マルコビア人から襲撃を受け、ASAはフリーランドを封鎖。アニッサは正体を隠し、新たに動き出す。ピアース家に、グリーンライトが暗い影を落とそうとしていた。
ブラックライトニングが収容施設に入れられ、フリーランドはASAの厳しい管理下に。アニッサとギャンビは、メタヒューマンを街から逃がそうとする。
危険な状態にあるメタのマリアムの力になろうとするリン。アニッサは、増え続ける逃亡者をめぐってパーディと衝突。オデルは、新たな兵器を投入する。
リンは、収容施設で発生した死のウイルスを分析。オデルはジェファーソンとジェニファーをマルコビアとの戦いに引き入れ、2人はそれぞれ別の任務へ。
リンはウイルスの治療法を見つけようと必死になり、グリーンライトの成分を抽出して薬を製造。ジェファーソンは、戒厳令の現実を目の当たりにする。
アニッサは父に頼まれ、危険すぎる作戦を引き受ける。リンは、メタ遺伝子の安定化の鍵となる患者を発見。ヘンダーソンは、秘密裏に行動を開始する。
アニッサは敵から攻撃を受けた影響で、命の危険に陥ってしまう。ジェニファーはブランドンの部屋に忍び込み、彼の正体を突き止めようとする。
ASAに抵抗するレジスタンスは、活動を活発化。ギャンビとリンはカリルの真実を知り、言葉を失ってしまう。アニッサは、父に大切な頼みごとをする。
ジェファーソンの恩師がASAから立ち退きを迫られ、ジェファーソンは決断を迫られる。アニッサとギャンビは、街の惨状を外部へ発信しようとする。
葛藤を抱えて苦しむジェニファーは、不思議な嵐に巻き込まれてパラレルワールドに迷い込む。オデルは、収容所のメタたちを武器化するよう指令する。
新たな決意を胸に家族との再会を果たすジェニファー。TCは、ギャンビの隠れ家に侵入する。リンの不安定な様子を見た家族は、大きな不安に襲われる。
リンはASAの兵士と協力し、奈落へと潜入。ジェファーソンとアニッサは、オデルが乗っている車を襲撃する。ジェニファーは、ついにカリルと対面する。
血清の調合をリンから聞き出そうとするジェイス博士。ジェファーソンたちは、リンを救うべくチームを結成。TCは、カリルの脳内チップの中に入る。
チームは作戦に向けて準備をするものの、団結力に問題が。マルコビアの新たな司令官は、リンの心を支配する。カリルは、この先どうすべきか思い悩む。
隠し事を無くしてきずなを深めるピアース家。パーディの農場は、襲撃を受けてしまう。カリルは、暴走を始める。ギャンビは、最初のメタについて語る。
血清で力を強化したグレイブディッガーは、フリーランド侵攻を準備。アニッサとグレースは、家族を大仰天させる。ジェニファーは、単独行動に出る。
急いで証拠を隠滅しようとするASA。ピアース家と仲間たちは、グレイブディッガーとの最終決戦に挑む。フリーランドの運命は、この戦いに託された。