ニューヨークの街で現場ロケの「ロー・アンド・オーダー:性犯罪特捜班」は、ニューヨーク市警性犯罪特捜班のエリート刑事たちの人生と彼らが直面する犯罪を描く。シーズン3では、ベンソン刑事(マリスカ・ハージティ)がかつて逮捕した男の報復に直面する。また、赤ん坊の誘拐事件からクレイゲン主任警部(ダン・フロレク)が身も凍る迷宮入り事件にたどり着く。さらに、ある犯罪者を追うステイブラー刑事(クリストファー・メローニ)はかつての同僚(ゲスト・スター、デヴィッド・キース)と組むことになる。
18歳の少女メガン・ラムゼーがセラピストの助けにより、子供のころ父親から性的いたずらを受けたと思い出し、幼い妹たちが毒牙にかからないようにとベンソンとステイブラーに通報する。
互いに面識はないが、いずれもベンソンが担当した事件の関係者だった3人が殺される。本当の狙いはベンソンのようだ。罪悪感に悩まされ、命が危ないとFBIに警告されながらも、ベンソンは犯人を追う。
スーパーで赤ん坊が誘拐される。ベンソンとステイブラーの捜査で、乳児を誘拐して売る企みが発覚する。
凶悪なレイプ事件が続発し、服役から出所したばかりの性犯罪者に疑いをかけるベンソンとステイブラー。しかし、捜査は行き詰ってしまう。そんな中、フィンの幼馴染の娘がレイプの末に命を落としてしまう……。
有名な医師が殺害され、妻がレイプされる。ベンソンとステイブラーは、前妻との間に生まれた疎遠の不良息子と、恨みを抱く元患者に目を向ける。ところが、医師の元愛人が同じレイプ犯に襲われる。
ステイブラーは、ぶっきらぼうで意固地なジョン・“ホーク”・ホーキンズ刑事と組むことになる。ホークは仕事にも私生活にも嫌気がさしていた。2人が追うのは、ホークが何年も前に逮捕して最近釈放された連続レイプ殺人犯だ。
ゲイバーの外の路地で、身元不明の男性が性的暴行を受け、銃で撃たれて発見される。ベンソンとステイブラーは容疑者と動機を求めて、被害者の過去をアーカンソー州の小さな町までたどる。
強盗現場で若いアジア人の女性が残忍に殴られレイプされる。ベンソンとステイブラーは、敵対するアジア系ギャング2組のメンバーが怪しいとにらむ。ところが、他にもアジア系の女性の被害者がいることが分かり、証拠を丁寧に隠滅する連続レイプ魔の出生が明らかになる。
里子に出されていた5歳の少女の撲殺死体が発見される。ベンソンとステイブラーは動機と犯人を求めて複雑な家族関係を探る。
若い人妻が死体で発見される。事故死らしい。ところが、この女性と友人の女性グループが男性ストリッパーをレイプしたという訴えが出されていたことをベンソンとステイブラーは知る。
妊娠中の女性が襲われ、裂かれた腹から赤ん坊が持ち去られる。ベンソンとステイブラーはまだ生きているかもしれない赤ん坊を必死で探す。
6歳の少年が銃で撃たれ、必死の母親に緊急治療室に置き去りにされる。ベンソンとステイブラーは銃撃犯を見つけるために少年の家族を探そうとするが……。
公園でのロマンチックなひと時を過ごすうちに刺殺されたと思われる男女。ベンソンとステイブラーは被害者の身元を探ろうとするが、これが難しい。女性の両手と頭部がなかったからだ。
マンハッタンの人目がつかない場所で、女性が車の外で他殺体で発見される。オリビアとフィンが捜査にあたり、被害者はバイオ技術企業の社員で模造医薬品を売っていたとわかる。
死刑執行が3日後に迫った連続殺人犯マシュー・ブローダスこそ、未解決のレイプ殺人事件の犯人だったのか。被害者の両親に少しでも心の安らぎを与えようとステイブラーは懸命に証拠を集めるが、時は刻々と過ぎていく。
ステイブラーは妻から看護師をしている友人の話を聞く。レイプ被害者である少女を手当したが、少女は警察にも家族にも話すことを拒否したというのだ。
若いチェロ奏者キャシー・ジャーメインがアパートの自室で襲われ、被害者の一挙一動を録画する隠しカメラが室内各所に見つかる。ベンソンとステイブラーはオーケストラの指揮者ロバート・プレスコットを捜査することになる。
児童性的虐待事件の裁判で、キャボット地方検事補は困難に直面する。証人である被害者が協力しないのだ。連続虐待犯を有罪とする証拠を求めるキャボットは、熱意のあまり法律を順守せず、事実を曲げてまでベンソンとステイブラーに少年の家に違法の家宅捜査を行わせる。
性犯罪者に厳刑を下すことで有名な判事の継娘のレイプ殺人事件を捜査するベンソンとステイブラー。少女には非行歴があり、家庭内の問題だけでなく、継父が投獄した重罪犯と衝撃的な関係にあったことも分かり……。
起業家の妻が殴打され残忍にレイプされてキッチンの床で発見される。ベンソンとステイブラーは連続レイプ犯の犯行と考えるが……。
ヘロイン依存症の女性の性的暴行事件で、ベンソンとステイブラーは被害者の財布の中に腐敗した赤ん坊の指を発見する。レイプ犯と赤ん坊の正体を調べるうちに、レイプ被害者が何か隠していることが分かる。
ダウン症の22歳の娘ケイティーがレイプされて妊娠したと母親レベッカ・トリヴァーが届け出る。ベンソンとステイブラーは微妙な立場に立たされる。ケイティーは本当に性的な暴行を受けたのか、それとも恋人と自らの意思で愛し合ったのに過保護の母親が現実から目を背けているのか……。
ベンソンとステイブラーは殺人現場である教会へ。ボビー・ダグラスという若者が犯人であり、神父による性的虐待の口止め料を教会から受け取っていたことが分かる。