母親であるカタリーナ・ロストヴァと手を組み、レッドを打ち倒すために戦うことを選んだリズ。かつてのチームメンバーを相手にした、危険なエンドゲームが始まる。
母と共にある計画を立てるリズ。レッドと捜査チームは、複雑な背景を持つ人物の逃亡や拉致を手引きする伝説的な犯罪者、ロアノークを追跡する。
答えを求めるリズは、ある人物を尋問する。チームがリズの暴走への対応に苦慮するなか、彼女はレッドとの関係を変えることになる思い切った行動に出る。
リズにとって、決して許すことのできない行為を犯したレッド。チームを去ることを決めたリズは報復を誓い、超えたことのない一線を超えようとする。
レッドとチームは、リズをブラックリストの筆頭に据える。その頃、新たな計画に乗り出したリズは、もはや後戻りできない事態を引き起こすことに。
悪名高い強盗団を利用し、レッドに攻撃を仕掛けるリズ。クーパーは、上層部にリズの裏切りを隠したまま、フリーランサーの釈放を阻止しようと苦慮する。
ある盟友の思いがけない死により、レッドは、持ち寄りパーティーと歌手のヒューイ・ルイス、自由の女神を巻き込んだ奇妙な状況に置かれるが...。
捜査チームは、差し迫った危険を呈するブラックリスト上の2人の犯罪者を追跡する。一方クーパーは、下院議員からある重要な情報を得ようとする。
国防に関わる情報へのアクセスを持つ業者が、戦争を引き起こしかねない機密情報を売りに出す。男を阻止しようとするチームは、時間との戦いを強いられる。
リズの大胆な動きに対し、反撃を試みるレッド。一方、捜査チームは、特定の犯罪者にそっくりの身代わりを提供する企業の存在を知って衝撃を受ける。
リズとタウンゼントが手を組んだことで、危険な状況に陥るレッド。特殊な方法で情報を引き出そうとする拷問のスペシャリストと対決することになる。
チームは、ある人物が拉致されるのを阻止するべく、敵対するグループ間の違法な取引にGPSを使った'宝探し'を活用する謎の人物を見つけようと奔走する。
アメリカ合衆国政府の内部に深く入り込んだロシアのスパイの正体を突き止めようとするチームの捜査は、レッドとクーパーの身を危険にさらすことに。
彼の正体を知らないある人物を訪ねて、アメリカの田舎町に出かけるレッド。だが、レイモンド・レディントンに平穏な休息などあるはずもなかった。
レッドやチームと袂(たもと)を分かってからのリズの軌跡が描かれる。なぜ彼女は、かつての敵である凶悪な男と手を組むという決断に至ったのか...。
タウンゼントから、レッドがN13である証拠を得ろと言われるリズ。同じ頃、チームは多くの答えを解読するかもしれないソビエト時代の暗号マシンを探す。
レッドは、タウンゼントの組織にある人物を潜入させようとする。一方、リズと捜査チームは、N13の正体に関する新たな手がかりについて追跡する。
'東の友人'ことイワン・ステパノフがタウンゼントとリズに拉致された。レッドは、多くの秘密を握っている長年の友人を救出しようと奔走する。
タウンゼントが雇った、神出鬼没の非情な殺し屋の標的となったリズ。レッドと捜査チームは、すべてが手遅れになる前にリズを救わなければならない。
レッドは、タウンゼントに追われるリズとレスラーを助けるため、闇の地下ネットワークを通じた貴重品の運搬を裏稼業とする用心棒に協力を依頼する。
タウンゼントの攻撃から逃れるため、やむなくレッドとデンベと力を合わせるリズ。レッドは、ついに真実を明かさなければならない時が来たことを悟る。
リズに'知っていることをすべて忘れろ'と告げたレッドは、自身の秘密の帝国の根幹にある謎と、お互いが共有してきた過去について明かし始める。
シーズン最終話。レッドは、ついに自分の正体を明かす代わりに、リズにあることをしてほしいと頼む。レッドの法外な依頼の行き着く先とは...。