シーズン3

狂気の科学者ストレンジ教授、そして彼の実験により復活したフィッシュ・ムーニーらを捜す賞金稼ぎとして、ゴードンはゴッサム・シティに繰り出す。

潜伏中のストレンジ教授を捜すために手段を選ばないフィッシュ。その頃、ゴードンと記者のバレリー・ベールも必死にフィッシュの行方を追っていた。

マッドハッターの異名を持つゴッサムの新参者ジャービス・テッチから、妹アリスを捜すよう頼まれたゴードン。ペンギンは市長選へ立候補することに。

ゴッサム市長選に向けて着々と準備を進めるペンギン。同じ頃ブルースとアルフレッドは、ブルースそっくりの偽物を見つけ出そうと街中を捜索していた。

当選を果たしたペンギンは、史上最悪の治安の中で新市長として選挙公約を実現しなければならない事態に直面。ブルースがアイビーの捜索を依頼する。

ゴードンは残虐非道のテッチから苦渋の選択を迫られることに。そんな中、パズル好きのエドワード・ニグマは昔の知り合いによく似た人物に遭遇する。

ニグマに好きな女性ができたことを知り、ペンギンは動揺を隠せない。その頃、テッチにあるクスリを吹きかけられたゴードンは幻覚の世界の中にいた。

ウイルスの影響で怒りを抑えられないバーンズが狂気に走る。イザベラとの仲を深めていくニグマ。ファルコンはマリオとリーの婚約パーティを開く。

ゴードンがバーンズを調べるようブロックに要請し、悲報を受けたニグマはペンギンを頼ることに。アイビーはブルースとセリーナに事情を打ち明ける。

結婚式前夜のディナーの試食を行うファルコン、リー、マリオに新たな脅威が迫る。ブルースは梟(フクロウ)の法廷にまつわる秘密を解明していく。

ウイルス感染が拡大する中、バイオラボに血液の研究結果を狙う侵入者が。その正体に気付いたゴードンは、結婚式を目前に控えたマリオに食ってかかる。

ゴードンとブロックは死人を生き返らせる秘密計画の存在を疑う。同じ頃、セリーナの母がゴッサムに戻り、ペンギンはTV生放送に出演することに。

ジェロームを復活させるというドワイトの決断は、熱狂的な彼の支持者たちを狂喜の渦へ巻き込む。ニグマの策略により、ペンギンは追い詰められていく。

ジェロームがブルースに狙いを定める中、ゴードンのもとにおじのフランクがやってくる。ペンギンとニグマの争いはついに決着がつこうとしていた。

なぞなぞに答えられない者を殺害するリドラーと化したニグマが、ゴッサムの人々を恐怖に陥れる。ゴードンの父親の死に関する衝撃の事実が明らかに。

恐ろしい兵器がゴッサムの脅威となる中、シャーマンから修行を受けるブルース。父親の事故を再捜査していたゴードンは、組織と自分のつながりを知る。

怪物の軍団を作ろうと動き出すペンギンとアイビー。凍てつく雪山に向かった2人は、ミスター・フリーズことフライスやブリジットをスカウトする。

梟の法廷のメンバーになったゴードンは、キャサリンだけが知る秘密に迫る。恐るべき真実が明らかになる一方で、ブルースの修行は激しさを増していく。

脱出するために協力を余儀なくされるペンギンとリドラー。自らの記憶をブルースと分かち合ったシャーマンが、彼にゴッサムの闇社会の真実を伝える。

死のウイルスの脅威が目前に迫るゴッサムの街で、狂気の悪党らが手を組むことに。そんな中、ブルースはついに自身の運命を受け入れる覚悟を決める。

感染者であふれるゴッサムで、解毒剤を求めてストレンジ教授を探すゴードン、そしてフィッシュたち。ブルースは過去と運命の狭間で苦しんでいた。

ゴッサムは封鎖され、街を出ることに決めたリー。ゴードンはニグマに、ある提案を持ちかける。ブルースは、アルフレッドの側へ駆けつける。