法人類学者テンペランス・ブレナンとFBI捜査官シーリー・ブースがコンビを組んで数々の難事件を解決していくクライム・サスペンス。母親を殺害した犯人が刑務所内で殺害されたと知ったブレナン。ブースと共に殺害犯に面会すると、彼は父親の指示であるとほのめかす。消息不明の父親の手がかりを失ったと落ち込むブレナンに、ブースは捜査を諦めないと約束する。シーズン1以上に手ごわい難事件が続出し、シーズン1で登場した連続殺人犯エップスとの戦いや、ブレナンの父親をめぐるミステリーなど、シリアス・ドラマ要素も充実。
写真列車と乗用車の衝突事故により、多数の犠牲者が出た。うち一人はデイビス議員であり、乗用車に乗っていた遺体が大企業のトップであるリンチ氏であった事から、ブレナンらはこの事故には何か裏があると推測する。
1年前に行方不明になった妊婦の水死体が湾で上がった。ブースは第一容疑者である夫カイルの逮捕に向かうが、既に逃亡した後だった。一方ブレナンらは遺体に付着していた魚を調べ、遺体が海水ではなく淡水に半年以上浸かっていたという証拠を得る。
ゴミの山から男子高生の腐乱死体が発見され、遺体は3週間前から恋人ケリーと失踪中のディランと判明する。死因は転落死。ディランの両親は、優等生の息子が死んだのは里子で不良のケリーのせいだと嘆く。
ハイカーの飼い犬が白骨化した遺体を発見した。被害者は10代の女性で、死後7〜10年と鑑定される。遺体に残された証拠から、犯人は以前ブレナンらを利用し、死刑延期を勝ち取った殺人鬼エップスと確信する。
建築中の物件で薬剤入りの浴槽に浸かり、全身が溶解した変死体が見つかる。ブレナンは遺体が骨形成不全症のラリーである事を突き止めるが、彼は2つの家庭を持つ重婚生活を送っていた。
麻薬対策会議後のパーティーで爆発が発生、4人が死亡、コロンビアのラモス法務官が軽傷を負った。だがパーティーの出席者以外にもう1人、リサというウェイトレスの遺体が見つかり、出火の前に既に死亡していた事が判明する。
浄水場のろ過装置から少女の遺体が発見された。それは数ヶ月前美少女コンテストの最中に失踪した優勝候補のブリアナであった。母親は親権を争っていた元夫を疑うが、元夫は娘を見世物にする母親への懸念を示す。
娼婦の臨終の告白により、ラスベガスの砂漠で連邦検事の遺体が見つかった。更に近くでもう1体、死後10日以内の20代女性ビリーの遺体も発見される。
車の中で覚醒したブレナン。携帯電話はバッテリーが抜かれ、後部座席には重症を負ったジャックが。彼らは車ごと「墓堀人」により地中へ埋められてしまった事を悟る。酸素切れのタイムリミットは12時間。
魔女狩りで首をはねられたマギーの霊が彷徨うとされる森で、首を切断された遺体が発見された。住民らはマギーの呪いだと信じるが、ブレナンは全く取り合わない。
ビルの屋上で磔にされた焼死体が発見される。遺体は元FBI捜査官ギャレットであった。そんな折、ブレナンを兄のラスが訪れ、「兄妹が危ない」という父からの警告を伝える。
刑務所内で火災が発生、連続殺人犯エップスが焼け死んだ。だがそれはエップスではなく、救出に来た消防士の遺体だった。そんな中ブレナンはエップスから電話を受け、「これから起きることはすべて、君のせいだ」と告げられる。
フロリダ州でワニの体内から遺体が発見された。ワニごと研究所に持ち帰り調べると、遺体は女子大生のジュディで、彼女は女友達と春休みの旅行に出掛けたきり、行方不明となっていた。
ジェファソニアンの有力な後援者であるテランス・バンクロフト氏が自宅で遺体で見つかった。ジャックは彼の友人であり、彼の妻クラリッサとは元恋人という間柄でもあった。
港で射殺体が挙がった。被害者がブレナンの新作小説と全く同じ死に方をしていた事から、彼女のファンによる模倣殺人と思われた。調べによると被害者が妻を虐待していた事が判明、彼女の弟が第一容疑者としてマークされる。
平べったい異様な死体が川に沈められていた。犯人は遺体をゆでて切り開き、全身の骨を抜いた後、皮を縫合していたのだ。ブレナンらは遺体が中国から婚約者ビザで入国したリンファンだと突き止める。
墓地で給水管が破裂し、埋葬されていた遺体が散乱。ブレナンは遺体を元の棺に戻すため応援に呼ばれるが、そこで墓地には属さない他殺体を発見する。遺体は3年前に埋められていた。
コンクリート詰めにされた他殺体が発見された。遺体はウエストバージニアで闇商売を仕切るギャラガーの手下ビリー。犯人は同じくギャラガーの手下でアイスピック殺人の常習犯ケネディと思われた。
平穏な農場に空から遺体が落下した。骨量を鑑定すると、遺体の年齢は130歳という有り得ない結果に。だが宇宙では骨量が減ることから、遺体は元宇宙飛行士の教官ハワード大佐と判明する。
山小屋で光る遺体が発見された。放射能汚染が疑われるが、遺体周辺の空気は正常値であった。遺体はめった刺しにされており、怨恨による犯罪が疑われた。
悪党が犯罪の証拠品遺棄のために使用する荒んだ場所で、少女の遺体が見つかった。弾痕があり、手には「愛してる」と書かれた石が握らされていた事から、小児性愛者による犯行が疑われる。