도 사건이 일어나고, 멀더와 스컬리는 그 와중에 폭사하고 맙니다.

한 고급 주택단지에서 부부가 실종되는 사건이 연이어 벌어지자, 멀더와 스컬리는 부부로 위장잠입해서 사건을 수사합니다.

중국에서 희귀한 개를 들여오는 와중에 검역도 거치지 않고 개가 사람을 물어죽이고 도망갑니다. 그 이후로도 사건은 계속 벌어지고, 멀더는 개 전문가인 카린에게 협조를 요하는데 카린은 무언가를 눈치채고 있습니다.

살인사건이 벌어지는데, 용의자는 모든 것을 다 통과한 듯이 사라집니다.

한 소설가의 소설은 현실이 되어 나타납니다. 그리고 그는 스컬리에 대한 소설을 쓰며 말 그대로 스컬리의 '마음'을 소유하고 싶어합니다.

1947년, 로스웰 근처의 흑인 야구단에서 일어난 사건은 외계인이 관련되었을 수도 있습니다.

론건맨은 라스베가스의 군수업체 박람회에서 수잔 모데스키를 만나고, 새로운 음모에 휩쓸립니다.

멀더와 스컬리는 브라운 산에서 일어난 사건을 조사하게 됩니다. 그러나 사건이 진행될수록 둘은 자신들이 겪는 사건이 사실이 아니라는 생각을 하게 됩니다.

멀더와 스컬리는 외계인에 대해서 새로운 정보를 알게 됩니다. 그러나 멀더는 원인 모를 증세로 광기에 빠집니다.