ついに幕を開けたf・ソサエティの革命。仲間たちがE・コープとの戦いを続ける一方で、自らのゆがんだ思考に悩まされるエリオットは内なる闘いを繰り返していた。
毎日同じ日課を繰り返し、平静を保とうとするエリオットを幻想が襲う。一方、f・ソサエティが活動を再開し、E・コープの銀行システムがダウンする。
脅迫を受け、E・コープの重役が過激な行為を強いられるなか、アンジェラが意外な場所で仕事の継続を決意。エリオットは幻想の相手に答えを求める。
新たな死者が発生し、窮地に追い込まれるf・ソサエティ。時を同じくして、ミスター・ロボットの存在を消すため、エリオットは必死の行動に出る。
現状を知ったダーリーンが不安をかき立てられる一方、アンジェラはフィリップの情報を利用。レイと親しくなったエリオットは、頭の中の声に対処する。
レイのウェブサイトの移転作業中、衝撃の事実を知ったエリオットは葛藤する。ディピエッロ捜査官とFBIのチームは、5/9攻撃の調査のため中国へ。
暴行された傷に苦しむなか、エリオットは父親の幻想を見続ける。その頃、ダーリーンとアンジェラは、危険な作戦を実行に移すべく、準備を進めていく。
エリオットはミスター・ロボットと話し、求めていた答えにたどり着く。ディピエッロとの会話のあと、アンジェラは別の部署への移動希望を申し出る。
ハッキング攻撃を受けたFBIが捜査を続けるなか、E・コープの弁護士がf・ソサエティの正体をつかむ。ダーリーンはシスコへの信頼を失っていく。
刑務所から早期釈放されたエリオットは、現状把握を開始。同じ頃、ダーク・アーミーの狙いが疑問視されるなか、ディピエッロがアンジェラに警告する。
非通知番号の正体を突き止めるよう、ヨアンナはエリオットに依頼。シスコがスマートハウスで意外な人物を発見する一方、ディピエッロは犯人に近づく。
何者かに誘拐されたアンジェラは、奇妙な質問を受けたあと、驚くべき人物と対面。時を同じくして、エリオットは予期せぬ者との再会に、激しく動揺する。
ダーク・アーミーによる証拠隠滅を懸念し、ディピエッロはターゲットを絞って賭けに出る。記憶が錯そうするなか、エリオットは計画を中止すると脅す。