昼はエンジニアとして働き、夜はハッキング技術を駆使して正義を貫く青年。ある日、謎のハッカー集団にスカウトされ、世界経済を牛耳る企業に立ち向かってゆく。
オールセーフ社で働くエリオットは、深刻なハッキング攻撃に対処し、何とか事態を収拾。そんな時、謎の人物からハッカー集団f・ソサエティに誘われる。
E・コープによる引き抜きのオファーを機に、邪悪な企業とf・ソサエティ、2つの選択肢に頭を悩ますエリオット。さらに、シェイラへの心配を募らせる。
タイレルが野心に燃えるなか、バグのない平凡な生活を送ろうと努めるエリオット。時を同じくして、オリーが脅迫を受け、危うい立場に追い込まれる。
エリオットによるスティール・マウンテンへの大胆なハッキング作戦をめぐり、メンバーたちが対立。一方、エリオットは離脱症状から幻覚に襲われる。
侵入不可能といわれる高セキュリティ施設への潜入を試みるエリオットたち。そこで、予期せぬ人物に遭遇するなか、タイレルは思い切った行動に出る。
命の危険にさらされたシェイラを救うため、エリオットはベラの脱獄を強いられる。その頃、アンジェラはE・コープに対し訴訟を起こす決意を固める。
深い悲しみを負ったエリオットは、孤独から抜け出す方法を模索。アンジェラがコルビーに取引を持ちかける一方、タイレルは大きな過ちを犯してしまう。
オールセーフ社へのハッキング攻撃が再び発生するなか、ダーク・アーミーと密談を交わすエリオット。その後、衝撃の事実を知り、激しく混乱する。
問題山積のエリオットは、かつて住んでいた思い出の場所を訪れ、過去の暗い記憶をよみがえらせていく。そして、ついに自らの正体に気づきはじめる。
E・コープへの大規模ハッキング攻撃により、世界経済は危機に直面。同じ頃、失踪したタイレルを捜すエリオットは、真相を突き止めるべく狂奔する。