自分を取り巻く人々と、さまざまな人間関係を築き始めたショーン。その人並外れた知識とスキルでさらに多くの患者を救うべく、日々奮闘を続ける。
ホームレスの患者を病院に連れ帰ったショーンとジャレッドは、マーカスの不興を買う。一方、クレアは危険な心臓手術に関して自分の考えを主張する。
ショーンはニールの指示に逆らい、オードリーは訴訟のリスクのある手術に挑む。アーロンは、自分の執刀医の選択にあたって完璧を求めようとする。
研修医の新たなシフトについてマーカスに抗議する一方で、クレアはニールと共に不妊症の女性の手術にあたる。アーロンの回復を助けようとするショーン。
ショーンは自分の経験を生かし、ティーンエイジャーを手助けする。負傷したクライマーと両親の板挟みになるクレア。アーロンはつらい過去と向き合う。
ショーンとアレックスは、患者から過去に行った手術を夫に秘密にしてほしいと頼まれる。拒食症の女性の心臓手術をめぐり、対立するクレアとニール。
バイオリニストの指の炎症の重症度と処置について、ショーンとモーガンの意見が食い違う。クレアは、原因不明の症状を示す患者の少女と心を通わせる。
ガンで余命わずかな友人の痛みを軽減しようと力を尽くすクレア。一方、ショーンとモーガンは、頑固な兄弟間の腎臓移植に関する条件交渉に巻き込まれる。
手術をしたことで妻の秘密が明らかになり、夫はショックを受ける。ニール、モーガン、アレックスは、反ワクチン主義の親を持つ少年の治療に苦慮する。
脳梗塞で搬送された男性患者が小児性愛者であることを告白。ニール、モーガン、クレアは、性衝動を抑える手術をしたいという彼の要望に頭を悩ませる。
空気感染が疑われる2人の感染症患者の対応にあたるショーンとオードリー。一方、他の病院スタッフはERに隔離された人々の安全のために奔走する。
隔離された病院内で、現場の混乱とノイズに圧倒されて身動きが取れなくなるショーン。同じ頃、モーガンも患者の命を守るための戦いを続けていた。
隔離が解除され、それぞれの日常を取り戻そうとする医師たち。一方、感染から回復しつつあるオードリーは、新たな恋愛関係へと一歩踏み出していく。
特別な能力を持つ自閉症の患者に興味をそそられるショーンとモーガン。ニール、クレア、アレックスは、人工心臓を移植された女性を救おうと奮闘する。
脳死状態に陥った10代の少女。マーカスは彼女の母親に対して、事故で顔がひどく変形してしまった別の少女に彼女の顔を提供してほしいと訴えかける。
病院に新しい外科部長が着任する。先天的に重大な欠陥のある新生児を産んだ母親に対し、率直すぎる話をしたショーンに、新外科部長は疑問の目を向ける。
外科にとって、ショーンはプラスではなくマイナスの存在であると判断した新外科部長に命じられ、病理科に異動したショーンの病院での日々が始まる。
外科チームが巨大な神経線維腫を除去する危険な手術に臨むなか、手術に参加できないショーンは、ある新生児の出血の原因について調査を進めることに。
ショーンはバーでケンカして病院に行くことに。女性患者の術後の症状を巡り対立するアレックスとモーガン。ニールとオードリーは2人の関係を公にする。